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The origin and evolution of Life in the universe

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Publications

An X-ray spectroscopy study of structural stability of superhydrogenated pyrene derivatives

Auteurs: Yining Huo, Mónica K Espinoza Cangahuala, Vicente Zamudio-Bayer, Marcelo Goulart, Markus Kubin, Martin Timm, J Tobias Lau, Bernd von Issendorff, Ronnie Hoekstra, Shirin Faraji, Thomas Schlathölter
Publié dans: Monthly Notices of the Royal Astronomical Society, Numéro 523, 2023, Page(s) 865-875, ISSN 0035-8711
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1093/mnras/stad1341

Enantioselective Self-Replicators

Auteurs: Shuo Yang, Yannick Geiger, Marc Geerts, Marcel J. Eleveld, Armin Kiani, Sijbren Otto
Publié dans: Journal of the American Chemical Society, Numéro 145, 2023, Page(s) 16889-16898, ISSN 0002-7863
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.3c05472

Impact of ancestral sequence reconstruction on mechanistic and structural enzymology

Auteurs: Callum R. Nicoll, Marta Massari, Marco W. Fraaije, Maria Laura Mascotti, Andrea Mattevi
Publié dans: Current Opinion in Structural Biology, Numéro 82, 2024, Page(s) 102669, ISSN 0959-440X
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2023.102669

Achieving Control in Micro-/Nanomotor Mobility

Auteurs: Alexander D. Fusi, Yudong Li, Dr. A. Llopis-Lorente, Dr. Tania Patiño, Prof. Dr. Jan C. M. van Hest, Dr. Loai K. E. A. Abdelmohsen
Publié dans: Angewandte ChemieBron:Wiley Online Library: Complete Journals, Numéro volume 135, issue 5, 2023, ISSN 0044-8249
Éditeur: John Wiley and Sons,
DOI: 10.1002/ange.202214754

Exploring Intra- and Inter-Regional Interactions in the IDP α-Synuclein Using smFRET and MD Simulations

Auteurs: Gobert Heesink, Mirjam J. Marseille, Mohammad A. A. Fakhree, Mark D. Driver, Kirsten A. van Leijenhorst-Groener, Patrick R. Onck, Christian Blum, Mireille M.A.E. Claessens
Publié dans: Biomacromolecules, Numéro 24, 2023, Page(s) 3680-3688, ISSN 1525-7797
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.biomac.3c00404

Temporal segregation of biosynthetic processes is responsible for metabolic oscillations during the budding yeast cell cycle

Auteurs: Vakil Takhaveev, Serdar Özsezen, Edward N. Smith, Andre Zylstra, Marten L. Chaillet, Haoqi Chen, Alexandros Papagiannakis, Andreas Milias-Argeitis, Matthias Heinemann
Publié dans: Nature Metabolism, Numéro 5, 2023, Page(s) 294-313, ISSN 2522-5812
Éditeur: Springer
DOI: 10.1038/s42255-023-00741-x

Vanillyl alcohol oxidase from Diplodia corticola: Residues Ala420 and Glu466 allow for efficient catalysis of syringyl derivatives

Auteurs: Daniel Eggerichs, Nils Weindorf, Maria Laura Mascotti, Natalie Welzel, Marco W. Fraaije, Dirk Tischler
Publié dans: Journal of Biological Chemistry, Numéro 299, 2024, Page(s) 104898, ISSN 0021-9258
Éditeur: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.jbc.2023.104898

Asymmetric Synthesis of Chiral‐at‐P Alkenylphosphonamidates through Nickel‐Catalyzed C−P Coupling of Phosphoramidites and Alkenyl Halides

Auteurs: Xiao‐Bing Chen, Damián Padín, Charlotte N. Stindt, Ben L. Feringa
Publié dans: Angewandte Chemie International Edition, Numéro 62, 2023, ISSN 1433-7851
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202307450

Bacterial multi‐solute transporters

Auteurs: Dirk J. Slotboom, Thijs W. Ettema, Mark Nijland, Chancievan Thangaratnarajah
Publié dans: FEBS Letters, Numéro 594, 2023, Page(s) 3898-3907, ISSN 0014-5793
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1002/1873-3468.13912

Author Correction: CRISPR-based transcriptional activation tool for silent genes in filamentous fungi

