Gestion génomique pour une meilleure résilience et efficacité du bétail
L’élevage, notamment le tri entre le bétail d’élevage et celui destiné à l’abattoir, repose avant tout sur l’intuition. Imaginons un instant que les agriculteurs puissent étayer leurs décisions sur des informations génétiques et non génétiques précises? Dans cette nouvelle réalité, la valeur de chaque animal et sa pertinence pour la reproduction seraient déterminées au moyen d’outils de gestion spécialement conçus à cet effet. C’est précisément l’ambition du projet GenTORE (Genomic management Tools to Optimise Resilience and Efficiency), financé par l’UE. «Les agriculteurs se posent souvent une foule de questions à propos de leurs animaux, et la réponse à ces questions dépend essentiellement des capacités innées (du génotype) et de l’état actuel ou phénotype des animaux», explique Nicolas Friggens, chercheur à l’INRAE et coordinateur du projet GenTORE. Jusqu’à il y a peu, ces deux facteurs ne pouvaient faire l’objet que d’approximations. Mais l’essor de la génomique et des technologies automatisées de surveillance sur site pourrait complètement changer la donne. «Ces technologies pourraient fournir des informations très précises pour orienter les décisions les plus cruciales des agriculteurs», explique Nicolas Friggens. Tirant directement parti de ces progrès, GenTORE fournit une gamme d’outils qui améliorent la gestion du bétail à chaque étape. Ces outils permettent la sélection de plusieurs races afin d’améliorer la résilience et l’efficacité (R&E) du bétail, la caractérisation des environnements agricoles diversifiés, le phénotypage à grande échelle de la R&E au moyen des technologies déployées à même l’exploitation ainsi que la gestion sur site des décisions de sélection et d’abattage. Les éleveurs peuvent même utiliser GenTORE pour anticiper les conséquences d’un changement de pratique de reproduction et de gestion sur la résilience générale de l’exploitation.
La gestion du bétail passée au microscope
Grâce à GenTORE, les éleveurs peuvent classer leurs vaches en fonction de leur valeur laitière. Sur la base de ces informations, ils peuvent ensuite décider quelles vaches doivent être fécondées avec de la semence de taureaux laitiers, et celles qui doivent être fécondées avec de la semence de races à viande qui augmenteront la valeur des veaux pour la production de viande. L’éventail des possibilités est toutefois bien plus large: «Forts des informations génomiques sur leurs vaches, les éleveurs seront en mesure de sélectionner les taureaux qui donnent la combinaison génétique la plus favorable. GenTORE a déjà développé de tels outils, qui sont actuellement déployés par les entreprises de sélection et les éleveurs», fait remarquer Nicolas Friggens. Pour atteindre ce niveau de précision, le consortium GenTORE a dû établir une base de données unique de plus d’un million de génotypes et combiner les génotypes avec les phénotypes de R&E. Il s’agissait sans doute de l’aspect le plus difficile du projet. «Dans certains cas, en général dans les grands systèmes de production de viande bovine, les données disponibles étaient très limitées. Nous avons dû procéder à des essais spécifiques au sein de GenTORE», explique Nicolas Friggens. Il ajoute: «Nous voulions également voir s’il était possible de surveiller les animaux à distance. Les informations en la matière étant inexistantes, nous avons mené nos propres études en utilisant la technologie de drones. Les informations obtenues montrent que cette technologie est prometteuse, mais qu’elle n’est pas encore prête à être déployée.» De nombreux autres outils le sont. Outre l’outil de classement, l’équipe de GenTORE a élaboré une cartographie pan-européenne combinant des informations géophysiques, météorologiques et relatives au type d’exploitation, qui fournit des informations clés sur le contexte de production local. Les membres de l’équipe ont également conçu des méthodes améliorées pour le phénotypage des R&E en ayant recours à des technologies sur site qui mesurent à la fois les performances des animaux (production laitière, masse corporelle, etc.) et d’autres facteurs tels que l’activité et la température. Enfin, ils ont élaboré de nouvelles méthodes qui améliorent l’évaluation génomique des animaux issus de croisements. «Nous espérons que nos travaux permettront de donner vie à de nouvelles générations de vaches mieux adaptées à leur environnement de production local. Une meilleure adaptation des animaux est synonyme de bien-être accru, de longévité accrue et d’efficacité durable pour les systèmes de production de bovins.» Les outils de gestion sur site permettront également aux agriculteurs d’adapter leurs stratégies de reproduction afin de produire le bon nombre d’animaux en fonction de leurs besoins. Cela se traduira également par un plus petit nombre d’animaux de remplacement, ce qui est une bonne nouvelle pour l’empreinte environnementale de la production bovine. «Enfin, les modèles de prévision à plus long terme élaborés dans le cadre de GenTORE permettront aux conseillers agricoles et aux agriculteurs de mieux anticiper les effets du changement climatique sur leurs régions et de s’y adapter», conclut Nicolas Friggens.
Mots‑clés
GenTORE, information génomique, données, phénotype, gestion du bétail, vaches
