Une banque de données pour la génétique inverse du riz
Dix pour cent des céréales mondiales sont cultivées au sein de l'Union européenne. Les deux tiers de l'approvisionnement énergétique mondial provenant des céréales de base, elles représentent un ensemble de cultures très important d'un point de vue économique. La génomique fonctionnelle a permis d'ouvrir de nouveaux horizons pour l'amélioration génétique des céréales. Le riz (Oryza sativa) est un bon candidat pour la génomique fonctionnelle car son génome est petit (seulement 12 chromosomes), largement cartographié et facilement transformable. L'objectif global du projet CEREALGENETAGS, financé par l'Union Européenne, consistait à exploiter pleinement le potentiel génétique du riz en utilisant la protéomique et la génomique. Les associations gène/trait identifiées pourraient alors être appliquées aux cultures céréalières dans la mesure du possible. L'équipe du projet du centre international de recherche sur les plantes (Plant Research International, Pays-Bas) a créé une collection de riz mutants qui permet aux utilisateurs de disposer d'une base de données d'identification des gènes marqués. La technologie des éléments transposables ou transposons a été utilisée pour insérer des séquences de maïs dans le génome du riz et produire massivement des populations mutantes. L'ADN encadrant ces inserts a ensuite été isolé à partir de 6000 plantes afin de créer une base de données de ces séquences d'ADN génomique adjacentes (FST, pour Flanking Sequence Tag). L'ensemble de ces ressources regroupe environ 1000 gènes dont un grand nombre possèdent des fonctions pouvant être très utiles en culture sélective. On y trouve notamment des séquences régulatrices d'homéoboîte (contrôle de la morphogenèse), des gènes MADS (facteurs de transcriptions) ou des gènes codant pour des kinases, ainsi que des gènes de résistance. Les généticiens moléculaires et les phytogénéticiens peuvent trouver rapidement des mutants d'insertion pour des gènes d'intérêt et récupérer toutes les annotations liées à ces gènes. Les détails concernant cette base de données de génétique inverse du riz peuvent être consultés sur le site suivant: http://orygenesdb.cirad.fr/tools.html. Le site contient tout un ensemble d'outils qui ont été développés pour que l'utilisateur puisse rechercher et trouver toutes les informations génétiques et protéomiques nécessaires à partir d'un certain nombre de données initiales.