Auteurs: László Mózsik, Mirthe Hoekzema, Niels A.W. de Kok, Roel A.L. Bovenberg, Yvonne Nygård, Arnold J.M. Driessen
Publié dans: Scientific Reports, Numéro vol 11, issue 1, 2021, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-021-99654-6

Cryo-EM studies of membrane proteins at 200 keV

Auteurs: Chancievan Thangaratnarajah, Jan Rheinberger, Cristina Paulino
Publié dans: Current Opinion in Structural Biology, Numéro 76, 2024, Page(s) 102440, ISSN 0959-440X
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2022.102440

All-Photochemical Rotation of Molecular Motors with a Phosphorus Stereoelement

Auteurs: Gregory B. Boursalian, Eise R. Nijboer, Ruth Dorel, Lukas Pfeifer, Omer Markovitch, Alex Blokhuis, Ben L. Feringa
Publié dans: Journal of the American Chemical Society, Numéro 142, 2023, Page(s) 16868-16876, ISSN 0002-7863
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.0c08249

Role of Curvature‐Sensing Proteins in the Uptake of Nanoparticles with Different Mechanical Properties

Auteurs: Daphne Montizaan, Catherine Saunders, Keni Yang, Sajitha Sasidharan, Sourav Maity, Catharina Reker‐Smit, Marc C. A. Stuart, Costanza Montis, Debora Berti, Wouter H. Roos, Anna Salvati
Publié dans: Small, Numéro 19, 2023, ISSN 1613-6810
Éditeur: Wiley - V C H Verlag GmbbH & Co.
DOI: 10.1002/smll.202303267

Quorum sensing communication between lipid-based artificial cells

Auteurs: Antoni Llopis-Lorente, Bastiaan C. Buddingh', R. Martínez-Máñez, Jan C. M. van Hest, Loai K. E. Abdelmohsen
Publié dans: Chemical Communications, Numéro 59, 2024, Page(s) 579-582, ISSN 1359-7345
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d2cc05367e

Water content of rocky exoplanets in the habitable zone

Auteurs: Ádám Boldog, Vera Dobos, László L. Kiss, Marijn van der Perk, Amy C. Barr
Publié dans: Astronomy & Astrophysics, Numéro 681, 2024, Page(s) A109, ISSN 0004-6361
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.1051/0004-6361/202346988

A comparative laboratory study of soft X-ray-induced ionization and fragmentation of five small PAH cations

Auteurs: Yining Huo, Mónica K. Espinoza Cangahuala, Vicente Zamudio-Bayer, Marcelo Goulart, Markus Kubin, Martin Timm, J. Tobias Lau, Bernd von Issendorff, Ronnie Hoekstra, Shirin Faraji, Thomas Schlathölter
Publié dans: The European Physical Journal D, Numéro 77, 2023, ISSN 1434-6060
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.1140/epjd/s10053-023-00763-w

Key features of inhibitor binding to the human mitochondrial pyruvate carrier hetero-dimer

Auteurs: Sotiria Tavoulari, Tom J.J. Schirris, Vasiliki Mavridou, Chancievan Thangaratnarajah, Martin S. King, Daniel T.D. Jones, Shujing Ding, Ian M. Fearnley, Edmund R.S. Kunji
Publié dans: Molecular Metabolism, Numéro 60, 2022, Page(s) 101469, ISSN 2212-8778
Éditeur: Elsevier GmbH
DOI: 10.1016/j.molmet.2022.101469

Lipid-Based Nanoparticle Functionalization with Coiled-Coil Peptides for <i>In Vitro</i> and <i>In Vivo</i> Drug Delivery

Auteurs: Dennis Aschmann; Renzo A. Knol; Alexander Kros
Publié dans: Accounts of Chemical Research, Numéro 57, 8,, 2024, Page(s) 1098–1110, ISSN 0001-4842
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.accounts.3c00769

Structural consequences of BMPR2 kinase domain mutations causing pulmonary arterial hypertension

Auteurs: Apirat Chaikuad, Chancievan Thangaratnarajah, Frank von Delft, Alex N. Bullock
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 9, 2022, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-019-54830-7

Ancestral-sequence reconstruction unveils the structural basis of function in mammalian FMOs

Auteurs: Callum R Nicoll, Gautier Bailleul, Filippo Fiorentini, María Laura Mascotti, Marco W Fraaije*, Andrea Mattevi
Publié dans: Nature Structural & Molecular Biology, Numéro vol 27, 2019, Page(s) 14-24, ISSN 1545-9985
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-019-0347-2

