Massive Reverse Genomics to Decipher Gene Regulatory Grammar

Projektinformationen

MRG-GRammar

ID Finanzhilfevereinbarung: 664918

DOI 10.3030/664918

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 31 Mai 2015

Startdatum 1 August 2015

Enddatum 31 Juli 2018

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - Future and Emerging Technologies (FET)

Gesamtkosten € 3 999 661,00

EU-Beitrag € 3 999 661,00

Koordiniert durch

TECHNION - ISRAEL INSTITUTE OF TECHNOLOGY
Israel

Leistungen

Other (1)

Website

Project website for visibility, raising awareness and dissemination purposes. The website will be maintained throughout the execution and will stay alive at least 2 years after the project end.

Documents, reports (4)

Unnatural enhancer data-set and report

Natural enhancer data-set and report

Bottom-up data-set report

Top-down data-set report

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (8)

The interaction landscape between transcription factors and the nucleosome

Autoren: Fangjie Zhu, Lucas Farnung, Eevi Kaasinen, Biswajyoti Sahu, Yimeng Yin, Bei Wei, Svetlana Dodonova, Patrick Cramer, Jussi Taipale
Veröffentlicht in: Nature, 2017, ISSN 2520-1158
Herausgeber: Nature
DOI: 10.1101/240598

Gene expression variability across cells and species shapes innate immunity

Autoren: Tzachi Hagai, Xi Chen, Ricardo J. Miragaia, Tomas Gomes, Raghd Rostom, Natalia Kunowska, Valentina Proserpio, Giacomo Donati, Lara Bossini-Castillo, Guy Naamati, Guy Emerton, Gosia Trynka, Ivanela Kondova, Mike Denis, Sarah A Teichmann
Veröffentlicht in: Nature, 2017, ISSN 2520-1158
Herausgeber: Nature
DOI: 10.1101/137992

Genome-wide CRISPR screens in T helper cells reveal pervasive cross-talk between activation and differentiation

Autoren: Johan Henriksson, Xi Chen, Tomás Gomes, Ubaid Ullah, Kerstin B Meyer, Ricardo Miragaia, Graham Duddy, Jhuma Pramanik, Kosuke Yusa, Riita Lahesmaa, Sarah A. Teichmann
Veröffentlicht in: Cell, 2017, ISSN 2073-4409
Herausgeber: Cell
DOI: 10.1101/196022

A rapid and robust method for single cell chromatin accessibility profiling

Autoren: Xi Chen, Kedar Nath Natarajan, Sarah A Teichmann
Veröffentlicht in: Nature Communiction, 2018, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/309831

Developmental enhancers and chromosome topology

Autoren: Eileen E. M. Furlong, Michael Levine
Veröffentlicht in: Science, 2018, ISSN 1095-9203
Herausgeber: Science Magazine
DOI: 10.1126/science.aau0320

A Synthetic Oligo Library and Sequencing Approach Reveals an Insulation Mechanism Encoded within Bacterial σ 54 Promoters

Autoren: Lior Levy, Leon Anavy, Oz Solomon, Roni Cohen, Michal Brunwasser-Meirom, Shilo Ohayon, Orna Atar, Sarah Goldberg, Zohar Yakhini, Roee Amit
Veröffentlicht in: Cell Reports, Ausgabe 21/3, 2017, Seite(n) 845-858, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2017.09.063

Genome-wide analysis of fitness data and its application to improve metabolic models

Autoren: Edward Vitkin, Oz Solomon, Sharon Sultan, Zohar Yakhini
Veröffentlicht in: BMC Bioinformatics, Ausgabe 19/1, 2018, ISSN 1471-2105
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-018-2341-9

Using synthetic bacterial enhancers to reveal a looping-based mechanism for quenching-like repression

Autoren: Michal Brunwasser-Meirom, Yaroslav Pollak, Sarah Goldberg, Lior Levy, Orna Atar, Roee Amit
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 7, 2016, Seite(n) 10407, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/ncomms10407

Other (1)

A Looping-Based Model for Quenching Repression

Autoren: Yaroslav Pollak, Sarah Goldberg, Roee Amit
Veröffentlicht in: PLOS, 2017
Herausgeber: plos.org
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1005337