Cartographie des régions d'ADN associées aux gènes impliqués dans les maladies intestinales
L'apparition d'une maladie inflammatoire chronique intestinale (MICI) a pour origine un mélange complexe de facteurs associant les influences environnementales de la vie moderne et une prédisposition génétique. Des études de liaisons génétiques ont démontré l'existence d'une base polygénique avec des marqueurs isolés sur les chromosomes 6, 12 et 16. La caractérisation des bases génétiques de cette affection permettrait de simplifier le diagnostic de la maladie. C'est ce qu'a entrepris le projet GENETICS OF IBD, financé par l'UE. Plus précisément, les scientifiques de l'institut Panum, qui fait partie de l'université de Copenhague (Danemark), ont utilisé les techniques cytogénétiques pour cartographier les gènes associés aux MICI. Ces méthodes cartographiques, maintenant bien établies, comme celle des réarrangements chromosomiques équilibrés associés au maladies (DBCRs, pour disease-associated balanced chromosome rearrangements) ont été utilisées pour identifier les loci de susceptibilité. Lorsque des morceaux chromosomiques se déplacent d'une position vers une autre sur un autre chromosome ou sont inversés sur le même chromosome, ils inactivent potentiellement le gène de cette position. En utilisant ce principe et grâce au réseau de cytogénétique mendélienne (Mendelian Cytogenetics Network) ainsi que d'autres bases de données du projet de cartographie du génome humain, les scientifiques ont pu identifier plusieurs points d'arrêt dont les loci étaient potentiellement associés à la susceptibilité aux MICI. Pour localiser les gènes potentiels associés avec ces points, les chercheurs ont employé les techniques de la génomique. La technique d'hybridation fluorescente in situ (FISH, pour fluorescent in situ hybridisation) a été utilisée avec plus de 80 chromosomes bactériens artificiels (BAC, pour bacterial artificial chromosome). Ces vecteurs bactériens ont permis d'amplifier les régions d'ADN visées. De plus, l'utilisation d'un test d'association allélique a permis de vérifier les gènes associés aux MICI pour un point d'arrêt. L'utilisation des techniques cytogénétiques conventionnelles en association avec les techniques les plus avancées de la protéomique et de la génomique ont permis d'identifier les bases génétiques de cette maladie complexe. Des recherches supplémentaires seront nécessaires pour cartographier et caractériser les gènes et l'ARNm (ARN messager) non identifié découvert au cours de ce projet. En validant les gènes associés à cette maladie complexe, de nouvelles cibles thérapeutiques et de nouveaux outils de dépistage pourront être identifiés.
