Intégrer les données ouvertes pour lutter contre les maladies infectieuses
Lorsque le virus SARS-CoV-2 s’est répandu dans le monde en 2020, les gouvernements se sont interrogés sur leur niveau de préparation. Malgré les pandémies apparaissant régulièrement dans les registres de risques, de nombreux pays semblent avoir été pris au dépourvu. Lancé en octobre 2021, le projet BY-COVID, financé par l’UE, s’attaque à l’un des plus grands défis à relever pour se préparer et réagir efficacement aux épidémies de maladies infectieuses: la disponibilité de données opportunes, précises et intégrées. S’appuyant sur l’expertise de plus de 50 partenaires issus d’une vingtaine de pays européens, ce projet interdisciplinaire contribue à mobiliser, connecter, normaliser et analyser des données essentielles.
Systèmes de données intégrés
Au fur et à mesure que la pandémie de COVID-19 se développait, diverses méthodes ont été rapidement mises au point pour surveiller la propagation et l’évolution du virus, parallèlement à l’adoption de différentes mesures visant à supprimer ses effets sur la santé, la société et l’économie. Ces efforts se sont appuyés sur la mise en place de plusieurs infrastructures à travers le monde, qui génèrent encore de vastes quantités de données précieuses. En exploitant ces données pour partager les connaissances, coordonner les efforts et allouer les ressources de manière efficace, le projet BY-COVID aide les autorités à mieux anticiper les épidémies futures et donc à mieux s’y préparer. Le Infectious Diseases Toolkit, qui rassemble les stratégies nationales et les bonnes pratiques, est un exemple de cette initiative en action. Jusqu’à présent, des ressources ont été ajoutées pour la Belgique, les Pays-Bas, la Norvège, la Suède et la Suisse. L’outil Showcase pages met également en lumière des innovations particulièrement intéressantes, telles que le système automatisé et modulaire SARS-CoV-2 genome surveillance system, créé autour de la plateforme en libre accès Galaxy. Le projet BY-COVID sera également mené en collaboration avec l’Institut coréen de recherche sur les normes et les sciences, contribuant à la création d’un portail national de données COVID-19 afin de normaliser les informations (y compris le génome viral entier) et d’améliorer ainsi leur compatibilité avec les bases de données internationales. À son tour, le partage des variations de séquences SARS-CoV-2 provenant des instituts coréens élargira l’exhaustivité du portail European COVID-19 Data Portal, un élément clé de la plateforme de données COVID-19 mise en place dès le début de la pandémie.
Une meilleure préparation
BY-COVID a également élaboré un document d’orientation pour aider les décideurs à élaborer des plans de préparation à la pandémie. Les recommandations sont les suivantes: donner la priorité aux données ouvertes; encourager les chercheurs à rendre disponibles leurs données; garantir l’investissement dans les infrastructures nécessaires aux niveaux national, local et de la communauté des chercheurs; et assurer la formation nécessaire à l’utilisation efficace des outils disponibles. BY-COVID s’aligne sur l’initiative mondiale Une seule santé pour coordonner plus efficacement les pratiques et les ressources de multiples secteurs et parties prenantes afin d’obtenir de meilleurs résultats en matière de santé publique. En tant que tel, le projet est conçu pour s’intégrer aux infrastructures nationales et européennes existantes, notamment ELIXIR, BBMRI, ECRIN, PHIRI et CESSDA, ainsi que pour travailler avec des partenaires tels que Versatile Emerging infectious disease Observatory (VEO). Le projet fait également partie du plan de préparation à la biodéfense de la Commission européenne: HERA Incubator, qui vise à anticiper la menace des variants de coronavirus et à réunir la science, l’industrie et les autorités publiques pour mettre au point des réponses efficaces.
Mots‑clés
BY-COVID, COVID-19, SARS-CoV-2, pandémie, maladie infectieuse, préparation, données, infrastructure, variant, génome, séquence, santé publique