ProViz - interaktywna wizualizacja oddziaływań pomiędzy białkami
Badanie oddziaływań białko-białko może znacząco wpłynąć na lepsze zrozumienie mechanizmów komórkowych odpowiedzialnych za ich rozwój i funkcje, jak również za sprawniejsze wykrywanie nowych nośników leków. W ciągu kilku ostatnich lat do charakteryzowania oddziaływań białko-białko stosowane były wysokowydajne metody, takie jak filtracja na podstawie podobieństwa. Uzyskano w ten sposób bardzo dużą ilość danych w postaci sieci. W odpowiedzi na potrzeby biologów przeszukujących zarówno lokalne, jak i bardziej odległe bazy danych dotyczące oddziaływań białko-białko, naukowcy z Université Bordeaux 1 opracowali narzędzie ProViz, łączące w sobie narzędzia analityczne z narzędziami do wizualizacji. Ta platforma oprogramowania może być wykorzystywana do identyfikacji konkretnych oddziaływań między białkami poprzez wyszukiwanie słowa kluczowego lub na drodze analizy struktury sieci. Umożliwia rysowanie wykresów, jednak ważniejsze jest to, że pozwala na interaktywne analizowanie obszernych wykresów. W oparciu o platformę Tulip oraz format XML (ang. eXtensible Markup Language) oddziaływań molekularnych narzędzie ProViz umożliwia wykonywanie wielu podstawowych i zaawansowanych działań na wykresach. Podwykresy, tworzone poprzez wybieranie lub grupowanie oddziaływań powiązanych białek, automatycznie przetwarzane są w widoki, które można niezależnie dostosowywać do własnych potrzeb lub wykorzystać do utworzenia kolejnych widoków. Podczas tworzenia widoków użytkownicy mogą korzystać z zewnętrznych słowników kontrolowanych, takich jak słowniki Gene Ontology, zawierające opisy produktów genów z punktu widzenia procesów biologicznych i składników komórkowych. Narzędzie ProViz w postaci autonomicznej aplikacji jest dostępne za darmo pod adresem http://cbi.labri.fr/eng/proviz.htm Na stronie pobierania oprogramowania znajdują się łącza do interaktywnych samouczków przeznaczonych dla biologów, którzy chcą zbadać możliwości korzystania z dużych zestawów danych dotyczących sieci oddziałujących białek.
