Uso de biochips de ADN para estudiar los microbios del suelo
El proyecto ACCESS diseñó y aplicó biochips de ADN para estudiar las relaciones entre la fisiología celular y determinadas rutas de biodegradación. La biodegradación es la descomposición de sustancias orgánicas por las enzimas producidas por organismos vivos. Este trabajo formó parte de un estudio importante de ecoingeniería en lugares contaminados por atrazina, ácido acético 2,4-diclorofenoxi (2,4-D) y plaguicidas similares. Se usaron datos metabólicos detallados para crear herramientas de biología molecular para ayudar a los científicos a entender los procesos de degradación de comunidades complejas de microorganismos. Esto permitió conocer el modo en que estas comunidades se adaptan a condiciones adversas. El primer chip fue diseñado para ver cómo reaccionan las células ante la presencia de diferentes moléculas efectoras de la ruta seleccionada y su respuesta en niveles de ARNm. Para el segundo biochip se usaron los genes de las rutas catabólicas para compuestos aromáticos que descomponen las moléculas en unidades más pequeñas, liberando energía. El tercer sistema diseñado fue un chip de ADN para estudiar la diversidad de población y la dinámica de los microorganismos en ecosistemas complejos, incluido el suelo. Una ventaja de este método era el potencial para producir ADN de referencia o sondas sin conocimientos previos de las secuencias ni la necesidad de usar bases de datos de secuencias en evolución. Es posible usar una serie de sondas de hibridación con niveles de resolución progresivamente más elevados como herramientas para analizar por separado cada uno de los miembros de una comunidad microbiana determinada.
