La recherche d'une information définitive par intégration des données
Comprendre et séquencer le génome d'un organisme est un exploit en soi. Pourtant, afin d'être en mesure d'utiliser pleinement les séquences de gènes, cette information brute doit être associée en aval aux véhicules de transcription (ARN) et aux protéines encodées par ce génome. L'association de cette information aux maladies génétiques, à leurs mécanismes biomoléculaires et aux interactions moléculaires permet le développement d'un arsenal thérapeutique et à terme le traitement de ces maladies. Conscient du potentiel d'un tel niveau d'intégration des connaissances, le projet TEMBLOR a abouti à l'amélioration des ressources européennes dans ces domaines intrinsèquement connectés. De nouveaux services ont été développés pour les interactions protéine-protéine, les structures macromoléculaires, les données provenant des biopuces (microarray) et les requêtes interactives. L'un de ces services au cœur de la philosophie de données intégrées, Integr8, est un portail web permettant un accès facile à une information intégrée des génomes séquencés et des protéomes correspondants. En se concentrant sur les données de séquence d'un gène particulier, l'utilisateur est en mesure de voir les structures génomiques, transcriptionnelles et protéiques interconnectées. Dans le cadre du «Gene Ontology Consortium» (GOC), le Wellcome Trust (Cambridgeshire, Royaume-Uni) est responsable, depuis 2001, de l'annotation du protéome humain (Human Proteome). Par la suite, à partir de 2006, il a continué sa recherche en génomique et ses activités de coordination dans le cadre du projet européen GOA. Les annotations ont ensuite été étendues pour intégrer toute une palette de protéomes associés à des maladies. UniProtKB, la base de connaissances UniProt, englobe quelques 100.000 espèces et représente actuellement la plus grande collection d'informations sur les familles de protéines. UniProt intègre des informations sur les protéines, qu'elles soient humaines ou végétales et même, en continuant sur l'échelle de l'évolution, virale. Cette base contient également le génome d'animaux modèles très utilisés dans les laboratoires comme ceux de la drosophile (mouche), du Xenopus (amphibien) et du poisson zèbre (danio). Une mise à jour permanente de cette ensemble de données par GOA permet et permettra de fournir une source extensive d'annotations de référence pour la base de données UniProt. Ces annotations ont permis l'émergence de collaborations à l'échelle mondiale et une amélioration de la visibilité européenne dans le domaine de la génomique et de la protéomique.
