Rezultaty
Midterm report on the success of the vMTB in referring patients to one of the clinical trials. Report with an overview of recruited subjects and on potential recruiting problems or delays and measures to rectify them
Project Office and Knowledge Management System up and runningProject Office and Knowledge Management System up and running Operational Project manager allocated for the project and external and internal websites done Members of Exploitation and Dissemination panels assigned Materials for project presentation produced
Completion of UH retrospective HGSOC cohortCompletion of UH retrospective HGSOC cohort.
First study subject approvals packageFirst study subject approvals package Final version of observational study protocol approved by the local Ethics committee and the study protocol of the first observational part will be submitted to ClinicalTrialscov for registration
Midterm recruitment reportMidterm recruitment report. At the time point when 50% of the study population is expected to have been recruited.
Bayesian network method ready for dynamic multi-omics integrationBayesian network method ready for dynamic multi-omics integration.
Set up of single-cell RNA-seq and cell hashing for HGSOCSet up of singlecell RNAseq and cell hashing for HGSOC
First study subject approvals package: Final version of clinical trial protocolFirst study subject approvals package. Final version of clinical trial protocol: Study protocol approved by local Ethics committee, TUCH and FIMEA. Clinical trial protocol submitted to ClinicalTrials.cov for registration.
Preliminary report on regulatory issues in personalised medicinePreliminary report on regulatory issues in personalised medicine.
Performance evaluation of the Predictor ToolPerformance evaluation of the Predictor Tool. The tool has been validated in independent HGSOC datasets.
Full design documentation for the eXplAIner softwareData Management Plan A detailed and updated Data Management Plan available on the project website where the latest updated version will be available
Fully functional, documented, and publicly available open-source eXplAIner software.
Publikacje
Autorzy:
Miguel M. Álvarez, Josep Biayna & Fran Supek
Opublikowane w:
Nature Communications, Numer 13(4520), 2022, ISSN 2041-1723
Wydawca:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41467-022-32285-1
Autorzy:
Aikaterini Skorda, Anna Røssberg Lauridsen, Chengnan Wu, Jinrong Huang, Monika Mrackova, Nuggi Ingholt Winther, Vanessa Jank , Zsofia Sztupinszki, Robert Strauss , Mesut Bilgin, Kenji Maeda, Bin Liu, Yonglun Luo, Marja Jäättelä,Tuula Kallunki
Opublikowane w:
Oncogene, 2023, ISSN 1476-5594
Wydawca:
Springer Nature Publishing Company
DOI:
10.1038/s41388-023-02771-x
Autorzy:
Anna Perkiö, Barun Pradhan, Fatih Genc, Anna Pirttikoski, Sanna Pikkusaari, Erdogan Pekcan Erkan, Matias Marin Falco, Kaisa Huhtinen, Sara Narva, Johanna Hynninen, Liisa Kauppi, Anna Vähärautio
Opublikowane w:
Scientific Reports, Numer 14, 2024, ISSN 2045-2322
Wydawca:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41598-024-54113-w
Autorzy:
Susanna Holmström, Sampsa Hautaniemi, Antti Häkkinen
Opublikowane w:
Bioinformatics, 2022, ISSN 1460-2059
Wydawca:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioinformatics/btac124
Autorzy:
Farzaneh Firoozbakht, Behnam Yousefi, Benno Schwikowski
Opublikowane w:
Briefings in Bioinformatics, Numer 23:1, 2022, ISSN 1477-4054
Wydawca:
Oxford, United Kingdom
DOI:
10.1093/bib/bbab408
Autorzy:
Marina Salvadores, Fran Supek
Opublikowane w:
Nature Cancer, 2024, ISSN 2662-1347
Wydawca:
Nature Research
DOI:
10.1038/s43018-023-00707-8
Autorzy:
