Un nuovo portale quale strumento chiave per migliorare la sorveglianza globale degli agenti patogeni
È stata lanciata una piattaforma online che consente a ricercatori, medici e politici di accedere a un’ampia raccolta di dati biomolecolari sugli agenti patogeni. Chiamato Pathogens Portal, può servire come importante ausilio nel campo della biologia delle infezioni e per la sorveglianza degli agenti patogeni. Il portale è sostenuto dai progetti RECODID, VEO e BY-COVID, finanziati dall’UE, e si basa sull’infrastruttura che è stata sviluppata e finanziata dai progetti ELIXIR-CONVERGE, EOSC-Life, COMPARE e CORBEL. È inoltre supportato da un finanziamento di base da parte del Laboratorio europeo di biologia molecolare (EMBL), in Germania, centro coordinatore del progetto BY-COVID e partner dei progetti RECORDID e VEO. Il portale dei patogeni contiene dati su oltre 200 000 specie e ceppi di patogeni. Il suo elenco di agenti patogeni spazia da quelli che tutti conosciamo, come l’HIV, l’influenza, l’epatite B e il parassita della malaria Plasmodium falciparum, ad agenti patogeni meno noti che colpiscono l’essere umano, come il Lassa mammarenavirus, virus alla base della febbre emorragica di Lassa. Tuttavia, come riportato in una notizia pubblicata sul portale, non include solo i patogeni che colpiscono gli esseri umani, ma anche centinaia di quelli che colpiscono altri animali, rendendolo uno strumento utile per la sicurezza alimentare e la biodiversità. Il portale include sequenze nucleotidiche, dati genomici grezzi, metadati dei campioni e letteratura scientifica pertinente. L’obiettivo è quello di aggiungere anche tipi di dati come la sequenza e la struttura delle proteine e i dati chimici provenienti da altre risorse pubbliche di dati. «La caratteristica unica del Pathogens Portal è quella di riunire diversi tipi di dati, che attualmente sono sparsi in molti luoghi diversi», osserva il dott. Guy Cochrane, team leader presso l’Istituto europeo di bioinformatica (EBI) dell’EMBL. «Questo nuovo approccio consente ai ricercatori, agli scienziati clinici e alle agenzie per la sanità pubblica di accedere a tutti i dati disponibili pubblicamente sull’agente patogeno di loro interesse con una sola rapida ricerca. Il portale contiene anche strumenti intuitivi per la scoperta, che consentono agli utenti di affinare facilmente le loro ricerche.»
Prepararsi alla prossima pandemia
I dati sono disponibili a chiunque disponga di una connessione a Internet, il che può essere di grande utilità durante un’emergenza sanitaria, quando la velocità è fondamentale per la condivisione delle informazioni. «La pandemia di COVID-19 ha dimostrato che disporre di strutture di condivisione dei dati solide e facili da usare può salvare vite umane, perché consente una risposta rapida e informata della sanità pubblica», spiega Marianna Ventouratou, responsabile della piattaforma dati presso l’EMBL-EBI. «Sulla base delle lezioni apprese dalla pandemia di COVID-19, l’EMBL-EBI e i suoi partner hanno ora sviluppato il Pathogens Portal, che i ricercatori e le autorità sanitarie pubbliche di tutto il mondo possono utilizzare per migliorare gli sforzi di sorveglianza globale degli agenti patogeni.» Data Hubs, una componente chiave del portale, consente ai ricercatori e alle agenzie sanitarie di mantenere inizialmente privati i propri dati. Si tratta di un aspetto importante per i ricercatori che non hanno ancora pubblicato il loro lavoro, ma hanno bisogno di analizzarlo insieme ad altri dati accessibili attraverso il portale. Il portale comprende anche un browser di coorti che contiene dati clinico-epidemiologici molto ricercati provenienti da coorti di pazienti. «Il Cohort Browser gestisce simultaneamente i dati genomici e quelli epidemiologici clinici, il che consente un’interrogazione approfondita dei dati sulle malattie collegando le informazioni sull’agente patogeno e sull’ospite che ha direttamente infettato», afferma Lauren Maxwell dell’Ospedale universitario di Heidelberg, in Germania, l’istituto che ha coordinato il progetto RECODID. RECODID (Integrated human data repositories for infectious disease-related international cohorts to foster personalized medicine approaches to infectious disease research) terminerà nel dicembre 2023, mentre VEO (Versatile Emerging infectious disease Observatory) e BY-COVID (Beyond COVID) l’anno successivo. Per maggiori informazioni, consultare: sito web del progetto RECODID sito web del progetto VEO sito web del progetto BY-COVID Pathogens Portal
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