Proviz - une visualisation interactive des interactions protéiques
La compréhension de la machinerie cellulaire qui contrôle le développement et le fonctionnement des cellules et la découverte de nouvelles cibles thérapeutiques pourraient être largement facilitées en étudiant les interactions protéine-protéine. Au cours des dernières années, les techniques de dépistage à haut débit comme celle de la purification protéique par affinité ont permis de caractériser de nombreuses interactions protéine-protéine et de produire de grandes quantités de données sous forme de réseaux. Pour répondre aux besoins des biologistes utilisant les bases de données locales ou distantes de ces interactions protéine-protéine, les chercheurs de l'université Bordeaux I ont compilé des outils d'analyse et de visualisation dans ProViz. Cette plate-forme logicielle peut être utilisée pour identifier les interactions les plus intéressantes, à l'aide d'une fonction de recherche par mots-clés ou par une analyse structurelle du réseau. De par sa conception, elle est capable de dessiner des graphes d'interactions, mais elle permet surtout une exploration interactive de vastes ensembles graphiques. Compatible avec le format de la plate-forme Tulip et avec le langage de balisage extensible XML (Extensible Markup Language), ProViz fournit un ensemble élaboré permettant d'effectuer des opérations de base ou avancées sur les graphes. Les graphes de second niveau obtenus par sélection ou par regroupement d'interactions protéiques apparentées sont automatiquement organisés en présentations pouvant être manipulées de façon indépendante ou pour générer d'autres présentations. Lors de l'élaboration de ces présentations, les utilisateurs peuvent employer des vocabulaires contrôlés externes comme le vocabulaire ontologique de génétique qui décrit les produits des gènes en fonction des processus biologiques associés et des différents composants cellulaires. Proviz est disponible gratuitement en application autonome à l'adresse suivante: http://cbi.labri.fr/proviz.htm Sur le site de téléchargement du logiciel, des liens vers des didacticiels interactifs ont également été ajoutés pour les biologistes souhaitant explorer les possibilités du logiciel leur permettant de gérer de vastes ensembles de données de réseaux d'interactions protéiques.