Martin Garrido-Rodriguez , Katharina Zirngibl, Olga Ivanova, Sebastian Lobentanzer, Julio Saez-Rodriguez
Opublikowane w:
Molecular Systems Biology, Numer 18, 2022, ISSN 1744-4292
Wydawca:
Nature Publishing Group
DOI:
10.15252/msb.202211036
Autorzy:
Jenna H. Rannikko, Petri Bono, Johanna Hynninen, Maija Hollmén
Opublikowane w:
Cancer Immunol Res, Numer 12(1), 2024, Strona(/y) 48-59, ISSN 2326-6074
Wydawca:
American Association for Cancer Research
DOI:
10.1158/2326-6066.cir-23-0350
Autorzy:
Sanaz Jamalzadeh, Antti Häkkinen, Noora Andersson, Kaisa Huhtinen, Anna Laury, Sakari Hietanen, Johanna Hynninen,Jaana Oikkonen, Olli Carpén, Anni Virtanen, Sampsa Hautaniemi
Opublikowane w:
Laboratory Investigation, 2022, ISSN 1530-0307
Wydawca:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41374-022-00743-5
Autorzy:
Mischan Vali-Pour, Ben Lehner, Fran Supek
Opublikowane w:
Nature Communications, Numer 13, 2022, Strona(/y) 3724, ISSN 2041-1723
Wydawca:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41467-022-31483-1
Autorzy:
Mai T.N. Nguyen, Anna Rajavuori, Kaisa Huhtinen, Sakari Hietanen, Johanna Hynninen, Jaana Oikkonen, Sampsa Hautaniemi
Opublikowane w:
Biomedicine & Pharmacotherapy, Numer 168, 2023, ISSN 1950-6007
Wydawca:
Elsevier B.V
DOI:
10.1016/j.biopha.2023.115630
Autorzy:
Marta Lovino; Vincenzo Randazzo; Gabriele Ciravegna; Pietro Barbiero; Elisa Ficarra; Giansalvo Cirrincione
Opublikowane w:
Neurocomputing, Numer 488, 2022, Strona(/y) 494-508, ISSN 0925-2312
Wydawca:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.neucom.2021.11.094
Autorzy:
Molly J. Carroll, Katja Kaipio, Johanna Hynninen, Olli Carpen, Sampsa Hautaniemi, David Page, Pamela K. Kreeger
Opublikowane w:
Cancers, Numer 14(17), 2022, ISSN 2072-6694
Wydawca:
Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI:
10.3390/cancers14174291
Autorzy:
Marta Lovino, Elisa Ficarra, Loredana Martignetti
Opublikowane w:
PLOS ONE, Numer 19, 2024, Strona(/y) e0289699, ISSN 1932-6203
Wydawca:
Public Library of Science
DOI:
10.1371/journal.pone.0289699
Autorzy:
Tiffany M. Delhomme, Maia Munteanu, Manuela Buonanno, Veljko Grilj, Josep Biayna & Fran Supek
Opublikowane w:
Scientific Reports, Numer 13(9791), 2023, ISSN 2045-2322
Wydawca:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41598-023-36845-3
Autorzy:
Gianpaolo Bontempo; Federico Bolelli; Angelo Porrello; Simone Calderara; Elisa Ficarra
Opublikowane w:
IEEE Transaction on medical imging, 2023, ISSN 0278-0062
Wydawca:
Institute of Electrical and Electronics Engineers
DOI:
10.1109/tmi.2023.3337549
Autorzy:
Sanaz Jamalzadeh, Jun Dai, Kari Lavikka, Yilin Li, Jing Jiang, Kaisa Huhtinen, Anni Virtanen, Jaana Oikkonen, Sakari Hietanen, Johanna Hynninen, Anna Vähärautio, Antti Häkkinen* and
Sampsa Hautaniemi*
Opublikowane w:
BMC Cancer, Numer 24:173, 2024, ISSN 1471-2407
Wydawca:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s12885-024-11895-6
Autorzy:
David Mas-Ponte, Marcel McCullough, Fran Supek
Opublikowane w:
Clinical Science, Numer 136 (5), 2022, Strona(/y) 383–404, ISSN 1470-8736
Wydawca:
Portland Press Limited
DOI:
10.1042/cs20210682
Autorzy:
Aikaterini Skorda, Anna Røssberg Lauridsen, Kaisa Huhtinen, Alexandra Lahtinen, Wojciech Senkowski, Jaana Oikkonen, Johanna Hynninen, Sampsa Hautaniemi. Tuula Kallunki
Opublikowane w:
STAR Protocols, Numer 4(4), 2023, ISSN 2666-1667
Wydawca:
Elsevier B.V
DOI:
10.1016/j.xpro.2023.102683
Autorzy:
Feng Deng, Maren Laasik, Liina Salminen, Lauri Lapatto, Kaisa Huhtinen, Yilin Li, Sampsa Hautaniemi, Johanna Hynninen, Mikko Niemi, Rainer Lehtonen
Opublikowane w:
Basic & Clinical Pharmacology & Toxicology, Numer 1-11, 2023, ISSN 1742-7843
Wydawca:
John Wiley & Sons, Inc.
