Leistungen
Midterm report on the success of the vMTB in referring patients to one of the clinical trials. Report with an overview of recruited subjects and on potential recruiting problems or delays and measures to rectify them
Project Office and Knowledge Management System up and runningProject Office and Knowledge Management System up and running Operational Project manager allocated for the project and external and internal websites done Members of Exploitation and Dissemination panels assigned Materials for project presentation produced
Completion of UH retrospective HGSOC cohortCompletion of UH retrospective HGSOC cohort.
First study subject approvals packageFirst study subject approvals package Final version of observational study protocol approved by the local Ethics committee and the study protocol of the first observational part will be submitted to ClinicalTrialscov for registration
Midterm recruitment reportMidterm recruitment report. At the time point when 50% of the study population is expected to have been recruited.
Bayesian network method ready for dynamic multi-omics integrationBayesian network method ready for dynamic multi-omics integration.
Set up of single-cell RNA-seq and cell hashing for HGSOCSet up of singlecell RNAseq and cell hashing for HGSOC
First study subject approvals package: Final version of clinical trial protocolFirst study subject approvals package. Final version of clinical trial protocol: Study protocol approved by local Ethics committee, TUCH and FIMEA. Clinical trial protocol submitted to ClinicalTrials.cov for registration.
Preliminary report on regulatory issues in personalised medicinePreliminary report on regulatory issues in personalised medicine.
Performance evaluation of the Predictor ToolPerformance evaluation of the Predictor Tool. The tool has been validated in independent HGSOC datasets.
Full design documentation for the eXplAIner softwareData Management Plan A detailed and updated Data Management Plan available on the project website where the latest updated version will be available
Fully functional, documented, and publicly available open-source eXplAIner software.
Veröffentlichungen
Autoren:
Miguel M. Álvarez, Josep Biayna & Fran Supek
Veröffentlicht in:
Nature Communications, Ausgabe 13(4520), 2022, ISSN 2041-1723
Herausgeber:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41467-022-32285-1
Autoren:
Aikaterini Skorda, Anna Røssberg Lauridsen, Chengnan Wu, Jinrong Huang, Monika Mrackova, Nuggi Ingholt Winther, Vanessa Jank , Zsofia Sztupinszki, Robert Strauss , Mesut Bilgin, Kenji Maeda, Bin Liu, Yonglun Luo, Marja Jäättelä,Tuula Kallunki
Veröffentlicht in:
Oncogene, 2023, ISSN 1476-5594
Herausgeber:
Springer Nature Publishing Company
DOI:
10.1038/s41388-023-02771-x
Autoren:
Anna Perkiö, Barun Pradhan, Fatih Genc, Anna Pirttikoski, Sanna Pikkusaari, Erdogan Pekcan Erkan, Matias Marin Falco, Kaisa Huhtinen, Sara Narva, Johanna Hynninen, Liisa Kauppi, Anna Vähärautio
Veröffentlicht in:
Scientific Reports, Ausgabe 14, 2024, ISSN 2045-2322
Herausgeber:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41598-024-54113-w
Autoren:
Susanna Holmström, Sampsa Hautaniemi, Antti Häkkinen
Veröffentlicht in:
Bioinformatics, 2022, ISSN 1460-2059
Herausgeber:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioinformatics/btac124
Autoren:
Farzaneh Firoozbakht, Behnam Yousefi, Benno Schwikowski
Veröffentlicht in:
Briefings in Bioinformatics, Ausgabe 23:1, 2022, ISSN 1477-4054
Herausgeber:
Oxford, United Kingdom
DOI:
10.1093/bib/bbab408
Autoren:
Marina Salvadores, Fran Supek
Veröffentlicht in:
Nature Cancer, 2024, ISSN 2662-1347
Herausgeber:
Nature Research
DOI:
10.1038/s43018-023-00707-8
Autoren:
