Baza danych genetyki wstecznej ryżu
Dziesięć procent uprawianego na świecie zboża pochodzi z UE. Ponieważ na świecie średnio dwie trzecie kalorii jest uzyskiwane z produktów zbożowych, zboża stanowią bardzo ważną dla gospodarki uprawę. Genetyczne ulepszanie produktów zbożowych stało się możliwe wraz z postępami w genomice funkcjonalnej. Ryż (Oryza sativa) nadaje się do tego celu doskonale, gdyż ma mały genom (tylko 12 chromosomów), odwzorowany w szerokim zakresie i otwarty na przekształcenia. Ogólnym celem finansowanego przez UE projektu CEREALGENETAGS było pełne wykorzystanie genetycznego potencjału ryżu za pomocą proteomiki i genomiki. Powiązania cech genetycznych można następnie zastosować w uprawach zbóż tam, gdzie to będzie możliwe. Zespół projektowy działający w instytucie Plant Research International w Holandii wyprodukował kolekcję mutantów ryżu, tworząc bazę danych umożliwiającą użytkownikom identyfikację oznaczonych genów. Za pomocą technologii transpozonu wstawiono w genotypy ryżu sekwencje kukurydzy, tworząc rozbudowane populacje mutantów. DNA otaczające te wstawki zostało następnie wyizolowane z 6000 roślin, aby stworzyć bazę danych znaczników sekwencji bocznych. W wyniku tego uzyskano zasoby zawierające około 1000 genów, w tym wiele funkcji potencjalnie przydatnych w uprawie roślin. Obejmowały one sekwencje regulacyjne z genów homeotycznych, kaset MADS i genów kinazy, a także odpowiadających za odporność na choroby. Linie wstawienia genów, a następnie pobranie wszystkich informacji związanych z tymi sekwencjami, mogą zainteresować genetykę cząsteczkową i hodowców roślin. Szczegółowe narzędzia genetyki wstecznej ryżu można znaleźć na stronie http://orygenesdb.cirad.fr/tools.html Witryna ta zawiera zbiór narzędzi przeznaczonych do wyszukiwania i pobierania wymaganych informacji genetycznych i proteomicznych z wielu różnych punktów wyjściowych.
