Interferencja z interakcjami proteina-proteina
Powołano konsorcjum złożone z kilku czołowych europejskich grup badawczych w dziedzinie ścieżek transdukcji sygnałów, biologii strukturalnej i bioinformatyki. Grupa przyjęła interdyscyplinarne podejście do identyfikacji ewentualnych nowych ścieżek biorących udział w procesach rakowych i przeprowadziła badanie przesiewowe pod kątem ewentualnych nowych związków przeciwrakowych. Jednym z celów projektu TARGETS FOR CANCER T była identyfikacja małych cząstek kandydujących, zwykle peptydów. Badacze skupili się na tych cząsteczkach, które miały pożądane działanie inhibitorowe, takie jak stwierdzane w przypadku niektórych kinaz lub szczególnych interakcjach proteina-proteina. Interakcja aktywowanej proteiny Ras z Raf inicjuje kaskady sygnałowe, które w znacznym procencie są przyczyną guzów nowotworowych u ludzi. Dlatego test opracowano na podstawie immobilizowanej proteiny GST-Ras G12V i domeny wiążącej Ras kinazy Raf, którą oznakowano barwnikiem Alexa. Ponadto test okazał się przydatny w potencjalnej identyfikacji induktorów aktywności Ras GTP-azy, a także w wykrywaniu zmienionych interakcji między związkami Ras i Raf. Korzystając z testu, badacze z Instytutu Maksa Plancka w Dortmundzie we współpracy z komercyjnym partnerem, Evotec OAI AG, zbadali przesiewowo bibliotekę zawierającą 60 tysięcy związków. Pomyślna współpraca między Instytutem Maksa Plancka a Evotec OAI AG była kontynuowana. Dwóch uczestników projektu przy użyciu testu zbadało przesiewowo ponad 70 tysięcy związków pod kątem ich zdolności do inhibicji interakcji Ras/Raf lub do indukcji aktywności GTP-azy proteiny Ras G12V. Efektem prac jest patent, którego przedmiot umożliwia identyfikację odwracalnej interakcji proteina-proteina między formami ujemnymi GTP-azy protein wiążących GTP i protein ich efektorów. Ponadto system może wskazywać te związki chemiczne, które hamują wyżej wymienione interakcje w żywych komórkach, a także może rozpoznawać akcję ratunkową w razie zablokowanej aktywności GTP-azy. Jedna z istotnych zalet tego testu polega na tym, że można go używać w przypadku dowolnych interakcji proteina-proteina o średnim lub wysokim powinowactwie.