Przyspieszanie mapowania genomu poprzez znakowanie DNA
Aby sprostać szybko postępującemu zapotrzebowaniu na wysokowydajną sekwencję genomiczną, partnerzy projektu FLYSNP z Uppsala University w Szwecji opracowali nową technikę minisekwencjonowania macierzy znaczników TAMS (ang. Tag-Array Minisequencing System). Jest to połączenie wysoko wyspecjalizowanej metody minisekwencjonowania oraz formatu mikromacierzy, co umożliwia jednoczesną analizę kilku próbek. W analizie genotypu zastosowano genialną metodę znakowania polimorfizmów pojedynczego nukleotydu (SNP), które są sekwencjami różniącymi się tylko jednym nukleotydem. Na drodze dokładnych badań opracowano primery detekcji, których zadaniem było odkształcenie nukleotydu umieszczonego bezpośrednio nad i przyległego do innych cząsteczek w sekwencji polimorficznej. Następnie rozbudowano primery o oznakowane fluorescencyjnie nukleotydy, które stanowiły uzupełnienie nukleotydu w miejscu SNP. Znaczniki hybrydyzują do właściwego znacznika cTag w mikromacierzy, umożliwiając genotypowanie polimorfizmów SNP. Prosta i ekonomiczna technika TAMS pozwala na jednoczesną analizę ponad 200 pozycji SNP w 80 próbkach. Równoległa analiza w połączeniu z niewielką liczbą próbek reakcyjnych prowadzi do redukcji kosztów. Analizę dużej ilości informacji zapewnia program opracowany przez grupę bioinformatyków IMP/IMBA, który przetwarza dane na genotyp i wyświetla dane wyjściowe w postaci wykresu zrozumiałego dla użytkownika. Priorytetem zespołu projektu FLYSNP oraz działu nauk medycznych MEDSCI, Uppsala University, jest rozpowszechnianie tej techniki i jej stosowania w badaniach nad ludzkim genomem. Goście oraz absolwenci uniwersytetu mogą wziąć udział w kursach w zakresie systemu TAMS. Szczegółowe informacje o technice TAMS oraz łącza do baz danych genomów muszki owocowej FlyBase i DrosDel są dostępne na stronie internetowej projektu pod adresem http://flysnp.imp.ac.at/.
