Détection de polymorphisme de nucléotide simple chez l'ivraie vivace
Différentes méthodes ont été mises au point pour détecter les polymorphismes de nucléotides simples (SNP) dans le cadre d'une stratégie de culture à base de marqueurs SNP pour les herbes. Parmi les critères évalués, citons la capacité de production, la robustesse/capacité de reproduction, le contenu d'information et l'efficacité économique. Au total, les scientifiques du projet GRASP ont évalué neuf techniques différentes de détection et d'identification des SNP liés aux traits. En outre, trois des partenaires du consortium ont choisi de préférence le système Sequenom MassARRAY. Ce système utilise la spectrométrie de masse MALDI-TOF (pour Matrix assisted laser desorption ionization - time of flight, ou ionisation de désorption laser matricielle - temps de vol), qui permet une analyse complètement automatisée du génotype. Cette technique constitue un outil puissant, flexible et très productif d'identification précise des variations génétiques. Elle est également simple à utiliser et efficace en termes économiques. Les génotypes ont été séparés en fonction de leur masse et toutes les analyses ont été conçues par ordinateur. D'où la possibilité d'analyser plusieurs sites SNP indépendants à l'aide d'une analyse de frappe unique, et l'inutilité de recourir à un étiquetage fluorescent. Les chercheurs ont utilisé deux méthodes différentes pour effectuer le séquençage et la détection des haplotypes et des SNP dans 20 génotypes d'ivraie vivace. La première méthode comporte le clonage et le séquençage d'au moins cinq fragments de PRC (réaction en chaîne par polymérase) pour chaque génotype et combinaison de gènes candidats. La seconde méthode utilise un séquençage direct par haplotype, qui permet d'obtenir des séquences d'ADN des deux allèles.
