Supercomputing-Netze stellen sich gemeinsam medizinischer Herausforderung
Zwei Supercomputing-Netze wurden erfolgreich für eine verteilte Simulation eingesetzt, die die Wirksamkeit von Medikamenten gegen mutante Stämme des HI-Virus ermitteln soll. Obgleich die Infrastrukturen der "Distributed European Infrastructure for Supercomputing Applications" (DEISA) und der "GridAustralia-Australian Partnership for Advanced Computing" (APAC) nicht kompatible Plattformen verwenden (UNICORE 5 bzw. Globus Tool Kit), ist es den Forschern gelungen, die Rechenaufgaben auf die beiden Hochleistungscomputernetze (High Performance Computing - HPC) zu verteilen. Da das HI-Virus hoch mutabel ist, entwickelt es oft eine Resistenz gegenüber den Medikamenten, die die Viruslast der Patienten reduzieren und wichtige virale Enzyme binden und hemmen. Wenn dies geschieht, müssen die Patienten auf andere Medikamente umsteigen. Die Wahl der richtigen Medikamente ist eine Grundvoraussetzung für optimale Therapieergebnisse und für die Vermeidung zukünftiger Medikamentenresistenz. Die Simulationen, die von DEISA und APAC durchgeführt werden, sollen diesen Prozess durch die Prüfung der Wirksamkeit bestimmter antiviraler Medikamente gegen eine Reihe mutanter HI-Virenstämme unterstützen. Sie analysieren die durchschnittlichen Interaktionsenergien zwischen Anti-HIV-Medikamenten und dem HIV-Proteasestamm in der Hoffnung, dadurch die Wirksamkeit des Medikaments genau ermitteln zu können. Dazu sind unzählige Rechenvorgänge erforderlich, weshalb der Einsatz von Supercomputern unerlässlich ist. Die Forscher waren auch überzeugt, dass der Einsatz mehrerer Supercomputer in einem Netz und die Verteilung der Aufgaben über mehrere Netze gleichzeitig zu schnelleren Lösungen führen würden. In diesem Projekt wurde zum ersten Mal ein zuverlässiger Datentransfer in beide Richtungen zwischen dem europäischen DEISA-Netz und dem australischen APAC-Netz realisiert.