DOI:
10.1111/bcpt.13866
Autorzy:
Juuli Raivola, Alice Dini, Hanna Karvonen, Emilia Piki, Kari Salokas, Wilhelmiina Niininen, Laura Kaleva, Kaiyang Zhang, Mariliina Arjama, Greta Gudoityte, Brinton Seashore-Ludlow, Markku Varjosalo, Olli Kallioniemi, Sampsa Hautaniemi, Astrid Murumägi & Daniela Ungureanu
Opublikowane w:
Cell Death and Disease, Numer 13, 2022, ISSN 2041-4889
Wydawca:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41419-022-05161-5
Autorzy:
Bruno Fito-Lopez; Marina Salvadores; Miguel-Martin Alvarez; Fran Supek
Opublikowane w:
BMC Biology, Numer 21(92), 2023, ISSN 1741-7007
Wydawca:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s12915-023-01595-1
Autorzy:
Sebastian Lobentanzer, Pablo Rodriguez-Mier, Stefan Bauer, Julio Saez-Rodriguez
Opublikowane w:
Molecular Systems Biology, Numer 20, 2024, Strona(/y) 848-858, ISSN 1744-4292
Wydawca:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s44320-024-00041-w
Autorzy:
Valeria Ariotta, Oskari Lehtonen, Shams Salloum, Giulia Micoli, Kari Lavikka, Ville Rantanen, Johanna Hynninen, Anni Virtanen, Sampsa Hautaniemi
Opublikowane w:
Journal of Pathology Informatics, Numer 14, 2023, ISSN 2153-3539
Wydawca:
Elsevier B.V
DOI:
10.1016/j.jpi.2023.100339
Autorzy:
Elena Pianfetti; Marta Lovino; Elisa Ficarra; Loredana Martignetti
Opublikowane w:
BMC Bioinformatics, Numer 24, 2023, ISSN 1471-2105
Wydawca:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s12859-023-05560-1
Autorzy:
Alessio Mascolini; Dario Cardamone; Francesco Ponzio; Santa Di Cataldo; Elisa Ficarra
Opublikowane w:
BMC Bioinformatics, Numer 23(295), 2022, ISSN 1471-2105
Wydawca:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s12859-022-04845-1
Autorzy:
Matteo Stefanini; Marta Lovino; Rita Cucchiara; Elisa Ficarra
Opublikowane w:
Computer Methods and Programs in Biomedicine, Numer 234, 2023, ISSN 1872-7565
Wydawca:
Elsevier B.V
DOI:
10.1101/2022.09.21.508821
Autorzy:
Sanna Pikkusaari, Manuela Tumiati, Anni Virtanen, Jaana Oikkonen, Yilin Li, Fernando Perez-Villatoro, Taru Muranen, Matilda Salko, Kaisa Huhtinen, Anna Kanerva, Heidi Koskela, Johanna Tapper, Riitta Koivisto-Korander, Titta Joutsiniemi, Ulla-Maija Haltia, Heini Lassus, Sampsa Hautaniemi, Anniina Färkkilä, Johanna Hynninen, Sakari Hietanen, Olli Carpen, Liisa Kauppi
Opublikowane w:
Clinical Cancer Research, Numer 1557-3265, 2023, Strona(/y) OF1–OF14, ISSN 1557-3265
Wydawca:
American Association for Cancer Research
DOI:
10.1158/1078-0432.ccr-22-3156
Autorzy:
Emilia Piki, Alice Dini, Juuli Raivola, Kari Salokas, Kaiyang Zhang, Markku Varjosalo, Teijo Pellinen, Katja Välimäki, Kristina Tabor Veskimäe, Synnöve Staff, Sampsa Hautaniemi, Astrid Murumägi, Daniela Ungureanu
Opublikowane w:
Cell Death Discovery, Numer 9 (222), 2023, ISSN 2058-7716
Wydawca:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41420-023-01527-6
Autorzy:
Heidi Koskela, Yilin Li, Titta Joutsiniemi, Taru Muranen, Veli-Matti Isoviita, Kaisa Huhtinen, Giulia Micoli, Kari Lavikka, Giovanni Marchi, Sakari Hietanen, Anni Virtanen, Sampsa Hautaniemi, Jaana Oikkonen, Johanna Hynninen
Opublikowane w:
Gynecologic Oncology, Numer 180, 2024, Strona(/y) 91-98, ISSN 1095-6859
