L’échantillonnage à grande échelle et l’incorporation de canidés anciens éclairent d’un jour nouveau la relation entre le loup et le chien
La recherche soutenue par l’UE dans le cadre du programme Marie Curie a accordé son soutien au projet Where Wolf, qui entendait répondre à certaines questions fondamentales relatives à la relation entre les populations de loups et les chiens domestiques. Le Dr Shyam Gopalakrishnan, chercheur principal, a pris en compte trois aspects de la génétique démographique et évolutive des canidés: 1) la relation entre les différentes sous-espèces de loup, 2) la domestication du chien et sa source et 3) la portée du flux génétique local à petite échelle entre les chiens et les loups. «Par “flux génétique local à petite échelle” j’entends le flux ou le mélange génétique entre les deux populations ou espèces qui habitent dans la même zone, comme les loups gris et les coyotes en Amérique du Nord. “L’introgression adaptative” s’appuie sur cette idée. Prenez, par exemple, les chiens de traîneau groenlandais, bien adaptés à la vie dans le nord glacial de l’Arctique. Ils ont peut-être obtenu ces caractéristiques à travers le croisement avec les loups vivant au Groenland et déjà adaptés aux conditions de cette région. Il s’agirait là d’un flux génétique adaptatif, ou introgression adaptative», explique-t-il. En raison de la complexité des systèmes biologiques que sont les loups et les chiens, Where Wolf n’a pas été en mesure de localiser l’origine ou la source du chien domestique. Toutefois, cela ne signifie pas que le projet n’a pas réussi à répondre à ces questions. «Lorsque nous examinons les races canines de l’Arctique, comme le husky sibérien ou les chiens de traîneau groenlandais, aujourd’hui nous savons assez bien d’où elles proviennent et, dans une grande mesure, nous connaissons les adaptations par lesquelles elles sont passées pour survivre dans l’environnement arctique. À bien des égards, ils imitent certaines des adaptations entreprises par les humains pour survivre dans le Grand Nord», explique le Dr Gopalakrishnan. Le professeur Tom Gilbert, du Centre de géogénétique de l’Université de Copenhague, a effectué le séquençage des génomes à partir d’échantillons d’un grand nombre de loups prélevés partout dans le monde. En combinant cette ressource avec les séquences génomiques du chien, du loup et de canidés anciens publiquement disponibles (générées par le laboratoire du professeur Gilbert avec des collaborateurs du monde entier), le Dr Gopalakrishnan a pu aborder ces aspects de la génétique démographique et évolutive des canidés. En menant l’échantillonnage à grande échelle et l’incorporation de canidés anciens, le Dr Gopalakrishnan était en mesure de dévoiler de nouveaux éléments de l’histoire évolutive des canidés. Le projet a généré le premier génome d’un loup assemblé de novo, qui devrait s’avérer utile pour de nombreuses études futures sur cette famille. «Nous avons mené une vaste étude qui comprenait nombre d’espèces canines différentes, y compris le dhole (chien sauvage indien), le lycaon, les coyotes, les loups, les chacals et les chiens. À notre satisfaction et désespoir, cette étude a révélé la complexité sous-tendant l’évolution de cet ensemble d’espèces, nous avons constaté des flux génétiques généralisés entre les espèces plus ou moins apparentées», ajoute-t-il. De récentes études menées sur d’autres espèces, des oies aux félins, ont montré à maintes reprises que, dans la nature, le flux génétique et les mélanges entre espèces sont plus souvent la règle que l’exception. L’étude du Dr Gopalakrishnan ajoute les canidés à cette liste toujours croissante. Le projet a des applications intéressantes en matière de conservation. Leurs découvertes liées aux loups groenlandais et aux loups dorés africains peuvent être utilisées pour la prise de décisions en matière de conservation réelle. «Where Wolf a rencontré de nombreux défis sur son parcours, et nous avons dû adapter les questions posées pour comprendre l’histoire évolutive des canidés. Je suis très fier de la manière dont mes collaborateurs et moi-même sommes parvenus à utiliser ces défis comme des opportunités pour en apprendre davantage sur l’espèce», explique-t-il.
Mots‑clés
Where Wolf, chiens, loups, canidés, échantillonnage génétique, canidés anciens
