Interferencia en las interacciones proteína-proteína
Se formó un consorcio que incluía algunos de los principales grupos de investigación en el ámbito de las rutas de transducción de señales, la biología estructural y la bioinformática. El grupo escogió un enfoque multidisciplinario para la identificación de posibles nuevas rutas implicadas en el cáncer y realizó pruebas de detección de posibles nuevos compuestos contra el cáncer. Uno de los objetivos del proyecto TARGETS FOR CANCER T era identificar pequeñas moléculas candidatas, normalmente péptidos. Los investigadores se centraron en aquellas moléculas que poseían la función inhibitoria deseada, como la que se encontró en algunas quinasas o en interacciones proteína-proteína concretas. La interacción de la proteína Ras activada con la proteína Raf inicia las cascadas de señalización que conducen a un porcentaje significativo de los tumores humanos. Así, diseñaron un ensayo basado en la proteína de fusión inmovilizada GST-Ras G12V y en el dominio de unión a Ras de la Raf quinasa, que se había marcado con tinte Alexa. Además, el ensayo resultó adecuado para la posible identificación de inductores de la actividad GTPasa de la Ras, así como la detección de compuestos formados por interacciones alteradas entre Ras y Raf. Utilizando este ensayo, los investigadores del Instituto Max Planck de Dortmund (Alemania), en colaboración con el socio comercial Evotec OAI AG, cribaron una biblioteca con 60.000 compuestos. La exitosa colaboración entre el Instituto Max Planck y Evotec OAI AG se mantuvo y los dos socios del proyecto utilizaron el ensayo para cribar más de 70.000 compuestos probando su capacidad para inhibir la interacción Ras/Raf o para inducir la actividad GTPasa de la Ras G12V. El trabajo dio lugar a una patente con la que se pueden identificar las interacciones reversibles proteína-proteína entre las formas GTPasa negativas de las proteínas de unión a GTP y sus proteínas efectoras. El sistema puede además localizar los compuestos químicos que inhiben las interacciones anteriormente citadas en las células vivas, así como detectar la recuperación de la actividad GTPasa bloqueada. Una ventaja considerable de este ensayo es que se puede utilizar con cualquiera de las interacciones proteína-proteína que tienen afinidad media o alta.