Martin Garrido-Rodriguez , Katharina Zirngibl, Olga Ivanova, Sebastian Lobentanzer, Julio Saez-Rodriguez
Veröffentlicht in:
Molecular Systems Biology, Ausgabe 18, 2022, ISSN 1744-4292
Herausgeber:
Nature Publishing Group
DOI:
10.15252/msb.202211036
Autoren:
Jenna H. Rannikko, Petri Bono, Johanna Hynninen, Maija Hollmén
Veröffentlicht in:
Cancer Immunol Res, Ausgabe 12(1), 2024, Seite(n) 48-59, ISSN 2326-6074
Herausgeber:
American Association for Cancer Research
DOI:
10.1158/2326-6066.cir-23-0350
Autoren:
Sanaz Jamalzadeh, Antti Häkkinen, Noora Andersson, Kaisa Huhtinen, Anna Laury, Sakari Hietanen, Johanna Hynninen,Jaana Oikkonen, Olli Carpén, Anni Virtanen, Sampsa Hautaniemi
Veröffentlicht in:
Laboratory Investigation, 2022, ISSN 1530-0307
Herausgeber:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41374-022-00743-5
Autoren:
Mischan Vali-Pour, Ben Lehner, Fran Supek
Veröffentlicht in:
Nature Communications, Ausgabe 13, 2022, Seite(n) 3724, ISSN 2041-1723
Herausgeber:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41467-022-31483-1
Autoren:
Mai T.N. Nguyen, Anna Rajavuori, Kaisa Huhtinen, Sakari Hietanen, Johanna Hynninen, Jaana Oikkonen, Sampsa Hautaniemi
Veröffentlicht in:
Biomedicine & Pharmacotherapy, Ausgabe 168, 2023, ISSN 1950-6007
Herausgeber:
Elsevier B.V
DOI:
10.1016/j.biopha.2023.115630
Autoren:
Marta Lovino; Vincenzo Randazzo; Gabriele Ciravegna; Pietro Barbiero; Elisa Ficarra; Giansalvo Cirrincione
Veröffentlicht in:
Neurocomputing, Ausgabe 488, 2022, Seite(n) 494-508, ISSN 0925-2312
Herausgeber:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.neucom.2021.11.094
Autoren:
Molly J. Carroll, Katja Kaipio, Johanna Hynninen, Olli Carpen, Sampsa Hautaniemi, David Page, Pamela K. Kreeger
Veröffentlicht in:
Cancers, Ausgabe 14(17), 2022, ISSN 2072-6694
Herausgeber:
Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI:
10.3390/cancers14174291
Autoren:
Marta Lovino, Elisa Ficarra, Loredana Martignetti
Veröffentlicht in:
PLOS ONE, Ausgabe 19, 2024, Seite(n) e0289699, ISSN 1932-6203
Herausgeber:
Public Library of Science
DOI:
10.1371/journal.pone.0289699
Autoren:
Tiffany M. Delhomme, Maia Munteanu, Manuela Buonanno, Veljko Grilj, Josep Biayna & Fran Supek
Veröffentlicht in:
Scientific Reports, Ausgabe 13(9791), 2023, ISSN 2045-2322
Herausgeber:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41598-023-36845-3
Autoren:
Gianpaolo Bontempo; Federico Bolelli; Angelo Porrello; Simone Calderara; Elisa Ficarra
Veröffentlicht in:
IEEE Transaction on medical imging, 2023, ISSN 0278-0062
Herausgeber:
Institute of Electrical and Electronics Engineers
DOI:
10.1109/tmi.2023.3337549
Autoren:
Sanaz Jamalzadeh, Jun Dai, Kari Lavikka, Yilin Li, Jing Jiang, Kaisa Huhtinen, Anni Virtanen, Jaana Oikkonen, Sakari Hietanen, Johanna Hynninen, Anna Vähärautio, Antti Häkkinen* and
Sampsa Hautaniemi*
Veröffentlicht in:
BMC Cancer, Ausgabe 24:173, 2024, ISSN 1471-2407
Herausgeber:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s12885-024-11895-6
Autoren:
David Mas-Ponte, Marcel McCullough, Fran Supek
Veröffentlicht in:
Clinical Science, Ausgabe 136 (5), 2022, Seite(n) 383–404, ISSN 1470-8736
Herausgeber:
Portland Press Limited
DOI:
10.1042/cs20210682
Autoren:
Aikaterini Skorda, Anna Røssberg Lauridsen, Kaisa Huhtinen, Alexandra Lahtinen, Wojciech Senkowski, Jaana Oikkonen, Johanna Hynninen, Sampsa Hautaniemi. Tuula Kallunki
Veröffentlicht in:
STAR Protocols, Ausgabe 4(4), 2023, ISSN 2666-1667
Herausgeber:
Elsevier B.V
DOI:
10.1016/j.xpro.2023.102683
Autoren:
Feng Deng, Maren Laasik, Liina Salminen, Lauri Lapatto, Kaisa Huhtinen, Yilin Li, Sampsa Hautaniemi, Johanna Hynninen, Mikko Niemi, Rainer Lehtonen
Veröffentlicht in:
Basic & Clinical Pharmacology & Toxicology, Ausgabe 1-11, 2023, ISSN 1742-7843
Herausgeber:
John Wiley & Sons, Inc.
