La plus grande collection de virus au monde devient la clé de la lutte contre la pandémie de COVID-19
Telle est la priorité du consortium EVAg depuis 2008, date de la création de l’archive européenne des virus (EVA) – devenue mondiale depuis. Afin de faciliter la recherche et le développement de vaccins, deux projets consécutifs ont été lancés depuis 2015 pour prévenir la dispersion et la disparition potentielle d’échantillons de virus dans le monde. La forte probabilité actuelle de perdre des collections de virus lorsqu’un virologiste prend sa retraite ou qu’un laboratoire ferme représente une menace réelle, et dangereuse. Le renforcement des mesures antiterroristes a rendu très difficiles le transfert d’agents pathogènes à haut risque et le partage des collections. Ces obstacles pourraient un jour se retourner contre nous sous la forme d’une absence de préparation à la prochaine pandémie.
Kits de diagnostic et souches virales
L’ambition principale du projet est de développer et de produire du matériel de référence pour le diagnostic moléculaire. Celui-ci comprend notamment la technologie des réactifs non infectieux pour une expédition rapide aux 4 coins de la planète. «Cela est particulièrement approprié pour une distribution à température ambiante dans les pays africains», déclare Jean-Louis Romette, professeur émérite à l’Université d’Aix-Marseille et coordinateur du projet EVAg (European Virus Archive goes global), financé par l’UE. «Nous disposons par exemple d’un nouveau concept de contrôles positifs qui imitent le virus tout en n’étant pas infectieux. Ce concept permet de valider la procédure d’extraction, qui est une étape clé du diagnostic moléculaire. Il est également important pour les efforts à long terme tels que le développement de vaccins et de médicaments antiviraux.» Prenons la tristement célèbre COVID-19: aux scientifiques activement impliqués dans la lutte contre son virus SRAS-CoV-2, l’EVAg propose notamment les très demandés réactifs PCR nécessaires aux tests, ainsi que des contrôles positifs, quatre souches de SRAS-CoV-2 et un panel de spécificité pour le test PCR comprenant l’ARN de cinq virus (SRAS-CoV, MERS-CoV, NL63, OC43 et 229E). La plateforme fonctionne essentiellement comme une boutique en ligne avec un service d’expédition, qui propose aux universitaires des ressources sélectionnées en accès payant. «Les demandes ne cessent d’affluer», note le professeur Romette. «Quelque 2 336 demandes ont été reçues à la fois de la communauté universitaire et de l’industrie depuis que nous avons offert l’accès aux souches de virus de notre catalogue. L’un de nos partenaires reçoit des demandes de production et de distribution à grande échelle de réactifs PCR, et les échanges se multiplient au sein de notre réseau.» À ce jour, le consortium a fourni plus de 2 300 produits permettant de poser un diagnostic dans plus de 70 pays. Récemment, l’équivalent de 70 000 tests PCR ont été fournis au ministère de la Santé du Guatemala, et 2 500 tests PCR au ministère de la Santé de la Slovaquie. Une telle situation plaide en faveur de ce qui a été l’objectif du projet au cours des 11 dernières années. Il s’agit de fournir des produits de haute qualité à la communauté scientifique internationale, d’aider les instituts des pays à faible revenu à réagir rapidement pour contrôler les maladies virales locales émergentes et de devenir le réseau le plus réactif dans la lutte contre les épidémies virales. «Notre travail consiste à rassembler des scientifiques de haut niveau autour d’une problématique, afin d’apporter une réponse rapide à une urgence. Nous le faisons avant même que les institutions nationales et internationales ne commencent à financer des actions. Nous avons mis en place avec succès des mesures mondiales adaptées aux pandémies grâce à un point d’entrée unique: un catalogue en ligne qui rend la recherche de produits plus facile que jamais», explique le Pr Romette.
Un effort sans précédent
L’EVAg regroupe actuellement 43 laboratoires à la pointe de la recherche humaine, animale et végétale en virologie. Son catalogue en ligne donne accès à plus de 3 000 produits, dont des virus, des matériaux dérivés et des cellules artificielles. Le réseau intègre également 14 laboratoires dédiés aux simulations de pathogènes à haut risque (P4), ce qui en fait le plus grand réseau de laboratoires P4 au monde. Comme ses collègues, le Pr Romette est convaincu que l’EVAg est en passe de fournir la plus grande collection virtuelle de virus humains, animaux et végétaux. Pour assurer la continuité du projet EVAg alors que celui-ci se termine officiellement en juillet 2020, l’équipe travaille également dans le cadre d’un projet Horizon 2020 entièrement nouveau, EVA-GLOBAL, qui a été lancé en janvier 2020 et se poursuivra jusqu’à fin 2023.
Mots‑clés
EVAg, archive européenne des virus, EVA, COVID-19, diagnostic, virus, catalogue, épidémie, SRAS-CoV-2, diagnostics moléculaires, PCR, coronavirus
