Nowy portal kluczem do obserwacji patogenów na świecie
Nowa platforma internetowa zapewnia badaczom, lekarzom oraz decydentom dostęp do obszernego zbioru danych biomolekularnych na temat patogenów. Rozwiązanie nazwane Pathogens Portal może stanowić nieocenioną pomoc dla badaczy zajmujących się biologią zakażeń oraz obserwacją patogenów. Prace nad portalem są realizowane dzięki wsparciu finansowanych ze środków Unii Europejskiej projektów RECODID, VEO oraz BY-COVID, a jego działanie jest możliwe dzięki infrastrukturze opracowanej i finansowanej przez projekty UE ELIXIR-CONVERGE, EOSC-Life, COMPARE i CORBEL. Działania są dofinansowywane także przez jednostkę pełniącą rolę koordynatora projektu BY-COVID oraz partnera projektu RECORDID i VEO – Europejskie Laboratorium Biologii Molekularnej (EMBL) w Niemczech. Platforma Pathogens Portal stanowi repozytorium danych na temat przeszło 200 000 gatunków i szczepów patogenów. Katalog obejmuje zarówno drobnoustroje wywołujące znane i powszechne choroby, w tym HIV, wirusy grypy, wirusy powodujące wirusowe zapalenie wątroby typu B i zarodźca sierpowatego (Plasmodium falciparum) – pierwotniaka wywołującego malarię, jak i mniej znane patogeny stanowiące zagrożenie dla ludzi, takie jak mammarenawirus Lassa wywołujący gorączkę krwotoczną Lassa. Jak czytamy w informacji prasowej opublikowanej na łamach portalu, w katalogu patogenów znajdują się nie tylko drobnoustroje wpływające na ludzi, ale także setki patogenów atakujących zwierzęta, dzięki czemu platforma jest niezwykle użytecznym narzędziem z punktu widzenia bezpieczeństwa żywnościowego i ochrony różnorodności biologicznej. Na portalu można znaleźć sekwencje nukleotydów, surowe dane dotyczące genomów, metadane próbek i opracowania naukowe. Założeniem twórców portalu jest także uwzględnienie typów danych, takich jak sekwencje i struktury białek, a także dane chemiczne z innych publicznych zbiorów danych. „Czynnikiem, który wyróżnia platformę Pathogens Portal, jest fakt, że pozwala na łączenie różnych rodzajów danych, które dotychczas były rozproszone i dostępne w wielu różnych zbiorach”, zauważa dr Guy Cochrane, który pełni funkcję kierownika zespołu w Europejskim Instytucie Bioinformatyki (EBI) działającym przy EMBL. „To nowatorskie podejście zapewnia badaczom, naukowcom zajmującym się badaniami klinicznymi oraz agencjom odpowiedzialnym za zdrowie publiczne dostęp do wszystkich ogólnodostępnych danych na temat interesującego ich patogenu w ramach jednego szybkiego wyszukiwania. Portal oferuje także intuicyjne narzędzia do wyszukiwania, które ułatwiają użytkownikom zawężanie zakresu uzyskanych wyników”.
Przygotowania do kolejnej pandemii
Wszystkie dane udostępniane w ramach portalu są dostępne dla każdej osoby, która ma połączenie z Internetem – ta otwartość może okazać się niezwykle ważna w sytuacji zagrożenia zdrowia publicznego, gdy szybkość wymiany informacji nabiera wyjątkowego znaczenia. „Pandemia COVID-19 udowodniła, że niezawodne i szybkie rozwiązania pozwalające na udostępnianie danych pozwala na ratowanie zdrowia i życia pacjentów, a także szybką i opartą na danych reakcję organów odpowiedzialnych za zdrowie publiczne”, wyjaśnia Marianna Ventouratou, kierowniczka ds. platformy danych w EMBL-EBI. „Opierając się na wnioskach wyciągniętych z pandemii COVID-19, zespół EMBL-EBI połączył siły z partnerami w celu opracowania platformy Pathogens Portal, z której mogą korzystać naukowcy i przedstawiciele agencji odpowiedzialnych za zdrowie publiczne na całym świecie. To nowe narzędzie wspiera globalne wysiłki w zakresie obserwacji patogenów”. Jednym z kluczowych elementów nowej platformy są węzły danych – Data Hubs, które stanowią rozwiązanie umożliwiające użytkownikom portalu ochronę udostępnianych danych. Taka funkcja jest szczególnie istotna dla badaczy, którzy nie zdążyli jeszcze opublikować swoich opracowań i nadal analizują zgromadzone dane, zestawiając je z innymi informacjami dostępnymi za pośrednictwem portalu. Platforma zawiera również przeglądarkę kohort, która oferuje niezwykle cenne dane kliniczno-epidemiologiczne dotyczące grup pacjentów. „Przeglądarka Cohort Browser łączy dane genomowe z klinicznymi danymi epidemiologicznymi, co umożliwia dogłębne badanie danych dotyczących chorób poprzez łączenie informacji [sic] na temat patogenu i zakażonego gospodarza”, twierdzi Lauren Maxwell, przedstawicielka niemieckiego Universitätsklinikum Heidelberg, instytucji koordynującej projekt RECODID. Projekt RECODID (Integrated human data repositories for infectious disease-related international cohorts to foster personalized medicine approaches to infectious disease research) dobiegnie końca w grudniu 2023 roku. Z kolei prace nad projektami VEO (Versatile Emerging infectious disease Observatory) i BY-COVID (Beyond COVID) zakończą się w przyszłym roku. Więcej informacji: strona projektu RECODID strona projektu VEO strona projektu BY-COVID witryna Pathogens Portal
Słowa kluczowe
RECODID, VEO, BY-COVID, portal, dane, Pathogens Portal, patogen, COVID-19