DOI:
10.1111/bcpt.13866
Autoren:
Juuli Raivola, Alice Dini, Hanna Karvonen, Emilia Piki, Kari Salokas, Wilhelmiina Niininen, Laura Kaleva, Kaiyang Zhang, Mariliina Arjama, Greta Gudoityte, Brinton Seashore-Ludlow, Markku Varjosalo, Olli Kallioniemi, Sampsa Hautaniemi, Astrid Murumägi & Daniela Ungureanu
Veröffentlicht in:
Cell Death and Disease, Ausgabe 13, 2022, ISSN 2041-4889
Herausgeber:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41419-022-05161-5
Autoren:
Bruno Fito-Lopez; Marina Salvadores; Miguel-Martin Alvarez; Fran Supek
Veröffentlicht in:
BMC Biology, Ausgabe 21(92), 2023, ISSN 1741-7007
Herausgeber:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s12915-023-01595-1
Autoren:
Sebastian Lobentanzer, Pablo Rodriguez-Mier, Stefan Bauer, Julio Saez-Rodriguez
Veröffentlicht in:
Molecular Systems Biology, Ausgabe 20, 2024, Seite(n) 848-858, ISSN 1744-4292
Herausgeber:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s44320-024-00041-w
Autoren:
Valeria Ariotta, Oskari Lehtonen, Shams Salloum, Giulia Micoli, Kari Lavikka, Ville Rantanen, Johanna Hynninen, Anni Virtanen, Sampsa Hautaniemi
Veröffentlicht in:
Journal of Pathology Informatics, Ausgabe 14, 2023, ISSN 2153-3539
Herausgeber:
Elsevier B.V
DOI:
10.1016/j.jpi.2023.100339
Autoren:
Elena Pianfetti; Marta Lovino; Elisa Ficarra; Loredana Martignetti
Veröffentlicht in:
BMC Bioinformatics, Ausgabe 24, 2023, ISSN 1471-2105
Herausgeber:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s12859-023-05560-1
Autoren:
Alessio Mascolini; Dario Cardamone; Francesco Ponzio; Santa Di Cataldo; Elisa Ficarra
Veröffentlicht in:
BMC Bioinformatics, Ausgabe 23(295), 2022, ISSN 1471-2105
Herausgeber:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s12859-022-04845-1
Autoren:
Matteo Stefanini; Marta Lovino; Rita Cucchiara; Elisa Ficarra
Veröffentlicht in:
Computer Methods and Programs in Biomedicine, Ausgabe 234, 2023, ISSN 1872-7565
Herausgeber:
Elsevier B.V
DOI:
10.1101/2022.09.21.508821
Autoren:
Sanna Pikkusaari, Manuela Tumiati, Anni Virtanen, Jaana Oikkonen, Yilin Li, Fernando Perez-Villatoro, Taru Muranen, Matilda Salko, Kaisa Huhtinen, Anna Kanerva, Heidi Koskela, Johanna Tapper, Riitta Koivisto-Korander, Titta Joutsiniemi, Ulla-Maija Haltia, Heini Lassus, Sampsa Hautaniemi, Anniina Färkkilä, Johanna Hynninen, Sakari Hietanen, Olli Carpen, Liisa Kauppi
Veröffentlicht in:
Clinical Cancer Research, Ausgabe 1557-3265, 2023, Seite(n) OF1–OF14, ISSN 1557-3265
Herausgeber:
American Association for Cancer Research
DOI:
10.1158/1078-0432.ccr-22-3156
Autoren:
Emilia Piki, Alice Dini, Juuli Raivola, Kari Salokas, Kaiyang Zhang, Markku Varjosalo, Teijo Pellinen, Katja Välimäki, Kristina Tabor Veskimäe, Synnöve Staff, Sampsa Hautaniemi, Astrid Murumägi, Daniela Ungureanu
Veröffentlicht in:
Cell Death Discovery, Ausgabe 9 (222), 2023, ISSN 2058-7716
Herausgeber:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41420-023-01527-6
Autoren:
Heidi Koskela, Yilin Li, Titta Joutsiniemi, Taru Muranen, Veli-Matti Isoviita, Kaisa Huhtinen, Giulia Micoli, Kari Lavikka, Giovanni Marchi, Sakari Hietanen, Anni Virtanen, Sampsa Hautaniemi, Jaana Oikkonen, Johanna Hynninen
Veröffentlicht in:
Gynecologic Oncology, Ausgabe 180, 2024, Seite(n) 91-98, ISSN 1095-6859
