Utilizzo di microarray di DNA per lo studio dei microbi del suolo
Con il progetto ACCESS sono stati progettati e implementati microarray di DNA per lo studio dei legami tra la fisiologia cellulare e determinate serie di reazioni della biodegradazione. La biodegradazione è la decomposizione delle sostanze organiche per mezzo di enzimi prodotti da organismi viventi. Questo lavoro faceva parte di uno studio principale sull'ecoingegneria dei siti contaminati da atrazina, 2,4-D (acido 2-4-diclorofenossiacetico) ed erbicidi simili. Sono state utilizzate informazioni metaboliche dettagliate per creare strumenti di biologia molecolare in grado di assistere gli scienziati nella comprensione dei processi di decomposizione di complesse comunità di microrganismi. Il lavoro ha prodotto notevoli approfondimenti sulla modalità con cui queste comunità si adattano a condizioni di stress. Il primo array è stato progettato per scoprire la reazione delle cellule alla presenza di varie molecole effettrici del pathway selezionato e la relativa risposta nei livelli di mRNA. Il secondo microarray ha coinvolto i geni utilizzati nei pathway catabolici per composti aromatici che suddividono le molecole in unità più piccole, rilasciando energia. Il terzo sistema progettato era un array di DNA per lo studio della diversità delle popolazioni e della dinamica dei microrganismi in ecosistemi complessi, incluso il suolo. Un vantaggio di questo metodo era rappresentato dal potenziale per la produzione di DNA di riferimento o indagini senza conoscenze pregresse delle sequenze e senza alcuna necessità di sviluppo di database di sequenze. Una serie di sonde per ibridazione dotate di livelli di risoluzione sempre più elevati può essere utilizzata come strumento di analisi dei singoli membri di una determinata comunità microbica.
