Griglie di supercalcolo si sostengono a vicenda per far fronte a una sfida medica
Due reti di supercalcolo hanno unito le loro forze con successo in una simulazione distribuita dell'efficacia dei medicinali sui ceppi mutanti del virus dell'immunodeficienza umana (HIV). Sebbene le infrastrutture «Distributed European Infrastructure for Supercomputing Application» (DEISA) e «GridAustralia-Australian Partnership for Advanced Computing» (APAC) impieghino piattaforme di base incompatibili (rispettivamente l'UNICORE 5 e il Globus Tool Kit), i ricercatori sono riusciti a ripartire i compiti di calcolo sulle due griglie di calcolo ad alte prestazioni (HPC). Poiché l'HIV è altamente mutabile, spesso diventa resistente ai farmaci che riducono i carichi virali dei pazienti e legano e inibiscono enzimi virali di cruciale importanza. Di conseguenza, i pazienti devono cambiare il loro regime farmacologico. È essenziale selezionare i giusti farmaci, al fine di fornire il migliore trattamento possibile, nonché prevenire lo sviluppo di un'ulteriore resistenza ai farmaci. Le simulazioni condotte dal DEISA e dall'APAC mirano ad agevolare questo processo, testando l'efficacia di particolari farmaci antivirali contro una serie di ceppi mutanti dell'HIV. Essi analizzano le energie medie di interazione tra i farmaci anti-HIV e il ceppo della proteasi dell'HIV, nella speranza di fornire una valutazione accurata dell'efficacia dei farmaci. A tale scopo è necessario effettuare un enorme numero di calcoli; per questo motivo, il processo richiede una potenza di elaborazione pari a quella dei supercalcolatori. I ricercatori erano sicuri che i tempi per elaborare ipotesi di soluzione sarebbero stati ulteriormente ridotti, impiegando diversi supercalcolatori in una griglia e ripartendo i compiti su diversi griglie nel medesimo tempo. Questa è la prima volta che viene dimostrato un trasferimento di dati bidirezionale, automatizzato ed affidabile tra la griglia europea DEISA e quello australiana APAC.