Carte de la résistance des mastites
La mastite, ou inflammation de la glande mammaire chez le bétail, réduit la qualité du lait et est responsable d'une diminution des jours de traite lorsque les animaux sont sous traitement. La mastite se traite à l'aide d'antibiotiques qui perdent de leur popularité en Europe. Une meilleure hygiène, une bonne gestion et une sélection améliorée pour la résistance à cette maladie représentent des stratégies alternatives. À l'heure actuelle, les programmes de reproduction ont énormément négligé l'inclusion de la résistance à la mastite étant donné le degré relativement faible d'héritabilité. Les partenaires du projet MASTITIS RESISTANCE ont tenté de faire face à ces omissions dans les programmes de reproduction conventionnels. Les chercheurs se sont penchés sur l'apport d'instruments destinés à la reproduction en vue d'améliorer la résistance génétique à cette maladie contraignante. Ils ont donc décidé de réaliser une carte chromosomique du bétail en vue de déterminer la proximité des gènes de résistance aux caractères des marqueurs qui peuvent facilement être identifiés. La sélection assistée par marqueurs (SAM) dans un programme de reproduction pourrait ensuite être employée. La carte chromosomique peut être réalisée à l'aide d'études de liaison. Le principe dépend de la probabilité de séparation des gènes durant la formation des gamètes lorsque les chromosomes se cassent et se réassocient à certains points. De manière générale, si la probabilité de recombinaison est importante, cela signifie que les gènes sont éloignés étant donné qu'il y aura d'autres cassures. L'inverse se vérifie également. Plus les gènes sont proches, plus la probabilité d'une séparation entre eux est réduite. Le mappage utilisant cette technique de déséquilibre de liaison (LD pour linkage disequilibrium) requiert une grande quantité d'informations. Ainsi, l'équipe du Animal Genetics and Genomics Centre (centre de génétique et de génomique animales) de Lelystad aux Pays-Bas a utilisé une grande quantité de données historiques. Cette méthode de mappage s'est révélée très fructueuse en ce qui concerne le génome humain et a atteint un haut degré de résolution. Dans un effort de perfectionner cette technique, l'équipe a mis au point des méthodes permettant de calculer la probabilité IBD (identical by descent ou identique par descendance) prenant en compte les familles et les espèces étudiées. Une matrice IBD a ensuite été mise au point; il a cependant fallu la vérifier. La comparaison des haplotypes fondateurs (ou variantes génétiques statistiquement associées) avec la matrice créée a ensuite été effectuée. En raison du grand nombre d'haplotypes à comparer, le groupe a programmé plusieurs façons de grouper ces variantes. Une grande quantité d'information a été collectée; ainsi, le futur mappage utilisant l'analyse de liaison LD requerra davantage de ressources informatiques. Ces résultats ont cependant indéniablement ouvert la voie à de nouvelles méthodes de contrôle de la maladie grâce à la reproduction, et ce en utilisant la sélection de marqueurs identifiables associée aux polymorphismes de résistance à la mastite.
