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CLONAL AND CELLULAR HETEROGENEITY OF BREAST CANCER AND ITS DYNAMIC EVOLUTION WITH TREATMENT

Veröffentlichungen

DNA methylation landscapes of 1538 breast cancers reveal a replication-linked clock, epigenomic instability and cis-regulation

Autoren: Rajbir Nath Batra, Aviezer Lifshitz, Ana Tufegdzic Vidakovic, Suet-Feung Chin, Ankita Sati-Batra, Stephen-John Sammut, Elena Provenzano, H. Raza Ali, Ali Dariush, Alejandra Bruna, Leigh Murphy, Arnie Purushotham, Ian Ellis, Andrew Green, Francine E. Garrett-Bakelman, Chris Mason, Ari Melnick, Samuel A. J. R. Aparicio, Oscar M. Rueda, Amos Tanay, Carlos Caldas
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 12, 2021, Seite(n) 5406, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-25661-w

Tumor diversity and the trade-off between universal cancer tasks

Autoren: Jean Hausser, Pablo Szekely, Noam Bar, Anat Zimmer, Hila Sheftel, Carlos Caldas, Uri Alon
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 10/1, 2019, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-019-13195-1

Functional genomics approaches to improve pre-clinical drug screening and biomarker discovery

Autoren: Long V Nguyen, Carlos Caldas
Veröffentlicht in: EMBO Molecular Medicine, Ausgabe 13, 2021, Seite(n) e13189, ISSN 1757-4676
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.15252/emmm.202013189

Deciphering the signaling network of breast cancer improves drug sensitivity prediction

Autoren: Marco Tognetti, Attila Gabor, Mi Yang, Valentina Cappelletti, Jonas Windhager, Oscar M. Rueda, Konstantina Charmpi, Elham Esmaeilishirazifard, Alejandra Bruna, Natalie de Souza, Carlos Caldas, Andreas Beyer, Paola Picotti, Julio Saez-Rodriguez, Bernd Bodenmiller
Veröffentlicht in: Cell Systems, Ausgabe 12/5, 2021, Seite(n) 401-418.e12, ISSN 2405-4712
Herausgeber: Cell
DOI: 10.1016/j.cels.2021.04.002

Multi-omic machine learning predictor of breast cancer therapy response

Autoren: Stephen-John Sammut, Mireia Crispin-Ortuzar, Suet-Feung Chin, Elena Provenzano, Helen A. Bardwell, Wenxin Ma, Wei Cope, Ali Dariush, Sarah-Jane Dawson, Jean E. Abraham, Janet Dunn, Louise Hiller, Jeremy Thomas, David A. Cameron, John M. S. Bartlett, Larry Hayward, Paul D. Pharoah, Florian Markowetz, Oscar M. Rueda, Helena M. Earl , Carlos Caldas
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 601, 2022, Seite(n) 623-629, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-021-04278-5

Breast tumor microenvironment structures are associated with genomic features and clinical outcome

Autoren: Esther Danenberg, Helen Bardwell, Vito R. T. Zanotelli, Elena Provenzano, Suet-Feung Chin, Oscar M. Rueda, Andrew Green, Emad Rakha, Samuel Aparicio, Ian O. Ellis, Bernd Bodenmiller, Carlos Caldas, H. Raza Ali
Veröffentlicht in: Nature Genetics, Ausgabe 54, 2022, Seite(n) 660-669, ISSN 1061-4036
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-022-01041-y

Landscapes of cellular phenotypic diversity in breast cancer xenografts and their impact on drug response

Autoren: Dimitra Georgopoulou, Maurizio Callari, Oscar M. Rueda, Abigail Shea, Alistair Martin, Agnese Giovannetti, Fatime Qosaj, Ali Dariush, Suet-Feung Chin, Larissa S. Carnevalli, Elena Provenzano, Wendy Greenwood, Giulia Lerda, Elham Esmaeilishirazifard, Martin O’Reilly, Violeta Serra, Dario Bressan, Gordon B. Mills, H. Raza Ali, Sabina S. Cosulich, Gregory J. Hannon, Alejandra Bruna, Carlos Caldas
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-22303-z

TSHZ2 is an EGF-regulated tumor suppressor that binds to the cytokinesis regulator PRC1 and inhibits metastasis

Autoren: Mary L. Uribe, Maik Dahlhoff, Rajbir N. Batra, Nishanth B. Nataraj, Yuya Haga, Diana Drago-Garcia, Ilaria Marrocco, Arunachalam Sekar, Soma Ghosh, Itay Vaknin, Sacha Lebon, Lior Kramarski, Yasuo Tsutsumi, Inpyo Choi, Oscar M. Rueda, Carlos Caldas, Yosef Yarden
Veröffentlicht in: Science Signaling, Ausgabe 14/688, 2021, Seite(n) eabe6156, ISSN 1937-9145
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/scisignal.abe6156

The Genomic and Immune Landscapes of Lethal Metastatic Breast Cancer

Autoren: Leticia De Mattos-Arruda, Stephen-John Sammut, Edith M Ross, Rachael Bashford-Rogers, Erez Greenstein, Havell Markus, Sandro Morganella, Yvonne Teng, Yosef Maruvka, Bernard Pereira, Oscar M Rueda, Suet-Feung Chin, Tania Contente-Cuomo, Regina Mayor, Alexandra Arias, H Raza Ali, Wei Cope, Daniel Tiezzi, Aliakbar Dariush, Tauanne Dias Amarante, Dan Reshef, Nikaoly Ciriaco, Elena Martinez-Saez, Vicen
Veröffentlicht in: Cell Reports, Ausgabe 27, 2019, Seite(n) 2690-2708, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2019.04.098

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