Nouvel espoir dans la lutte contre la grippe aviaire grâce à l'informatique de grille
Une équipe de chercheurs européens et asiatiques a lancé un nouvel assaut contre le virus mortel de la grippe aviaire en mettant à profit la puissance cumulée de plus de 40 000 ordinateurs disséminés dans 45 pays afin de stimuler la découverte d'un traitement antiviral. Le projet EGEE (Enabling Grids for E-sciencE), financé par l'UE, est une grille de calcul qui relie une multitude d'ordinateurs personnels ordinaires afin de former un superordinateur d'une capacité exceptionnelle qui est utilisé pour analyser le potentiel de plus de 500 000 molécules apparentées à un médicament. En filigrane à ces travaux, de nouvelles données publiées par l'université de Pékin (Chine) font apparaître que le virus de la grippe aviaire H5N1 peut atteindre le foetus en traversant le placenta de la femme enceinte et y infecter d'autres organes que les poumons chez les adultes. En cas de propagation pandémique du virus, une réaction rapide serait indispensable pour l'enrayer. Le Dr Ying-Ta Wu, biologiste au Centre de recherche sur la génomique de l'Academia Sinica, affirme que les grilles informatiques comme EGEE offrent le moyen le plus rapide et le plus économique pour découvrir de nouveaux précurseurs de médicaments. «Nous utilisons EGEE pour trouver de nouvelles molécules susceptibles d'inhiber l'activité du virus grippal», explique le Dr Ying-Ta Wu. «Au cours d'opérations précédentes menées à l'aide de la grille EGEE, nous avons repéré quelque 200 molécules ayant le potentiel de devenir des médicaments contre la grippe aviaire». La grille informatique EGEE alimente un logiciel de recherche de médicaments qui permet aux chercheurs de calculer la probabilité qu'une molécule apparentée à un médicament se fixe sur un site actif du virus et inhibe ainsi son action. À la lumière des résultats des essais in silico, les chercheurs peuvent identifier les composants qui seront les plus efficaces pour bloquer le virus, ce qui accélère la découverte de puissants inhibiteurs innovants en minimisant l'approche essais-erreurs improductive utilisée dans les laboratoires. «La grippe aviaire reste une menace pour la santé dans le monde et nous sommes conscients qu'une pandémie pourrait se propager rapidement à travers l'Europe», déclare Vivianne Reding, commissaire européenne en charge de la société de l'information et des médias. «Je me réjouis que le projet européen EGEE débouche sur une application d'une telle importance pour la technologie de grille informatique comme l'accélération de la découverte de traitements contre les maladies négligées et émergentes. La collaboration entre l'Europe et l'Asie est primordiale pour faire face à ces menaces d'envergure mondiale pour la santé publique». À l'occasion de la conférence annuelle du projet EGEE, Ulf Dahlsten, directeur de la direction «Technologies et infrastructures émergentes» à la DG Société de l'information et médias de la Commission européenne, a cité l'exemple de la réussite d'EGEE pour la grippe aviaire afin d'illustrer la contribution que peuvent apporter les infrastructures électroniques à la science. «Les grilles informatiques ont permis un gain de productivité de plus de 6 000 % dans l'identification de nouveaux médicaments potentiels», a-t-il indiqué. «300 000 molécules ont déjà été examinées à l'aide de la grille EGEE. Parmi celles-ci, 123 inhibiteurs potentiels ont été isolés, et il a aujourd'hui été démontré que 7 d'entre eux possèdent un effet inhibiteur dans les tests in vitro en laboratoire. Cela représente un taux de réussite de 6 % au lieu de chiffres oscillant généralement autour de 0,1 % pour les procédés classiques de recherche de médicaments», a ajouté le directeur.