Massive Reverse Genomics to Decipher Gene Regulatory Grammar

Informazioni relative al progetto

MRG-GRammar

ID dell’accordo di sovvenzione: 664918

DOI 10.3030/664918

Progetto chiuso

Data della firma CE 31 Maggio 2015

Data di avvio 1 Agosto 2015

Data di completamento 31 Luglio 2018

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - Future and Emerging Technologies (FET)

Costo totale € 3 999 661,00

Contributo UE € 3 999 661,00

Coordinato da

TECHNION - ISRAEL INSTITUTE OF TECHNOLOGY
Israel

CORDIS fornisce collegamenti ai risultati finali pubblici e alle pubblicazioni dei progetti ORIZZONTE.

I link ai risultati e alle pubblicazioni dei progetti del 7° PQ, così come i link ad alcuni tipi di risultati specifici come dataset e software, sono recuperati dinamicamente da .OpenAIRE .

Risultati finali

Other (1)

Website

Project website for visibility, raising awareness and dissemination purposes. The website will be maintained throughout the execution and will stay alive at least 2 years after the project end.

Documents, reports (4)

Unnatural enhancer data-set and report

Natural enhancer data-set and report

Bottom-up data-set report

Top-down data-set report

Pubblicazioni

Peer reviewed articles (8)

The interaction landscape between transcription factors and the nucleosome

Autori: Fangjie Zhu, Lucas Farnung, Eevi Kaasinen, Biswajyoti Sahu, Yimeng Yin, Bei Wei, Svetlana Dodonova, Patrick Cramer, Jussi Taipale
Pubblicato in: Nature, 2017, ISSN 2520-1158
Editore: Nature
DOI: 10.1101/240598

Gene expression variability across cells and species shapes innate immunity

Autori: Tzachi Hagai, Xi Chen, Ricardo J. Miragaia, Tomas Gomes, Raghd Rostom, Natalia Kunowska, Valentina Proserpio, Giacomo Donati, Lara Bossini-Castillo, Guy Naamati, Guy Emerton, Gosia Trynka, Ivanela Kondova, Mike Denis, Sarah A Teichmann
Pubblicato in: Nature, 2017, ISSN 2520-1158
Editore: Nature
DOI: 10.1101/137992

Genome-wide CRISPR screens in T helper cells reveal pervasive cross-talk between activation and differentiation

Autori: Johan Henriksson, Xi Chen, Tomás Gomes, Ubaid Ullah, Kerstin B Meyer, Ricardo Miragaia, Graham Duddy, Jhuma Pramanik, Kosuke Yusa, Riita Lahesmaa, Sarah A. Teichmann
Pubblicato in: Cell, 2017, ISSN 2073-4409
Editore: Cell
DOI: 10.1101/196022

A rapid and robust method for single cell chromatin accessibility profiling

Autori: Xi Chen, Kedar Nath Natarajan, Sarah A Teichmann
Pubblicato in: Nature Communiction, 2018, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/309831

Developmental enhancers and chromosome topology

Autori: Eileen E. M. Furlong, Michael Levine
Pubblicato in: Science, 2018, ISSN 1095-9203
Editore: Science Magazine
DOI: 10.1126/science.aau0320

A Synthetic Oligo Library and Sequencing Approach Reveals an Insulation Mechanism Encoded within Bacterial σ 54 Promoters

Autori: Lior Levy, Leon Anavy, Oz Solomon, Roni Cohen, Michal Brunwasser-Meirom, Shilo Ohayon, Orna Atar, Sarah Goldberg, Zohar Yakhini, Roee Amit
Pubblicato in: Cell Reports, Numero 21/3, 2017, Pagina/e 845-858, ISSN 2211-1247
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2017.09.063

Genome-wide analysis of fitness data and its application to improve metabolic models

Autori: Edward Vitkin, Oz Solomon, Sharon Sultan, Zohar Yakhini
Pubblicato in: BMC Bioinformatics, Numero 19/1, 2018, ISSN 1471-2105
Editore: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-018-2341-9

Using synthetic bacterial enhancers to reveal a looping-based mechanism for quenching-like repression

Autori: Michal Brunwasser-Meirom, Yaroslav Pollak, Sarah Goldberg, Lior Levy, Orna Atar, Roee Amit
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 7, 2016, Pagina/e 10407, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/ncomms10407

Other (1)

A Looping-Based Model for Quenching Repression

Autori: Yaroslav Pollak, Sarah Goldberg, Roee Amit
Pubblicato in: PLOS, 2017
Editore: plos.org
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1005337