Neues Portal als Schlüsselinstrument für eine bessere globale Überwachung von Krankheitserregern
Es wurde eine Online-Plattform eingerichtet, die Forschenden, im klinischen Bereich Tätigen und Verantwortlichen der Politik Zugang zu einer umfangreichen Sammlung biomolekularer Daten über Krankheitserreger bietet. Es heißt „Pathogens Portal“ und kann als wichtiges Hilfsmittel in der Infektionsbiologie und Überwachung von Krankheitserregern dienen. Das Portal wird von den EU-finanzierten Projekten RECODID, VEO sowie BY-COVID unterstützt und baut auf der Infrastruktur auf, die im Rahmen der EU-Projekte ELIXIR-CONVERGE, EOSC-Life, COMPARE und CORBEL entwickelt und finanziert wurde. Das Projekt wird außerdem vom Koordinator des Projekts BY-COVID sowie dem deutschen RECORDID- und VEO-Projektpartner Europäisches Laboratorium für Molekularbiologie (EMBL) unterstützt. Das Pathogens Portal enthält Daten über mehr als 200 000 Arten und Stämme von Krankheitserregern. Die Liste der Krankheitserreger reicht von bekannten Erregern wie HIV, Influenza, Hepatitis B und dem Malariaparasiten Plasmodium falciparum bis hin zu weniger bekannten Erregern, die den Menschen befallen, wie dem Lassa-Mammaravirus, welches das hämorrhagische Lassa-Fieber verursacht. Wie in einer auf dem Portal veröffentlichten Pressemitteilung berichtet wird, umfasst es jedoch nicht nur Menschen befallende Krankheitserreger, sondern auch Hunderte, die andere Tiere befallen. Das macht es zu einem nützlichen Instrument für die Lebensmittelsicherheit und die biologische Vielfalt. Das Portal enthält Nukleotidsequenzen, genomische Rohdaten, Metadaten zu den Proben und relevante wissenschaftliche Literatur. Ziel ist es, auch Datentypen wie Proteinsequenzen und -strukturen sowie chemische Daten aus anderen öffentlichen Datenquellen hinzuzufügen. „Das Einzigartige am Pathogens Portal ist, dass es verschiedene Datentypen zusammenführt, die derzeit an vielen verschiedenen Stellen verstreut sind“, bemerkt Dr. Guy Cochrane, Teamleiter am Europäischen Institut für Bioinformatik (EBI) des EMBL. „Dieser neue Ansatz ermöglicht es Forschenden, klinischen Forschenden und öffentlichen Gesundheitsbehörden, mit nur einer schnellen Suche auf alle öffentlich verfügbaren Daten über den Krankheitserreger zuzugreifen, der sie interessiert. Das Portal enthält zudem intuitive Werkzeuge für die Entdeckung, die den Nutzenden eine verfeinerte Suche vereinfachen.“
Vorbereitung auf die nächste Pandemie
Die Daten stehen jeder Person mit einer Internetverbindung zur Verfügung. Bei einem gesundheitlichen Notfall kann das von großem Wert sein, wenn es auf eine schnelle Weitergabe von Informationen ankommt. „Die COVID-19-Pandemie hat verdeutlicht, dass robuste und benutzungsfreundliche Strukturen für den Datenaustausch Leben retten können, weil sie eine schnelle und fundierte Reaktion der öffentlichen Gesundheit fördern“, erklärt Marianna Ventouratou, Managerin für Datenplattformen am EMBL-EBI. „Aufbauend auf den aus der COVID-19-Pandemie gezogenen Lehren haben EMBL-EBI und seine Partner nun das Pathogens Portal erstellt, das Forschende und Gesundheitsbehörden auf der ganzen Welt zur Verbesserung der globalen Überwachung von Krankheitserregern nutzen können. „Data Hubs“, eine Schlüsselkomponente des Portals, erlaubt es Forschenden und Gesundheitsbehörden, ihre Daten zunächst privat zu speichern. Dies ist wichtig für Forschende, die ihre Arbeit noch nicht veröffentlicht haben, sie aber dennoch zusammen mit anderen über das Portal zugänglichen Daten analysieren müssen. Das Portal enthält ebenso einen Kohortenbrowser mit den begehrten klinisch-epidemiologischen Daten von Patientenkohorten. „Der ‚Cohort Browser‘ verbindet genomische Daten mit klinisch-epidemiologischen Daten. So ist eine tiefgreifende Abfrage von Krankheitsdaten durch die Verknüpfung von Informationen über den Krankheitserreger und den Wirt, den er direkt infiziert hat, möglich“, erklärt Lauren Maxwell vom deutschen RECODID-Projektkoordinator Universitätsklinikum Heidelberg. RECODID (Integrated human data repositories for infectious disease-related international cohorts to foster personalized medicine approaches to infectious disease research) endet im Dezember 2023. VEO (Versatile Emerging Infectious Disease Observatory) und BY-COVID (Beyond COVID) laufen im folgenden Jahr aus. Weitere Informationen: RECODID-Projektwebsite VEO-Projektwebsite BY-COVID-Projektwebsite Pathogens Portal
Schlüsselbegriffe
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