Superkomputerowe sieci łączą siły, by sprostać wyzwaniu w dziedzinie medycyny
Dwie superkomputerowe sieci z powodzeniem połączyły moce w rozproszonej symulacji skuteczności działania leków na zmutowane szczepy ludzkiego wirusa upośledzenia odporności (HIV). Chociaż rozproszona infrastruktura europejska do zastosowań komputerowych dużej wydajności (DEISA) i infrastruktura GridAustralia organizacji Australian Partnership for Advanced Computing (APAC) wykorzystują niekompatybilne platformy (odpowiednio UNICORE 5 i Globus Tool Kit), badaczom udało się rozdzielić zadania obliczeniowe na te dwie sieci wysokowydajnego przetwarzania danych (HPC). Wirus HIV łatwo ulega mutacjom, a przez to często uodpornia się na leki zmniejszające obciążenie wirusowe u pacjentów oraz wiążące i hamujące krytyczne enzymy wirusowe. Wskutek tego pacjenci muszą zmieniać reżim przyjmowania leków. Zasadnicze znaczenie ma dobór właściwego leku, zapewniającego możliwie największą skuteczność leczenia oraz zapobiegającego rozwojowi dalszej odporności na leki. Symulacje przeprowadzone przez DEISA i APAC mają pomóc w tym procesie przez zbadanie skuteczności działania konkretnych leków przeciwwirusowych na kilka zmutowanych szczepów HIV. Przedmiotem analiz są średnie energie interakcji między lekami przeciw HIV a szczepem proteazy HIV; badacze mają nadzieję, że w ten sposób uda się dokładnie ocenić skuteczność leków. Potrzeba do tego olbrzymiej ilości obliczeń i dlatego proces ten wymaga mocy obliczeniowej, jaką dysponują superkomputery. Badacze byli pewni, że skrócą czas potrzebny na osiągnięcie wyniku, jeżeli zastosują kilka superkomputerów w sieci i rozdzielą zadania na różne sieci pracujące równocześnie. Tym samym po raz pierwszy wykazano możliwość wiarygodnego, automatycznego dwukierunkowego przekazywania danych między europejską siecią DEISA a australijską siecią APAC.