Un método novedoso para deducir las uniones entre el ADN y las proteínas
La caracterización exhaustiva de las distintas proteínas de unión a ácidos nucleicos resulta primordial para definir las complejas interacciones en las redes que regulan los genes. Existen cada vez más pruebas que apuntan a que las regiones de las proteínas que no asumen una conformación fija en el estado nativo, sino que se ordenan tras la unión de la proteína, desempeñan un papel importante tanto en la regulación de la transcripción y la traducción como en el ciclo celular. Pero los marcadores predictivos de que se dispone actualmente sólo pueden facilitar información sobre la estructura de estas regiones de la proteína, y no sobre sus tipos de ligandos y el modo de interacción. El objetivo principal del proyecto PROTDNABINDSPEC era predecir el patrón de unión de las regiones de la proteína desplegadas en su forma nativa. Mediante técnicas de bioinformática estructural, los científicos diseñaron, aplicaron y probaron un método para predecir la conformación de unión al ADN de las regiones desordenadas de las proteínas con una resolución atómica. Como primer paso, calcularon la energía de interacción entre los diferentes aminoácidos y nucleótidos y aplicaron los resultados al método Fragfold de predicción de plegamiento de proteínas. A continuación, utilizaron las previsiones de especificidad de unión al ADN de diversas regiones de las proteínas desplegadas en su forma nativa para identificar los sitios de unión al ADN en el genoma y validaron experimentalmente los resultados obtenidos. Los socios del proyecto PROTDNABINDSPEC esperan que estos ayuden a mejorar nuestra comprensión de los detalles moleculares de las interacciones macromoleculares entre las proteínas y el ADN. A largo plazo, este método facilitará la identificación de nuevas dianas y el diseño de moléculas reguladoras.
