Un nouveau portail pour une meilleure surveillance mondiale des agents pathogènes
Une plateforme en ligne a été lancée pour permettre aux chercheurs, aux cliniciens et aux décideurs politiques d’accéder à une vaste collection de données biomoléculaires sur des agents pathogènes. Appelée Pathogens Portal, elle peut considérablement contribuer aux domaines de la biologie des infections et de la surveillance des agents pathogènes. Ce portail, soutenu par les projets RECODID, VEO et BY-COVID, financés par l’UE, s’appuie sur l’infrastructure développée et financée par les projets européens ELIXIR-CONVERGE, EOSC-Life, COMPARE et CORBEL. Il bénéficie également d’un financement de base du Laboratoire européen de biologie moléculaire (EMBL), en Allemagne, coordinateur du projet BY-COVID et partenaire des projets RECORDID et VEO. Le Pathogens Portal dispose de données relatives à plus de 200 000 espèces et souches pathogènes. Parmi sa liste d’agents pathogènes figurent ceux que nous connaissons tous, comme le VIH, la grippe, l’hépatite B et le parasite du paludisme Plasmodium falciparum. Le portail présente également des agents moins connus qui se transmettent aux êtres humains, comme le Lassa mammarenavirus, à l’origine de la fièvre hémorragique de Lassa. Toutefois, d’après un article publié sur le portail, le site répertorie non seulement des agents pathogènes qui affectent les humains, mais aussi des centaines d’autres qui affectent les animaux, ce qui en fait un outil utile pour la sécurité alimentaire et la biodiversité. Le portail comprend des séquences de nucléotides, des données génomiques brutes, des métadonnées d’échantillons et la littérature scientifique pertinente. L’objectif consiste également à ajouter des types de données tels que la séquence et la structure des protéines, ainsi que des données chimiques issues d’autres ressources de données publiques. «La particularité du Pathogens Portal est qu’il rassemble différents types de données, qui sont actuellement dispersées dans de nombreux endroits», observe le docteur Guy Cochrane, chef d’équipe à l’Institut européen de bio-informatique (EBI) de l’EMBL. «Cette nouvelle approche permet aux chercheurs, aux cliniciens et aux organismes de santé publique d’accéder à toutes les données publiques concernant l’agent pathogène qui les intéresse en effectuant une seule recherche rapide. Le portail contient également des outils de découverte intuitifs qui aident les utilisateurs à affiner leurs recherches.»
Se préparer à la prochaine pandémie
Les données sont accessibles à toute personne disposant d’une connexion Internet, ce qui peut être très utile en cas d’urgence de santé publique, lorsqu’un partage rapide des informations s’avère vital. «La pandémie de COVID-19 a démontré que la mise en place de structures de partage de données robustes et faciles à utiliser peut sauver des vies, car elles permettent une réponse rapide et éclairée en matière de santé publique», explique Marianna Ventouratou, responsable de la plateforme de données à l’EMBL-EBI. «En s’appuyant sur les leçons tirées de la pandémie de COVID-19, l’EMBL-EBI et ses partenaires ont désormais développé le Pathogens Portal, que les chercheurs et les autorités de santé publique du monde entier peuvent utiliser pour améliorer les efforts de surveillance des agents pathogènes à l’échelle mondiale.» Data Hubs, un élément clé du portail, permet aux chercheurs et aux agences de santé de garantir la confidentialité de leurs données dans un premier temps. Il s’agit d’un point important pour les chercheurs qui n’ont pas encore publié leurs travaux, mais qui ont besoin de les analyser avec d’autres données accessibles via le portail. Le portail intègre également un navigateur de cohortes contenant des données clinico-épidémiologiques très recherchées provenant de cohortes de patients. «Le Cohort Browser fait interagir les données génomiques avec les données épidémiologiques cliniques, afin de pouvoir mener des recherches approfondies sur les maladies en reliant les informations sur l’agent pathogène et l’hôte qu’il a directement infecté», déclare Lauren Maxwell, de l’Universitätsklinikum Heidelberg, en Allemagne, coordinateur du projet RECODID. Le projet RECODID (Integrated human data repositories for infectious disease-related international cohorts to foster personalized medicine approaches to infectious disease research) se termine en décembre 2023. VEO (Versatile Emerging infectious disease Observatory) et BY-COVID (Beyond COVID) se terminent l’année suivante. Pour plus d’informations, veuillez consulter: site web du projet RECODID site web du projet VEO site web du projet BY-COVID Pathogens Portal
Mots‑clés
RECODID, VEO, BY-COVID, portail, données, Pathogens Portal, agent pathogène, COVID-19
