Un nuevo portal, herramienta clave para mejorar la vigilancia mundial de los microorganismos patógenos
Se ha puesto en marcha una plataforma en línea que permite a investigadores, médicos y responsables políticos acceder a una amplia colección de datos biomoleculares sobre microorganismos patógenos. Denominada Portal de microorganismos patógenos, puede ser de mucha ayuda en la biología de las infecciones y la vigilancia de los microorganismos patógenos. El portal cuenta con el apoyo de los proyectos financiados con fondos europeos RECODID, VEO y BY-COVID, y se basa en la infraestructura desarrollada y financiada por los proyectos europeos ELIXIR-CONVERGE, EOSC-Life, COMPARE y CORBEL. También cuenta con la financiación básica del coordinador del proyecto BY-COVID y socio de los proyectos RECORDID y VEO, el Laboratorio Europeo de Biología Molecular (EMBL, por sus siglas en inglés), Alemania. Este portal de microorganismos patógenos contiene datos sobre más de doscientas mil especies y cepas de microorganismos patógenos. Su lista de microorganismos patógenos abarca desde los que todos conocemos, como el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH), el de la gripe, el la hepatitis B y el plasmodio palúdico «Plasmodium falciparum», hasta los menos conocidos que afectan al ser humano, como el «Lassa mammarenavirus», causante de la fiebre hemorrágica de Lassa. Sin embargo, según se informa en una noticia publicada en el portal, incluye no solo microorganismos patógenos que afectan al ser humano, sino también cientos que afectan a otros animales, lo que lo convierte en una herramienta útil para la seguridad alimentaria y la biodiversidad. El portal incluye secuencias de nucleótidos, datos genómicos primarios, metadatos de muestras y la bibliografía científica pertinente. El objetivo es añadir también tipos de datos como secuencias y estructuras de proteínas y datos químicos de otros recursos de datos públicos. «La característica singular del portal de microorganismos patógenos es que reúne distintos tipos de datos, que actualmente están dispersos en muchos lugares diferentes —observa el doctor Guy Cochrane, jefe de equipo del Instituto Europeo de Bioinformática (EBI, por sus siglas en inglés) del EMBL—. Este nuevo método permite a los investigadores, científicos clínicos y organismos de salud pública acceder a todos los datos disponibles públicamente sobre el microorganismo patógeno de su interés con una sola búsqueda rápida. El portal también contiene herramientas intuitivas para el descubrimiento, que permiten que los usuarios optimicen sus búsquedas».
Prepararse para la próxima pandemia
Los datos están a disposición de cualquier persona con conexión a internet, lo que puede ser de gran valor durante una emergencia de salud pública, cuando la rapidez es vital para compartir información. «En la pandemia de COVID-19 se demostró que disponer de estructuras de intercambio de datos sólidas y fáciles de usar puede salvar vidas, ya que permiten una respuesta de salud pública rápida e informada —explica Marianna Ventouratou, directora de la Plataforma de datos del EMBL-EBI—. Basándose en las lecciones aprendidas de la pandemia de COVID-19, el EMBL-EBI y sus socios han desarrollado ahora el Portal de microorganismos patógenos, que los investigadores y las autoridades de salud pública de todo el mundo pueden utilizar para mejorar los esfuerzos globales de vigilancia de los microorganismos patógenos». Data Hubs, un componente clave del portal, permite a los investigadores y organismos sanitarios mantener la privacidad de sus datos en un primer momento. Esto es importante para los investigadores que aún no han publicado su trabajo pero necesitan analizarlo junto con otros datos accesibles a través del portal. El portal también incluye un navegador de cohortes que contiene datos clínico-epidemiológicos muy solicitados de cohortes de pacientes. «El navegador de cohortes permite que los datos genómicos interoperen con los datos epidemiológicos clínicos. Esto permite sondear en profundidad los datos de la enfermedad vinculando la información sobre el microorganismo patógeno y el hospedador al que infecta directamente», afirma Lauren Maxwell, coordinadora del proyecto RECODID en el Hospital Universitario de Heidelberg, Alemania. El proyecto RECODID (Integrated human data repositories for infectious disease-related international cohorts to foster personalized medicine approaches to infectious disease research) finaliza en diciembre de 2023. El proyecto VEO (Versatile Emerging infectious disease Observatory) y el proyecto BY-COVID (Beyond COVID) finalizan al año siguiente. Para más información, consulte: Sitio web del proyecto RECODID Sitio web del proyecto VEO Sitio web del proyecto BY-COVID Portal de microorganismos patógenos
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