Mappa della resistenza alla mastite
La mastite, o infiammazione della mammella nelle vacche, causa una diminuzione della qualità del latte ed una perdita di giorni di mungitura mentre l'animale viene curato. Tra le cure per la mastite vi sono gli antibiotici, sempre meno popolari in Europa. Maggiore igiene, allevamento e selezione in base alla resistenza sono le strategie alternative. Fino ad oggi tuttavia i programmi di selezione animale hanno ampiamente trascurato l'inclusione della resistenza alla mastite perché il grado d'ereditarietà è relativamente basso. I partner del progetto MASTITIS RESISTANCE hanno inteso rimediare a questa omissione nei programmi d'incrocio convenzionali. I partner hanno concentrato la loro ricerca sull'ideazione di strumenti di selezione per migliorare la resistenza genetica a questa debilitante malattia, e a tale scopo hanno messo a punto una mappa dettagliata dei cromosomi delle vacche per determinare la prossimità dei geni di resistenza ai caratteri di marcatori facilmente identificabili. In questo modo è possibile servirsi della MAS (Marker assisted selection) in un programma di selezione genetica. La mappa dei cromosomi può essere redatta utilizzando gli studi di collegamento dei geni. Il principio dipende dalla probabilità di separazione dei geni nella formazione dei gameti quando i cromosomi si spezzano e si ricombinano in determinati punti. Ovverosia, se la probabilità di ricombinazione è alta, ne consegue che i geni sono abbastanza lontani perché vi saranno più interruzioni. E, ovviamente, è vero anche il contrario. Più sono vicini, meno saranno divisi l'uno dall'altro. Creare una mappa servendosi della tecnica del cosiddetto LD, ossia lo squilibrio da associazione gametica, richiede una forte quantità di informazioni. L'équipe dell'Animal Genetics and Genomics Centre di Lelystad, nei Paesi Bassi, ha dunque utilizzato un'imponente quantità di dati storici. Lo stesso metodo era stato usato con gran successo per mappare il genoma umano, con un elevato grado di risoluzione. Raffinando la tecnica, l'équipe ha sviluppato metodi per calcolare la probabilità IBD (identical by descent) tenendo conto delle famiglie e delle razze allo studio. È stata poi costruita una matrice IBD da verificare. A questo punto, è stata intrapresa la comparazione di tutti gli aplotipi trovati, o varianti genetiche statisticamente associate, con la matrice risultante. A causa dell'enorme numero di aplotipi da comparare, il gruppo ha programmato vari modi di raggruppare queste varianti. Ma la grande quantità di informazione di inserire fa sì che le future mappe ad alta risoluzione costruite con l'analisi dello squilibrio da associazione gametica richiederanno una maggiore quantità di risorse informatiche. Tuttavia questi risultati hanno indubbiamente aperto la strada al controllo della malattia mediante incrocio e selezione dei marcatori identificabili associati ai polimorfismi di resistenza alla mastite.
