Une nouvelle façon d'induire les liaisons protéiques de l'ADN
La caractérisation approfondie de ces liaisons entre protéines et acide nucléique est d'une importance capitale pour expliquer les interactions complexes des réseaux de régulation génétique. Au niveau de la régulation transcriptionnelle et traductionnelle par exemple ou du cycle cellulaire, de plus en plus d'éléments soulignent le rôle essentiel joué par des protéines dont la conformation n'est pas fixée à l'état natif mais devient ordonnée lors de leur liaison avec l'ADN. Les indicateurs disponibles ne peuvent toutefois fournir des informations que sur la structure de ces régions protéiques et pas sur le type de ligands ou le mode d'interaction. L'objectif principal du projet PROTDNABINDSPEC financé par l'UE consistait justement à pouvoir prédire le schéma de liaison de ces régions protéiques à l'état natif et non repliées. Grâce à l'utilisation de la bioinformatique structurelle, les chercheurs ont conçu, mis en place et testé une méthode capable de prédire avec une résolution atomique la conformation de liaison avec l'ADN de ces régions protéiques même à l'état non ordonné. Dans une première étape, l'énergie d'interaction entre les différents acides aminés et les nucléotides a été calculée pour être intégrée dans la méthode Fragfold, la plateforme de prédiction du repliement des protéines. La spécificité prédite de liaison des diverses régions protéiques dépliées à l'état natif avec l'ADN a été utilisée par les chercheurs pour identifier les sites de liaison sur le génome et les valider par l'expérimentation. Les résultats du projet PROTDNABINDSPEC devraient permettre d'améliorer notre compréhension fine des interactions macromoléculaires entre l'ADN et les protéines. À long terme, cette méthode ouvre la voie à l'identification de nouvelles cibles et à la synthèse de nouvelles molécules thérapeutiques.