Herausgeber:
Elsevier B.V
DOI:
10.1016/j.ygyno.2023.11.027
Autoren:
Kari Lavikka, Jaana Oikkonen, Yilin Li, Taru Muranen, Giulia Micoli, Giovanni Marchi, Alexandra Lahtinen, Kaisa Huhtinen, Rainer Lehtonen, Sakari Hietanen, Johanna Hynninen, Anni Virtanen, Sampsa Hautaniemi
Veröffentlicht in:
GigaScience, Ausgabe 13, 2024, ISSN 2047-217X
Herausgeber:
Oxford Academic
DOI:
10.1093/gigascience/giae040
Autoren:
Alexandra Lahtinen; Kari Lavikka; Anni Virtanen; Yilin Li; Sanaz Jamalzadeh; Aikaterini Skorda; Anna Røssberg Lauridsen; Kaiyang Zhang; Giovanni Marchi; Veli-Matti Isoviita; Valeria Ariotta; Oskari Lehtonen; Taru A. Muranen; Kaisa Huhtinen; Olli Carpén; Sakari Hietanen; Wojciech Senkowski; Tuula Kallunki; Antti Häkkinen; Johanna Hynninen; Jaana Oikkonen; Sampsa Hautaniemi
Veröffentlicht in:
Cancer Cell, Ausgabe 41, 2023, Seite(n) 1103–1117, ISSN 1878-3686
Herausgeber:
Elsevier B.V
DOI:
10.1016/j.ccell.2023.04.017
Autoren:
Aikaterini Skorda, Marie Lund Bay, Sampsa Hautaniemi, Alexandra Lahtinen, Tuula Kallunki
Veröffentlicht in:
Cancers, Ausgabe 14(24), 2022, ISSN 2072-6694
Herausgeber:
Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI:
10.3390/cancers14246257
Autoren:
Kaiyang Zhang, Erdogan Pekcan Erkan, Sanaz Jamalzadeh, Jun Dai, Noora Andersson,
Katja Kaipio, Tarja Lamminen, Naziha Mansuri, Kaisa Huhtinen, Olli Carpén, Sakari Hietanen, Jaana Oikkonen, Johanna Hynninen, Anni Virtanen, Antti Häkkinen, Sampsa Hautaniemi, Anna Vähärautio
Veröffentlicht in:
Science Advances, Ausgabe eabm1831, 2022, ISSN 2375-2548
Herausgeber:
American Association for the Advancement of Science
DOI:
10.1126/sciadv.abm1831
Autoren:
Marta Lovino, Marilisa Montemurro, Venere S Barrese, Elisa Ficarra
Veröffentlicht in:
Journal of Biomedical Informatics, Ausgabe 129, 2022, ISSN 1532-0464
Herausgeber:
Academic Press
DOI:
10.1016/j.jbi.2022.104057
Autoren:
Anna Ray Laury, Sami Blom, Tuomas Ropponen, Anni Virtanen, Olli Mikael Carpén
Veröffentlicht in:
Scientific Reports, Ausgabe 11/1, 2021, ISSN 2045-2322
Herausgeber:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41598-021-98480-0
Autoren:
Levatić, Jurica; Salvadores, Marina; Fuster-Tormo, Francisco; Supek, Fran; Universitat Autònoma de Barcelona
Veröffentlicht in:
Nature Communications, Ausgabe 13, 2022, ISSN 2041-1723
Herausgeber:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1101/2021.05.19.444811
Autoren:
Heidi Rausio, Alejandra Cervera, Vanina D. Heuser, Gun West, Jaana Oikkonen, Elena Pianfetti, Marta Lovino, Elisa Ficarra, Pekka Taimen, Johanna Hynninen, Rainer Lehtonen, Sampsa Hautaniemi, Olli Carpén, Kaisa Huhtinen
Veröffentlicht in:
Neoplasia, Ausgabe 51, 2024, ISSN 1476-5586
Herausgeber:
Elsevier B.V
DOI:
10.1016/j.neo.2024.100987
Autoren:
Sebastian Lobentanzer, Patrick Aloy, Jan Baumbach, Balazs Bohar, Vincent J. Carey, Pornpimol Charoentong, Katharina Danhauser, Tunca Doğan, Johann Dreo, Ian Dunham, Elias Farr, Adrià Fernandez-Torras, Benjamin M. Gyori, Michael Hartung, Charles Tapley Hoyt, Christoph Klein, Tamas Korcsmaros, Andreas Maier, Matthias Mann, David Ochoa, Elena Pareja-Lorente, Ferdinand Popp, Martin Preusse, Niklas P
Veröffentlicht in:
Nature Biotechnology, Ausgabe 41, 2023, Seite(n) 1056–1059, ISSN 1546-1696