Wydawca:
Elsevier B.V
DOI:
10.1016/j.ygyno.2023.11.027
Autorzy:
Kari Lavikka, Jaana Oikkonen, Yilin Li, Taru Muranen, Giulia Micoli, Giovanni Marchi, Alexandra Lahtinen, Kaisa Huhtinen, Rainer Lehtonen, Sakari Hietanen, Johanna Hynninen, Anni Virtanen, Sampsa Hautaniemi
Opublikowane w:
GigaScience, Numer 13, 2024, ISSN 2047-217X
Wydawca:
Oxford Academic
DOI:
10.1093/gigascience/giae040
Autorzy:
Alexandra Lahtinen; Kari Lavikka; Anni Virtanen; Yilin Li; Sanaz Jamalzadeh; Aikaterini Skorda; Anna Røssberg Lauridsen; Kaiyang Zhang; Giovanni Marchi; Veli-Matti Isoviita; Valeria Ariotta; Oskari Lehtonen; Taru A. Muranen; Kaisa Huhtinen; Olli Carpén; Sakari Hietanen; Wojciech Senkowski; Tuula Kallunki; Antti Häkkinen; Johanna Hynninen; Jaana Oikkonen; Sampsa Hautaniemi
Opublikowane w:
Cancer Cell, Numer 41, 2023, Strona(/y) 1103–1117, ISSN 1878-3686
Wydawca:
Elsevier B.V
DOI:
10.1016/j.ccell.2023.04.017
Autorzy:
Aikaterini Skorda, Marie Lund Bay, Sampsa Hautaniemi, Alexandra Lahtinen, Tuula Kallunki
Opublikowane w:
Cancers, Numer 14(24), 2022, ISSN 2072-6694
Wydawca:
Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI:
10.3390/cancers14246257
Autorzy:
Kaiyang Zhang, Erdogan Pekcan Erkan, Sanaz Jamalzadeh, Jun Dai, Noora Andersson,
Katja Kaipio, Tarja Lamminen, Naziha Mansuri, Kaisa Huhtinen, Olli Carpén, Sakari Hietanen, Jaana Oikkonen, Johanna Hynninen, Anni Virtanen, Antti Häkkinen, Sampsa Hautaniemi, Anna Vähärautio
Opublikowane w:
Science Advances, Numer eabm1831, 2022, ISSN 2375-2548
Wydawca:
American Association for the Advancement of Science
DOI:
10.1126/sciadv.abm1831
Autorzy:
Marta Lovino, Marilisa Montemurro, Venere S Barrese, Elisa Ficarra
Opublikowane w:
Journal of Biomedical Informatics, Numer 129, 2022, ISSN 1532-0464
Wydawca:
Academic Press
DOI:
10.1016/j.jbi.2022.104057
Autorzy:
Anna Ray Laury, Sami Blom, Tuomas Ropponen, Anni Virtanen, Olli Mikael Carpén
Opublikowane w:
Scientific Reports, Numer 11/1, 2021, ISSN 2045-2322
Wydawca:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41598-021-98480-0
Autorzy:
Levatić, Jurica; Salvadores, Marina; Fuster-Tormo, Francisco; Supek, Fran; Universitat Autònoma de Barcelona
Opublikowane w:
Nature Communications, Numer 13, 2022, ISSN 2041-1723
Wydawca:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1101/2021.05.19.444811
Autorzy:
Heidi Rausio, Alejandra Cervera, Vanina D. Heuser, Gun West, Jaana Oikkonen, Elena Pianfetti, Marta Lovino, Elisa Ficarra, Pekka Taimen, Johanna Hynninen, Rainer Lehtonen, Sampsa Hautaniemi, Olli Carpén, Kaisa Huhtinen
Opublikowane w:
Neoplasia, Numer 51, 2024, ISSN 1476-5586
Wydawca:
Elsevier B.V
DOI:
10.1016/j.neo.2024.100987
Autorzy:
Sebastian Lobentanzer, Patrick Aloy, Jan Baumbach, Balazs Bohar, Vincent J. Carey, Pornpimol Charoentong, Katharina Danhauser, Tunca Doğan, Johann Dreo, Ian Dunham, Elias Farr, Adrià Fernandez-Torras, Benjamin M. Gyori, Michael Hartung, Charles Tapley Hoyt, Christoph Klein, Tamas Korcsmaros, Andreas Maier, Matthias Mann, David Ochoa, Elena Pareja-Lorente, Ferdinand Popp, Martin Preusse, Niklas P
Opublikowane w:
Nature Biotechnology, Numer 41, 2023, Strona(/y) 1056–1059, ISSN 1546-1696
