Utilisation des biopuces à ADN pour étudier les microbes du sol
Les biopuces à ADN ont été conçues et réalisées dans le cadre du projet ACCESS, pour étudier les connexions entre les voies métaboliques de dégradation et la physiologie cellulaires de ces microorganismes. La biodégradation est le processus de décomposition des matières organiques par les enzymes de ces organismes vivants. Ce travail s'est fait dans le cadre d'un projet plus vaste d'une étude d'ingénierie environnementale de sites pollués par l'atrazine, l'acide dichloro 2,4 phénoxyacétique (2,4-D) ou des herbicides similaires. Des informations détaillées du métabolisme ont servi de base pour la création d'outils de biologie moléculaire permettant aux scientifiques de comprendre les processus de dégradation régissant la biologie de ces communautés complexes de microorganismes. Ce qui a permis de mieux comprendre comment ces communautés s'adaptaient à des conditions de stress. La première biopuce a été conçue pour comprendre, grâce aux différentes concentrations d'ARN messagers, comment les cellules réagissaient en présence de différentes molécules effectrices provenant de voies métaboliques sélectionnées. La deuxième biopuce contenait les gènes impliqués dans les voies cataboliques de composés aromatiques, dont la fonction est de décomposer ces molécules en plus petites unités en produisant de l'énergie pour les cellules. Le troisième système élaboré était une biopuce d'ADN destinée à l'étude de la diversité des populations et des dynamiques biologiques de ces microorganismes dans des écosystèmes complexes tels que celui du sol. La capacité de création d'ADN de référence ou de sondes d'hybridation sans connaissance préalable de la séquence génétique ou sans besoin de banques de données évolutives de séquences constitue l'un des avantages de cette méthode. Une série de sondes d'hybridation avec un niveau de résolution plus élevé peut être utilisée comme outil pour analyser à l'échelle individuelle des membres d'une même communauté microbienne.
