Fördermittel für Forschung an nicht-menschlichen Genomen
Die spektakulären Erkenntnisse, die man sich von der Entschlüsselung des menschlichen Genoms erhofft hatte - etwa zur Heilung von Krankheiten -, sind nicht ganz erfüllt worden. Allerdings haben diese Forschungen Unmengen an Daten, Softwaretools und Know-how hervorgebracht. Mit IT-Lösungen zur Auswertung biologischer Daten befasst sich die Bioinformatik, ein schnell wachsender Sektor, der für die Datenanalyse dynamische, d.h. vor allem flexible und anpassungsfähige Bioinformatik-Pipelines benötigt. Die neuen Pipelines eignen sich aber auch für Analysen nicht-menschlicher Genome. Das EU-finanzierte Projekt ALLBIO (Broadening the bioinformatics infrastructure to unicellular, animal, and plant science) ist noch einen Schritt weiter gegangen und hat die Studie zu genomischen Daten auf Pflanzen, Tieren und Einzeller erweitert. Die Forschungsergebnisse werden dazu verwendet, Bemühungen zu koordinieren, um bioinformatische Methoden, die bislang zur Analyse des Humangenoms eingesetzt wurden, auf Mikroben, Pflanzen und Nutztiere zu erweitern. Dies ist vor allem für wachsende Bereiche wie Landwirtschaft, den gesamten Biotechnologiesektor, nicht für Menschen vorgesehene Arzneimittel sowie die biochemische Industrie von Bedeutung. Das Projekt war Teil der größeren Initiative ELIXIR (European life science infrastructure for biological information), die eine Datenbankinfrastruktur aufbaut, um Biologen leichteren Zugang zu relevanten Daten und Werkzeugen zu verschaffen. Neben der Anpassung der Pipelines an nicht-menschliche Genome war die Ausbildung aller beteiligten Parteien integraler Bestandteil von ALLBIO. Etwa 20 Bioinformatik- und Forschergruppen aus verschiedenen Bereichen der Forschung an nicht-menschlichen Genomen präsentierten 14 reale Testfälle, die ALLBIO danach in so genannten Hackathons auswerten wird. Hackathons sind Veranstaltungen für Programmierer, die in Software-Projekten gemeinsam neue Werkzeuge und Web-Dienste entwickeln. So wurden vier Hackathons organisiert, in denen die Teilnehmer die Testfälle als Basis für Analysen nicht-menschlicher Genome verwenden konnten. Indirekt bieten Hackathons auch Gelegenheit für Kooperationen und Erfahrungsaustausch zwischen verschiedenen Fachbereichen, etwa zwischen chemischen und Computerlaboren. Ergebnis dieser Veranstaltungen waren u.a. drei Software-Pakete. Insgesamt organisierten die Partner von ALLBIO 53 Veranstaltungen wie Workshops, Seminare, Ausbildungsgruppen und Tutorials - an denen fast 2.000 Teilnehmer aus 36 Ländern beteiligt waren. 13 Publikationen sind bereits veröffentlicht, zudem steht der biowissenschaftlichen Forschung nun der Katalog AllBioCatalogue mit mehr als 4.000 Einträgen (Tools und Diensten) zur Verfügung.
Schlüsselbegriffe
Menschliches Genom, Biowissenschaften, Bioinformatik-Pipelines, Analysen nicht-menschlicher Genome, Hackathon
