Le marquage de l'ADN accélère la cartographie du génome
Pour répondre à l'augmentation rapide de la demande en séquençage génomique à haut débit, les partenaires du projet FLYSNP de l'université d'Uppsala (Suède) ont développé une nouvelle technique de mini-séquençage matriciel (TAMS, de l'anglais tag-array minisequencing system). Cette technique associe la méthode hautement spécifique du mini-séquençage et le format matriciel, ce qui lui permet d'analyser de multiples échantillons simultanément. L'analyse génotypique a été réalisée au moyen d'une ingénieuse méthode de marquage des séquences de polymorphismes de nucléotide simple (SNP), ces séquences qui ne varient que par un seul nucléotide. Pour atteindre cet objectif, les amorces de détection ont été conçues pour s'apparier de façon contiguë en amont de la séquence polymorphique étudiée. L'extension de ces amorces se fait ensuite par des nucléotides fluorescents, complémentaires des nucléotides du site de SNP. Les marqueurs s'apparient alors avec les marqueurs complémentaires (cTag) fixés sur la biopuce, permettant ainsi le génotypage des SNP. Cette technique de mini-séquençage matriciel est simple, peu coûteux et permet d'analyser simultanément jusqu'à 200 positions SNP sur 80 échantillons différents. La réduction des coûts provient de l'analyse en parallèle et des petits volumes de réaction nécessaires. Afin de pouvoir analyser la grande quantité d'informations produites par cette technique, le groupe bioinformatique de l'IMP/IMBA a conçu un logiciel traduisant ces données en génotype et présentant ce résultat sous une forme graphique conviviale. La diffusion de cette technique et ses applications potentielles pour les recherches sur le génome humain constituait une priorité essentielle du projet FLYSNP et du département des sciences médicales MEDSCI de l'université d'Uppsala. Une approche pratique comprenant des cours sur le mini-séquençage matriciel TAMS a été élaborée tant pour les visiteurs de l'université que pour les étudiants. Enfin, un site internet présentant l'ensemble du projet (http://flysnp.imp.ac.at/) fournit tous les détails de la technique TAMS ainsi que des liens vers les bases de données FlyBase et DrosDel du génome de la drosophile.
