Bioinformatik steigert biotechnologische Anwendungen
Das EU-finanzierte Projekt MICRO B3 (Marine microbial biodiversity, bioinformatics and biotechnology) wurde gegründet, um Europas Fähigkeit zur Integration der Bioinformatik mit meeresmikrobiologischen Daten zu verbessern. Davon sollte eine Reihe von Disziplinen in Biowissenschaften, Technik, Informatik und Recht profitieren. Ein stark interdisziplinäres Konsortium umfasste 32 sowohl akademische als auch industrielle Partnern aus ganz Europa. Dazu gehörten weltweit führende Experten in Bioinformatik, Informatik, Biologie, Ökologie, Ozeanographie, Bioprospecting und Biotechnologie sowie zu rechtlichen Aspekten. Die Arbeit umfasste die Mobilisierung der breiteren Forschungsgemeinschaft zu Probenahmen in den Ozeanen der Welt bei drei weltweiten Ocean Sampling-Tagen OSD. Die OSD umfassten mit MYOSD die erste Bürgerforscher-Kampagne, um Bürgern die Möglichkeit zu geben, mikrobielle Proben der Ozeane auf der ganzen Welt zu nehmen. Die Projektpartner nutzten auch aktuelle Sequenzierungstechnologien, um groß angelegte Sequenzdaten in einem ökologischen Kontext effizient auszunutzen. Die Daten wurden verwendet, um integriertes Wissen zu schaffen, mit dem marine Ökosystemebiologie und -Modellierung informiert werden sollen. Mehrere Bioinformatikwerkzeuge wurden entwickelt und getestet. Dazu gehörten das 3DM-Datenbanksystem, das spezielle Workflows für die rechnerische Vorhersage der Substratselektivität von Enzymen verwendet. Ein neuartiges Werkzeug verwendete Co-Okkurrenznetzwerke, um hypothetische Funktionen von unbekannten Genen von marinen Mikroben zu bestimmen. Dieses wurde in Kombination mit einem ultraschnellen Biosynthese-Gencluster-Recruiter verwendet, um biotechnologisch relevante Zielenzyme aus Metagenomen zu erzeugen. Das Konsortium entwickelte auch Vereinbarungen über geistiges Eigentum für den Schutz und die nachhaltige Nutzung der vorwettbewerblichen mikrobiellen genetischen Ressourcen und ihrer Nutzung in kommerziellen Anwendungen mit großem Potenzial. Outreach- und Schulungsaktivitäten wurden durchgeführt, ebenso wie OSD/MyOSD, um die Projektergebnisse verfügbar zu machen und wertvolles Feedback der Nutzer zu gewinnen. MICRO B3 half dabei, derzeitige Hindernisse in der marinen Biodiversitätsforschung und der blauen Biotechnologie zu überwinden, indem Meereswissenschaftlern und Biotechnologieentwicklern ermöglicht wurde, ihre Kräfte mit Experten aus Rechtspolitik und Kommunikation zu bündeln und auf eine integrierte Art und Weise zusammen zu arbeiten, um maximale Ergebnisse zu erzielen.
Schlüsselbegriffe
Genomen, Metagenome, MICRO B3, Biodiversität, Bioinformatik, Biotechnologie, Ocean Sampling-Tage, Vereinbarungen über geistiges Eigentum