Integración de datos abiertos para hacer frente a las enfermedades infecciosas
Cuando el virus coronavirus del síndrome respiratorio agudo grave de tipo 2 (SARS-CoV-2) se propagó por todo el mundo en 2020, los Gobiernos se plantearon cuestiones sobre su preparación. A pesar de que las pandemias aparecen suelen en los registros de riesgo, muchos países parecían no estar preparados. El equipo del proyecto financiado con fondos europeos BY-COVID, que se puso en marcha en octubre de 2021, aborda uno de los mayores retos para prepararse y responder con eficacia a los brotes de enfermedades infecciosas: la disponibilidad de datos oportunos, precisos e integrados. En este proyecto interdisciplinario, que cuenta con la experiencia de más de cincuenta socios de unos veinte países europeos, se está ayudando a movilizar, conectar, normalizar y analizar datos fundamentales.
Sistemas de datos integrados
A medida que se evolucionaba la pandemia de COVID-19, se creaban rápidamente diversos métodos para vigilar la propagación y evolución del virus, junto con la adopción de diferentes medidas para suprimir sus repercusiones sanitarias, sociales y económicas. Estos esfuerzos se basaron en el establecimiento de diversas infraestructuras en todo el mundo, que siguen generando enormes cantidades de datos valiosos. Mediante el aprovechamiento de estos datos para compartir conocimientos, coordinar esfuerzos y asignar recursos de forma eficaz, el equipo del proyecto BY-COVID ayuda a las autoridades a anticiparse mejor y prepararse así para futuros pandemias. Un ejemplo de la iniciativa en acción es el conjunto de herramientas Infectious Diseases Toolkit, un repositorio de estrategias nacionales y respuestas de mejores prácticas. Hasta ahora se han añadido recursos para Bélgica, Países Bajos, Noruega, Suecia y Suiza. En las páginas de muestras también se destacan innovaciones especialmente interesantes, como un sistema automatizado y modular de vigilancia del genoma del SARS-CoV-2, creado en torno a la plataforma de código abierto Galaxy. El equipo de BY-COVID también colaborará con el Instituto de Investigación de Normas y Ciencia de Corea, ayudando a establecer un portal nacional de datos sobre la COVID-19 para normalizar los datos (incluido el genoma completo del virus) y mejorar así su compatibilidad con las bases de datos internacionales. A su vez, la puesta en común de las variaciones de secuencia del SARS-CoV-2 procedentes de los institutos coreanos ampliará la exhaustividad del Portal Europeo de Datos sobre la COVID-19, un componente fundamental de la Plataforma de Datos sobre la COVID-19 creada a principios de la pandemia.
Mejora de la preparación
El equipo de BY-COVID también ha elaborado un informe político para ayudar a los responsables de la toma de decisiones a formular planes de preparación ante una pandemia. Entre las recomendaciones figuran: dar prioridad a los datos abiertos; animar a los investigadores a depositar datos; garantizar la inversión en las infraestructuras necesarias a nivel nacional, local y de la comunidad investigadora; y asegurar la formación para el uso eficaz de las herramientas disponibles. El proyecto BY-COVID está en consonancia con la iniciativa mundial iniciativa «Una salud» para coordinar con más eficacia las prácticas y los recursos de múltiples sectores y partes interesadas con el fin de obtener mejores resultados de salud pública. Como tal, está diseñado para integrarse en infraestructuras nacionales y europeas ya establecidas, como ELIXIR, BBMRI, ECRIN, PHIRI y CESSDA, así como para trabajar con socios como el Observatorio Versátil de Enfermedades Infecciosas Emergentes (VEO). El proyecto también forma parte del Plan europeo de preparación en materia de biodefensa frente a las variantes de COVID-19 de la Comisión Europea —la Incubadora HERA — para anticiparse a la amenaza de las variantes de coronavirus y reunir a la ciencia, la industria y las autoridades públicas en el desarrollo de respuestas eficaces.
Palabras clave
BY-COVID, COVID-19, SARS-CoV-2, pandemia, enfermedad infecciosa, preparación, datos, infraestructura, variante, genoma, secuencia, salud pública