Bioinformatyka zwiększa wykorzystanie biotechnologii
Finansowany przez UE projekt MICRO B3 (Marine microbial biodiversity, bioinformatics and biotechnology) miał na celu poprawienie możliwości europejskich naukowców integrowania bioinformatyki i danych mikrobiologii morza. Celem było poszerzenie wiedzy w różnych dziedzinach nauk biologicznych, technologii, informatyce i prawie. W ramach interdyscyplinarnego konsorcjum współpracowało 32 partnerów, w tym reprezentanci środowiska naukowego, a także przedstawiciele branży z całej Europy. Konsorcjum składało się z wiodących światowych ekspertów w dziedzinie bioinformatyki, informatyki, biologii, ekologii, oceanografii, biopiractwa i biotechnologii, a także z zakresu prawa. Prace objęły mobilizację szerokiej społeczności badaczy do pobrania próbek z oceanów w czasie trzech światowych Dni pobierania próbek z oceanu OSD. W ramach OSD odbyła się MYOSD, pierwsza naukowa kampania obywatelska, która umożliwiła obywatelom pobranie próbek mikrobiologicznych oceanu na całym świecie. Partnerzy projektu zastosowali również dostępne obecnie techniki sekwencjonowania, aby skutecznie wykorzystać wielkoskalowe dane sekwencyjne w kontekście środowiskowym. Dane wykorzystano do opracowania zintegrowanej wiedzy na temat biologii i modelowania ekosystemów morskich. Opracowano i przetestowano kilka narzędzi bioinformatycznych. Obejmowały one system baz danych 3DM, który wykorzystywał dedykowane workflowy do przewidywań obliczeniowych selektywności podłoża enzymów. Nowatorskie narzędzie korzystało z sieci co-occurrence, aby określić hipotetyczne funkcje nieznanych genów odkrytych w mikroorganizmach morskich. Narzędzie to w połączeniu z ultraszybkim biosyntetycznym rekruterem klastrów genowych wykorzystano do wygenerowania biotechnologicznych właściwych docelowych enzymów z metagenomów. Konsorcjum opracowało również umowy dotyczące własności intelektualnej w celu ochrony i zrównoważonego wykorzystania przedkonkurencyjnych zasobów danych genetycznych mikroorganizmów oraz ich użycia w zastosowaniach komercyjnych o wysokim potencjale. W ramach projektu przeprowadzono działania edukacyjne i szkoleniowe, a także OSD/MyOSD, aby rozpowszechnić wyniki projektu i uzyskać cenne informacje zwrotne od użytkowników. MICRO B3 przyczynił się do przezwyciężenia obecnych trudności w dziedzinie badań bioróżnorodności morskiej i biotechnologii morskiej, umożliwiając naukowcom i twórcom biotechnologii połączenie sił z ekspertami działającymi w obszarze prawa i komunikacji oraz nawiązanie współpracy pozwalającej na maksymalizację wyników.
Słowa kluczowe
Genomy, metagenomy, MICRO B3, bioróżnorodność, bioinformatyka, biotechnologia, dni pobierania próbek z oceanów, umowy dotyczące własności intelektualnej
