Une bactérie gastrique fournit de nouvelles informations sur les migrations dans le Pacifique
Des chercheurs financés par l'UE ont analysé la séquence génétique des bactéries qui colonisent la muqueuse gastrique des personnes originaires du Pacifique afin de mieux comprendre la manière et l'époque à laquelle les peuples ont colonisé cette vaste région très diversifiée. Leurs résultats, publiés dans la revue Science, confirment les études antérieures relatives à l'archéologie, la linguistique et la génétique humaine. Le soutien de l'UE pour cette étude s'inscrit dans le cadre du projet PathoGenoMics (Trans-European cooperation and coordination of genome sequencing and functional genomics of human-pathogenic microorganisms), du consortium ERA-NET, financé au titre de la ligne budgétaire «Coordination des activités de recherche» du sixième programme-cadre (6e PC). Lorsque nos ancêtres ont quitté l'Afrique il y a de cela 60000 ans, un passager clandestin s'est logé dans leurs estomacs: Helicobacter pylori. Aujourd'hui, la moitié de la population mondiale est infectée par H. pylori. Cette bactérie est responsable des ulcères gastriques et augmente les risques de développer un cancer. Cette étude récente se base sur des travaux antérieurs démontrant que les différents continents abritent différentes souches de la bactérie. Les populations se sont dispersées dans le monde, différenciées et modifiées du point de vue génétique, et il en va de même pour les populations de H. pylori. Ces modèles sont visibles à l'heure actuelle: à titre d'exemple, les populations européennes sont infectées par la souche appelée hpEurope, alors que les populations asiatiques souffrent de la souche hpAsia2. «Il y a près de 10 ans, nous avons découvert que la [souche de] bactérie européenne était très différente de celle découverte en Chine», commente Mark Achtman de l'Institut Max Planck de biologie infectieuse en Allemagne. «En 2003, nous avons pu démontrer que la souche de cette bactérie a été ramenée en Amérique du Nord par l'arrivée des esclaves.» Dans cette étude, les chercheurs ont analysé plus de 200 échantillons de H. pylori recueillis chez les populations originaires du Pacifique, notamment des aborigènes de Taïwan et d'Australie, des habitants des montagnes en Nouvelle-Guinée, ainsi que des Mélanésiens et des Polynésiens vivant en Nouvelle-Calédonie. Certains échantillons ont été offerts par des médecins et des hôpitaux; dans d'autres régions, les médecins invitaient la population à participer à l'étude. Les résultats ont révélé que deux souches de la bactérie semblent avoir évolué séparément depuis des milliers d'années. Les indigènes de Nouvelle-Guinée et d'Australie étaient touchés par la souche de la bactérie appelée hpSahul, qui s'est diversifiée dans les populations asiatique il y a 31000 à 37000 ans en arrière. À cette époque, en raison des niveaux peu élevés de la mer, l'Australie, la Nouvelle-Guinée et la Tasmanie formaient un continent unique appelé Sahul. Seuls quelques canaux de mer séparaient Sahul de l'archipel indonésien actuel. La seconde souche identifiée a été baptisée hspMaori, qui s'est diversifiée à partir de hpEastAsia et a quitté Taïwan il y a 5000 ans, avant de se répandre aux Philippines ainsi qu'en Polynésie et en Nouvelle Zélande. «Nos résultats sont étayés par deux vagues distinctes de migration dans la région de l'océan Pacifique», expliquent les scientifiques. «Tout d'abord, les premières migrations vers la Nouvelle-Guinée et l'Australie avec la souche hpSahul, et la seconde vague, avec une dispersion tardive de hspMaori depuis Taïwan au Pacifique par la civilisation malayo-polynésienne 'Lapita'» Les chercheurs étaient très surpris de découvrir qu'aucun des échantillons ne contenaient les souches récemment découvertes de la bactérie. Cela serait dû au fait que les populations primitives entretenaient très peu de contact entre elles, ou parce une souche est plus forte que l'autre et l'emporte toujours lorsqu'elle est en contact avec une autre. «De même, hpSahul et hspMaori pourraient encore coexister dans les populations qui n'ont pas été analysées et qui vivent dans les îles d'Asie de l'Est, en Mélanésie et sur les côtes de la Nouvelle-Guinée; leur identification permettrait de comprendre les détails de l'histoire des hommes dans ces régions», expliquent les chercheurs. Chose intéressante, dans le même numéro de la revue Science, une étude détaillée menée par des scientifiques néo-zélandais sur la famille linguistique austronésienne présente un tableau similaire à celui dépeint par l'analyse génétique de H. pylori. Dans l'éditorial qui accompagnait l'article, Colin Renfrew de l'université de Cambridge (Royaume-Uni) expliquait: «La convergence entre les approches suggèrent qu'une synthèse entre les interprétations linguistique et génétique de l'histoire de l'homme pourrait un jour être possible à l'échelle mondiale.»