Wydawca:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41587-023-01848-y
Autorzy:
"Fernando Perez-Villatoro, Jaana Oikkonen, Julia Casado, Anastasiya Chernenko, Doga C. Gulhan, Manuela Tumiati, Yilin Li, Kari Lavikka, Sakari Hietanen, Johanna Hynninen, Ulla-Maija Haltia, Jaakko S. Tyrmi, Hannele Laivuori, Panagiotis A. Konstantinopoulos, Sampsa Hautaniemi, Liisa Kauppi, Anniina Färkkilä """
Opublikowane w:
NPJ Precision Oncology, Numer 6(1), 2022, Strona(/y) 96, ISSN 2397-768X
Wydawca:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41698-022-00339-8
Autorzy:
Giovanni Marchi, Anna Rajavuori, Mai T N Nguyen, Kaisa Huhtinen, Sinikka Oksa, Sakari Hietanen, Sampsa Hautaniemi, Johanna Hynninen, Jaana Oikkonen
Opublikowane w:
Translational Oncology, Numer 2(39), 2023, ISSN 1944-7124
Wydawca:
Elsevier B.V
DOI:
10.1016/j.tranon.2023.101814
Autorzy:
Miquel Díaz Hernández; Waltter Roslin; Juli Mansnérus
Opublikowane w:
European Journal of Health Law, Numer 31(2), 2024, Strona(/y) 129–152, ISSN 1571-8093
Wydawca:
Brill
DOI:
10.1163/15718093-bja10123
Autorzy:
Vittorio Pipoli; Mattia Cappelli; Alessandro Palladini; Carlo Peluso; Marta Lovino; Elisa Ficarra
Opublikowane w:
Computer Methods and Programs in Biomedicine, Numer 225, 2022, ISSN 1872-7565
Wydawca:
Elsevier B.V
DOI:
10.1016/j.cmpb.2022.107035
Autorzy:
Anna Røssberg Lauridsen, Aikaterini Skorda, Nuggi Ingholt Winther, Marie Lund Bay, Tuula Kallunki
Opublikowane w:
Journal of Experimental & Clinical Cancer Research, Numer 43, 2024, ISSN 1756-9966
Wydawca:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s13046-024-03172-y
Autorzy:
Waltter Roslin, Juli Mansnérus
Opublikowane w:
Potency Assays for Advanced Stem Cell Therapy Medicinal Products, Numer 1, 2023, Strona(/y) 151-163, ISBN 978-3-031-30039-4
Wydawca:
Springer Publishing Company
DOI:
10.1007/978-3-031-30040-0_10
Autorzy:
Juli Mansnérus, Charlotta Bonsdorff, Petro Vornanen
Opublikowane w:
Terveys ja lapsen oikeudet, Numer 2023:7, 2023, Strona(/y) 190-203, ISBN 978-952-400-747-4
Wydawca:
Office of the Ombudsman for Children
Autorzy:
Federica Citarrella; Gianpaolo Bontempo; Marta Lovino; Elisa Ficarra
Opublikowane w:
New Trends in Database and Information Systems, 2022, ISBN 978-3-031-15743-1
Wydawca:
Springer Publishing Company
DOI:
10.1007/978-3-031-15743-1_8
Autorzy:
Gianpaolo Bontempo, Nicola Bartolini, Marta Lovino, Federico Bolelli, Anni Virtanen, Elisa Ficarra
Opublikowane w:
Lecture Notes in Computer Science, Numer 14233, 2023, Strona(/y) 550-562, ISSN 1611-3349
Wydawca:
Springer
DOI:
10.1007/978-3-031-43148-7_46
Autorzy:
Bontempo, Gianpaolo; Porrello, Angelo; Bolelli, Federico; Calderara, Simone; Ficarra, Elisa
Opublikowane w:
Lecture Notes in Computer Science, Numer 14220, 2023, Strona(/y) 248-258, ISSN 1611-3349
Wydawca:
Springer
DOI:
10.1007/978-3-031-43907-0_24
Autorzy:
Gianpaolo Bontempo, Luca Lumetti, Angelo Porrello, Federico Bolelli, Simone Calderara, Elisa Ficarra
Opublikowane w:
Lecture Notes in Computer Science, Numer 14234, 2023, Strona(/y) 1-12, ISSN 1611-3349
Wydawca:
Springer
DOI:
10.1007/978-3-031-43153-1_1
Wyszukiwanie danych OpenAIRE...
Podczas wyszukiwania danych OpenAIRE wystąpił błąd
Brak wyników