Un análisis del VIH arroja luz sobre el proceso viral
Sin una vacuna contra el VIH, la prevención y el tratamiento se centran actualmente en la administración de medicamentos antirretrovirales a las personas que viven a diario con el virus. Estos medicamentos mantienen a la gente sana y evitan la transmisión en el futuro. «Sin embargo, encontrar a todas las personas con VIH puede suponer todo un desafío», explica Christophe Fraser, coordinador del proyecto BEEHIVE y responsable sénior del grupo sobre dinámica de los agentes patógenos del Departamento de Medicina de Nuffield de la Universidad de Oxford, cuyo equipo también ha trabajado para detener la propagación de la COVID-19. Uno de los desafíos para poder identificar a las personas con VIH es que: «En el momento de la infección, solo se manifiestan síntomas gripales y, después, no se observan más síntomas hasta la aparición del sida años más tarde». Por lo tanto, comprender la biología del virus, su evolución y sus patrones de transmisión sigue siendo crucial para elaborar estrategias eficaces de prevención del VIH, ayudando así a los expertos sanitarios a centrarse en los sectores de la población que corren un mayor riesgo.
Colmar lagunas de conocimiento
BEEHIVE ha buscado colmar una importante laguna de conocimiento al buscar mutaciones en la secuencia genética del virus relacionadas con la virulencia, es decir, con la gravedad de la infección. Una forma de determinar la virulencia es mediante el punto fijo de la carga viral (SPVL, por sus siglas en inglés). Se trata de la concentración del virus en plasma sanguíneo durante el estadio crónico de la enfermedad. El proyecto ha podido basarse en los anteriores trabajos revolucionarios llevados a cabo por Fraser y su equipo, quienes descubrieron que el SPVL que más favorece al virus es el que se observa más frecuentemente. «Nuestra hipótesis es que el SPVL estaba controlado en parte por el virus y que no era solo consecuencia del sistema inmunitario de cada persona en su lucha contra el virus», explica Fraser. «La pregunta era si es posible demostrar una relación entre la virulencia y las diferencias en la secuencia genética del virus». En otras palabras, debe haber mutaciones que aumenten o disminuyan la futura gravedad de la infección. Para averiguarlo, el proyecto BEEHIVE trabajó con pacientes de ocho países europeos y de Uganda. Se reunió un conjunto de datos con caracterizaciones detalladas de la evolución de la enfermedad y se recogieron muestras de sangre, a partir de las cuales se extrajo el virus y se determinó su secuencia genética. Los datos recopilados eran tan complejos que se tuvo que desarrollar un nuevo método computacional llamado shiver. Esto condujo a la elaboración de un segundo método computacional, llamado phyloscanner, una herramienta potente para inferir la transmisión viral a partir de los datos de la secuenciación.
Un análisis del VIH a mayor escala
El equipo del proyecto consiguió identificar mutaciones virales relacionadas con la virulencia. «También hemos podido confirmar que aproximadamente un tercio de las variaciones del SPVL se deben al virus», explica Fraser. «La esperanza de este tipo de investigaciones es que una mejor comprensión de la base molecular de la virulencia lleve algún día a mejorar la manera de detenerla». Las muestras clínicas analizadas mediante shiver y phyloscanner también brindaron al equipo una perspectiva más clara de los patrones de transmisión en la población. Además, BEEHIVE consiguió caracterizar las infecciones dobles, aquellos casos en que una persona está infectada por dos virus distintos del VIH. Un legado clave del proyecto BEEHIVE, que concluyó en marzo de 2019, ha sido demostrar que la secuenciación del VIH y los análisis respectivos pueden llevarse a cabo a una escala sin precedentes. Fraser y su equipo están actualmente traduciendo toda esta información en intervenciones de salud pública en el África subsahariana. «Prevemos replicar nuestros análisis BEEHIVE con los conjuntos de datos más grandes y actualizados procedentes de estos proyectos africanos», concluye Fraser.
Palabras clave
BEEHIVE, VIH, vacuna, antirretroviral, virulencia, sida, virus, SPVL, genético, secuenciación, COVID-19
