ProViz - visualizzazione interattiva delle interazioni proteiche
La comprensione di un apparato cellulare che regola lo sviluppo e il funzionamento e la scoperta di nuovi target farmaceutici si possono potenziare molto studiando le interazioni proteina-proteina. Negli ultimi anni sono stati usati dei metodi ad alto rendimento per caratterizzare le interazioni proteina-proteina, come la purificazione per affinità, che hanno prodotto una grande quantità di dati in forma di reti. Con lo scopo di rispondere ai bisogni dei biologi che studiano database locali e distanti delle interazioni proteina-proteina, i ricercatori della Université Bordeaux 1 hanno integrato in ProViz strumenti di analisi e visualizzazione. Questa piattaforma software si può usare per identificare le interazioni proteiche di interesse tramite ricerca per parola chiave o analisi della struttura delle reti. È stata progettata per disegnare grafici, ma soprattutto per l'esplorazione interattiva di grafici estesi. Basato sulla piattaforma Tulip e sul formato del linguaggio estensibile di marcatura (XML) delle interazioni molecolari, ProViz fornisce una ricca serie di operazioni base e avanzate sui grafici. I sottografici prodotti per selezione o raggruppamento delle interazioni delle relative proteine vengono organizzati automaticamente in viste che si possono manipolare indipendentemente o usare per produrre altre viste. Quando si creano viste, gli utenti possono utilizzare vocabolari controllati esterni come i vocabolari di Gene Ontology che descrivono i prodotti genetici in base ai relativi processi biologici associati e alle componenti cellulari. ProViz è disponibile gratuitamente al sito http://cbi.labri.fr/eng/proviz.htm come applicazione autonoma. Nel sito di download del software sono stati aggiunti anche i link alle guide interattive per i biologi che desiderano esplorare le possibilità offerte per gestire grandi dataset di reti di proteine interagenti.
