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CC-LEGO: robust protein blocks to build cages and layers

Publications

Multivalent designed proteins neutralize SARS-CoV-2 variants of concern and confer protection against infection in mice

Auteurs: ANDREW C. HUNT, JAMES BRETT CASE, YOUNG-JUN PARK, LONGXING CAO, KEJIA WU, ALEXANDRA C. WALLS, ZHUOMING LIU, JOHN E. BOWEN, HSIEN-WEI YEH, SHALLY SAINI, LOUISA HELMS, YAN TING ZHAO, TIEN-YING HSIANG, TYLER N. STARR, INNA GORESHNIK, LISA KOZODOYLAUREN CARTER, RASHMI RAVICHANDRAN, LYDIA B. GREENWADIM L. MATOCHKO, CHRISTY A. THOMSONBASTIAN VÖGELI, ANTJE KRÜGER, LAURA A. VANBLARGAN, RITA E. CHEN, BAO
Publié dans: SCIENCE TRANSLATIONAL MEDICINE, Numéro 19466234, 2022, ISSN 1946-6234
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/scitranslmed.abn1252

Ensuring scientific reproducibility in bio-macromolecular modeling via extensive, automated benchmarks

Auteurs: Julia Koehler Leman, Sergey Lyskov, Steven M. Lewis, Jared Adolf-Bryfogle, Rebecca F. Alford, Kyle Barlow, Ziv Ben-Aharon, Daniel Farrell, Jason Fell, William A. Hansen, Ameya Harmalkar, Jeliazko Jeliazkov, Georg Kuenze, Justyna D. Krys, Ajasja Ljubetič, Amanda L. Loshbaugh, Jack Maguire, Rocco Moretti, Vikram Khipple Mulligan, Morgan L. Nance, Phuong T. Nguyen, Shane Ó Conchúir, Shourya S. Roy
Publié dans: Nature Communications, Numéro 20411723, 2021, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-27222-7

Interpreting neural networks for biological sequences by learning stochastic masks

Auteurs: Johannes Linder, Alyssa La Fleur, Zibo Chen, Ajasja Ljubetič, David Baker, Sreeram Kannan & Georg Seelig
Publié dans: nature machine intelligence, Numéro 25225839, 2021, ISSN 2522-5839
Éditeur: Nature Group Publishing
DOI: 10.1038/s42256-021-00428-6

EMBO Beyond Biology: Connecting peptide, protein, and DNA design with systems chemistry

Auteurs: DAVE, MASSARANO, KATZIR, STRMŠEK, LJUBETIČ, SEMENTA
Publié dans: Chem, Numéro 24519294, 2022, Page(s) 319-324, ISSN 2451-9294
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.chempr.2021.12.021

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