Otwarte dane w służbie walki z chorobami zakaźnymi
W 2020 roku, gdy wirus SARS-CoV-2 zaczął rozprzestrzeniać się po całym świecie, rządy stanęły w obliczu wyzwań związanych z gotowością do stawienia czoła nowemu zagrożeniu. Pomimo tego, że pandemie są regularnie uwzględniane jako czynniki ryzyka, wiele państw okazało się nieprzygotowanych na nowe wyzwanie. Uruchomiony w październiku 2021 roku, finansowany ze środków Unii Europejskiej projekt BY-COVID stawia czoła jednemu z największych wyzwań dla zapewnienia gotowości i skutecznego reagowania na epidemie chorób zakaźnych – zagwarantowaniu dostępu do aktualnych, dokładnych i połączonych danych. Dzięki wykorzystaniu wiedzy i doświadczenia przeszło 50 partnerów z blisko 20 państw europejskich, ten interdyscyplinarny projekt pomaga w gromadzeniu, łączeniu, normalizowaniu i analizie kluczowych danych.
Połączone systemy danych
Wraz z rozwojem pandemii COVID-19 powstawały różnorodne metody monitorowania rozprzestrzeniania się wirusa SARS-CoV-2 i jego kolejnych wariantów, a jednocześnie władze wdrażały kolejne działania ograniczające jego szkodliwy wpływ na zdrowie, społeczeństwo i gospodarkę. Obejmowały one między innymi rozwój różnych infrastruktur na całym świecie, które nadal generują ogromne ilości cennych danych. Udostępniając te dane innym podmiotom, koordynując wysiłki i efektywnie przydzielając zasoby, zespół projektu BY-COVID pomaga decydentom lepiej przewidywać i przygotowywać się na przyszłe epidemie. Przykładem takiej inicjatywy jest zestaw narzędzi dotyczących chorób zakaźnych – Infectious Diseases Toolkit, który stanowi repozytorium krajowych strategii i najlepszych praktyk. Obecnie zbiór danych obejmuje materiały dotyczące Belgii, Niderlandów, Norwegii, Szwecji i Szwajcarii. Platforma obejmuje między innymi stronę prezentującą najważniejsze innowacje, takie jak zautomatyzowany i modułowy system badania genomu wirusa SARS-CoV-2, zbudowany na postawie otwartoźródłowej platformy Galaxy. Działania realizowane w ramach projektu BY-COVID obejmą także współpracę z Koreańskim Instytutem ds. Norm i Badań Naukowych (KRISS) w celu budowy krajowego portalu danych dotyczących COVID-19 w celu ich normalizacji i zwiększenia kompatybilności z międzynarodowymi bazami danych. Wśród materiałów znajdzie się między innymi kompleksowy genom wirusa. Udostępnienie przez koreańskie instytucje badawcze sekwencji genetycznych wariantów wirusa SARS-CoV-2 poszerzy zasoby wiedzy dostępne w ramach Europejskiego Portalu Danych COVID-19, który stanowi kluczowy element platformy danych COVID-19 utworzonej na początku pandemii.
Większa gotowość
Zespół projektu BY-COVID opracował również dokument polityczny, którego celem jest wspieranie decydentów w opracowywaniu planów gotowości na wypadek kolejnej pandemii. Wśród opracowanych zaleceń można wymienić między innymi promowanie otwartych danych i zachęcanie badaczy do ich udostępniania, zapewnienie inwestycji w niezbędną infrastrukturę na szczeblach lokalnym i krajowym, a także rozwiązań zaspokajających potrzeby społeczności badawczej, a dodatkowo zapewnienie szkoleń w zakresie skutecznego korzystania z dostępnych narzędzi. Realizacja założeń projektu BY-COVID wpisuje się w działania globalnej inicjatywy „Jedno Zdrowie”, której celem jest skuteczniejsze koordynowanie działań oraz łączenie zasobów wielu sektorów i interesariuszy w celu poprawy zdrowia publicznego. W związku z tym założeniem jedną z podstaw jest zgodność i współpraca z istniejącymi infrastrukturami krajowymi i europejskimi, w tym ELIXIR, BBMRI, ECRIN, PHIRI i CESSDA, a także z partnerami takimi jak Obserwatorium Wschodzących Chorób Zakaźnych (VEO). Projekt stanowi również element strategii gotowości w zakresie ochrony biologicznej opracowanej przez Komisję Europejską w ramach Inkubatora HERA, którego celem jest analiza stopnia zagrożenia nowymi wariantami koronawirusa i łączenie sektorów nauki, przemysłu i władz publicznych w celu opracowywania skuteczniejszych działań zaradczych.
Słowa kluczowe
BY-COVID, COVID-19, SARS-CoV-2, pandemia, choroba zakaźna, gotowość, przygotowanie, dane, infrastruktura, wariant, genom, sekwencja, zdrowie publiczne