Il tagging del DNA velocizza la mappatura del genoma
Per rispondere alla domanda in rapido aumento di sequenziamento genomico ad alte prestazioni, i partner del progetto FLYSNP presso l'Università di Uppsala in Svezia hanno sviluppato una nuova tecnica, un sistema tag-array minisequencing (TAMS). Si tratta di una combinazione del metodo di minisequencing altamente specifico e di un formato microarray che permette di analizzare simultaneamente più campioni. L'analisi dei genotipi si ottiene con un metodo ingegnoso di tagging dei polimorfismi a singolo nucleotide (SNP), sequenze che variano per un solo nucleotide. Per farlo, sono stati progettati primer per il rilevamento che aderiscono direttamente a monte e vicino alla sequenza polimorfica sotto studio. Questi primer vengono poi estesi con nucleotidi con marcatura fluorescente complementari al nucleotide presso il sito SNP. I tag poi si ibridano nei corrispondenti cTag sul microarray consentendo la genotipizzazione dell'SNP. Questa tecnica di tag-array minisequencing è semplice, a basso costo e può comunque analizzare fino a 200 posizioni SNP in 80 campioni simultaneamente. Il costo ridotto è dovuto all'analisi in parallelo e ai bassi volumi di reazione necessari. Per analizzare la grande quantità di informazioni prodotte, il software sviluppato dal gruppo di bioinformatica IMP/IMBA traduce i dati nel genotipo e presenta il risultato in formato grafico intuitivo. La divulgazione della tecnica e le sue applicazioni nella ricerca sul genoma umano sono un'alta priorità per il FLYSNP e per il reparto di scienze mediche, MEDSCI, presso l'Università di Uppsala. Un approccio pratico include corsi sul TAMS offerti ai visitatori dell'università e ai laureati. In generale, il vasto sito web del progetto http://flysnp.imp.ac.at/ fornisce tutti i dettagli sulla tecnica TAMS insieme ai link ai database sul genoma della Drosophila, FlyBase e DrosDel.