Herausgeber:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41587-023-01848-y
Autoren:
"Fernando Perez-Villatoro, Jaana Oikkonen, Julia Casado, Anastasiya Chernenko, Doga C. Gulhan, Manuela Tumiati, Yilin Li, Kari Lavikka, Sakari Hietanen, Johanna Hynninen, Ulla-Maija Haltia, Jaakko S. Tyrmi, Hannele Laivuori, Panagiotis A. Konstantinopoulos, Sampsa Hautaniemi, Liisa Kauppi, Anniina Färkkilä """
Veröffentlicht in:
NPJ Precision Oncology, Ausgabe 6(1), 2022, Seite(n) 96, ISSN 2397-768X
Herausgeber:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41698-022-00339-8
Autoren:
Giovanni Marchi, Anna Rajavuori, Mai T N Nguyen, Kaisa Huhtinen, Sinikka Oksa, Sakari Hietanen, Sampsa Hautaniemi, Johanna Hynninen, Jaana Oikkonen
Veröffentlicht in:
Translational Oncology, Ausgabe 2(39), 2023, ISSN 1944-7124
Herausgeber:
Elsevier B.V
DOI:
10.1016/j.tranon.2023.101814
Autoren:
Miquel Díaz Hernández; Waltter Roslin; Juli Mansnérus
Veröffentlicht in:
European Journal of Health Law, Ausgabe 31(2), 2024, Seite(n) 129–152, ISSN 1571-8093
Herausgeber:
Brill
DOI:
10.1163/15718093-bja10123
Autoren:
Vittorio Pipoli; Mattia Cappelli; Alessandro Palladini; Carlo Peluso; Marta Lovino; Elisa Ficarra
Veröffentlicht in:
Computer Methods and Programs in Biomedicine, Ausgabe 225, 2022, ISSN 1872-7565
Herausgeber:
Elsevier B.V
DOI:
10.1016/j.cmpb.2022.107035
Autoren:
Anna Røssberg Lauridsen, Aikaterini Skorda, Nuggi Ingholt Winther, Marie Lund Bay, Tuula Kallunki
Veröffentlicht in:
Journal of Experimental & Clinical Cancer Research, Ausgabe 43, 2024, ISSN 1756-9966
Herausgeber:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s13046-024-03172-y
Autoren:
Waltter Roslin, Juli Mansnérus
Veröffentlicht in:
Potency Assays for Advanced Stem Cell Therapy Medicinal Products, Ausgabe 1, 2023, Seite(n) 151-163, ISBN 978-3-031-30039-4
Herausgeber:
Springer Publishing Company
DOI:
10.1007/978-3-031-30040-0_10
Autoren:
Juli Mansnérus, Charlotta Bonsdorff, Petro Vornanen
Veröffentlicht in:
Terveys ja lapsen oikeudet, Ausgabe 2023:7, 2023, Seite(n) 190-203, ISBN 978-952-400-747-4
Herausgeber:
Office of the Ombudsman for Children
Autoren:
Federica Citarrella; Gianpaolo Bontempo; Marta Lovino; Elisa Ficarra
Veröffentlicht in:
New Trends in Database and Information Systems, 2022, ISBN 978-3-031-15743-1
Herausgeber:
Springer Publishing Company
DOI:
10.1007/978-3-031-15743-1_8
Autoren:
Gianpaolo Bontempo, Nicola Bartolini, Marta Lovino, Federico Bolelli, Anni Virtanen, Elisa Ficarra
Veröffentlicht in:
Lecture Notes in Computer Science, Ausgabe 14233, 2023, Seite(n) 550-562, ISSN 1611-3349
Herausgeber:
Springer
DOI:
10.1007/978-3-031-43148-7_46
Autoren:
Bontempo, Gianpaolo; Porrello, Angelo; Bolelli, Federico; Calderara, Simone; Ficarra, Elisa
Veröffentlicht in:
Lecture Notes in Computer Science, Ausgabe 14220, 2023, Seite(n) 248-258, ISSN 1611-3349
Herausgeber:
Springer
DOI:
10.1007/978-3-031-43907-0_24
Autoren:
Gianpaolo Bontempo, Luca Lumetti, Angelo Porrello, Federico Bolelli, Simone Calderara, Elisa Ficarra
Veröffentlicht in:
Lecture Notes in Computer Science, Ausgabe 14234, 2023, Seite(n) 1-12, ISSN 1611-3349
Herausgeber:
Springer
DOI:
10.1007/978-3-031-43153-1_1
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