Fitness landscape of substrate-adaptive mutations in evolved amino acid-polyamine-organocation transporters

Auteurs: Foteini Karapanagioti, Úlfur Águst Atlason, Dirk J Slotboom, Bert Poolman, Sebastian Obermaier
Publié dans: eLife, Numéro 13, 2024, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.93971.3

Stoichiometry alone can steer supramolecular systems on complex free energy surfaces with high selectivity

Auteurs: Dávid Komáromy, Theodora Tiemersma-Wegman, Johan Kemmink, Giuseppe Portale, Paul R. Adamski, Alex Blokhuis, Friso S. Aalbers, Ivana Marić, Guillermo Monreal Santiago, Jim Ottelé, Ankush Sood, Vittorio Saggiomo, Bin Liu, Pieter van der Meulen, Sijbren Otto
Publié dans: Chem, Numéro 7, 2023, Page(s) 1933-1951, ISSN 2451-9294
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.chempr.2021.05.020

CRISPR-based transcriptional activation tool for silent genes in filamentous fungi

Auteurs: László Mózsik, Mirthe Hoekzema, Niels A W de Kok, Roel A L Bovenberg, Yvonne Nygård, Arnold J M Driessen
Publié dans: Scientific Reports, Numéro vol 11, issue 1, 2021, Page(s) 13 pages, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-020-80864-3

Natamycin sequesters ergosterol and interferes with substrate transport by the lysine transporter Lyp1 from yeast

Auteurs: Maria Szomek, Peter Reinholdt, Hanna-Loisa Walther, Holger A. Scheidt, Peter Müller, Sebastian Obermaier, Bert Poolman, Jacob Kongsted, Daniel Wüstner
Publié dans: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembranes, Numéro 1864, 2024, Page(s) 184012, ISSN 0005-2736
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bbamem.2022.184012

Bidirectional ATP-driven transport of cobalamin by the mycobacterial ABC transporter BacA

Auteurs: Mark Nijland; Solène N. Lefebvre; Chancievan Thangaratnarajah; Dirk J. Slotboom
Publié dans: Nature Communications, Numéro 15 / 1, 2024, Page(s) 9 pages, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-46917-1

Reconstructing the evolutionary history of F420-dependent dehydrogenases

Auteurs: M. Laura Mascotti, Hemant Kumar, Quoc-Thai Nguyen, Maximiliano Juri Ayub, Marco W. Fraaije
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 8, 2022, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-018-35590-2

Investigating the biochemical signatures and physiological roles of the FMO family using molecular phylogeny

Auteurs: C.R. Nicoll, M.L. Mascotti
Publié dans: BBA Advances, Numéro 4, 2023, Page(s) 100108, ISSN 2667-1603
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.bbadva.2023.100108

One Soai reaction, two mechanisms?

Auteurs: Yannick Geiger
Publié dans: Chemical Society Reviews, Numéro 14604744, 2022, ISSN 1460-4744
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d1cs01038g

Endocytosis-like DNA uptake by cell wall-deficient bacteria

Auteurs: Renée Kapteijn, Shraddha Shitut, Dennis Aschmann, Le Zhang, Marit de Beer, Deniz Daviran, Rona Roverts, Anat Akiva, Gilles P. van Wezel, Alexander Kros, Dennis Claessen
Publié dans: Nature Communications, Numéro 13, 2022, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-33054-w

The topological shadow of $${{{\mathbb {F}}}_1}$$-geometry: congruence spaces

Auteurs: Oliver Lorscheid, Samarpita Ray
Publié dans: Mathematische Zeitschrift, Numéro 306, 2024, ISSN 0025-5874
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00209-023-03425-0

Hybrid Biodegradable Nanomotors through Compartmentalized Synthesis

Auteurs: Imke AB Pijpers, Shoupeng Cao, Antoni Llopis-Lorente, Jianzhi Zhu, Shidong Song, Rick RM Joosten, Fenghua Meng, Heiner Friedrich, David S Williams, Samuel Sánchez, Jan CM van Hest, Loai KEA Abdelmohsen
Publié dans: Nano Letters, Numéro issue 20 / 6, 2020, Page(s) 4472-4480
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.nanolett.0c01268

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