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Numerical modeling of cardiac electrophysiology at the cellular scale

CORDIS bietet Links zu öffentlichen Ergebnissen und Veröffentlichungen von HORIZONT-Projekten.

Links zu Ergebnissen und Veröffentlichungen von RP7-Projekten sowie Links zu einigen Typen spezifischer Ergebnisse wie Datensätzen und Software werden dynamisch von OpenAIRE abgerufen.

Leistungen

Report on task-based parallelization

Publication of a report on task-based parallelization.

Report on MPI communication optimization

Publication of a report on optimization of MPI communication in the code.

Report on the sustainable roadmap for MICROCARD platform and software

Publication of a report on the sustainable roadmap for the MICROCARD platform and software.

A Software Management Plan for the HPC simulation platform μ CARP

Creation of a Software Management Plan for the HPC simulation platform CARP

Results of the surveys conducted in M18 and M36 on ease of use of the cloud-based web platform

Publication of a report on the results of the surveys conducted in M18 and M36 on ease of use of the cloud-based web platform

Linear solver development and performance assessment report

Publication of a report on the development of linear solvers and an assessment of their performance

Report on High-Performance Data Output

Publication of a report on High-Performance Data Output

Report on automatic checkpoint placement strategy

Publication of a report on automatic checkpoint placement strategy in the code

Report on the implemented DevOps toolchain as a best-practice example
Linear solver application integration proof

Demonstration of the application of the newly integrated linear solver(s).

Resilient parallelization support

Prototype of the code with task-based parallellization that is resilient to hardware failures.

Online publication of the use cases

Posts on the use cases intended for a large audience, on the project website.

Veröffentlichungen

A comparison of Algebraic Multigrid Bidomain solvers on hybrid CPU–GPU architectures

Autoren: Edoardo Centofanti, Simone Scacchi
Veröffentlicht in: Computer Methods in Applied Mechanics and Engineering, Ausgabe 423, 2024, Seite(n) 116875, ISSN 0045-7825
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.cma.2024.116875

Explicit stabilized multirate methods for the monodomain model in cardiac electrophysiology

Autoren: Giacomo Rosilho de Souza, Marcus Grote, Simone Pezzuto, Rolf Krause
Veröffentlicht in: ESAIM: Mathematical Modelling and Numerical Analysis, 2024, ISSN 2822-7840
Herausgeber: edpsciences
DOI: 10.1051/m2an/2024030

A Review of Healthy and Fibrotic Myocardium Microstructure Modeling and Corresponding Intracardiac Electrograms

Autoren: Sánchez, J.; Loewe, A.
Veröffentlicht in: Frontiers in Physiology, 2022, ISSN 1664-042X
Herausgeber: Frontiers Research Foundation
DOI: 10.3389/fphys.2022.908069

Scalable and Robust Dual-Primal Newton–Krylov Deluxe Solvers for Cardiac Electrophysiology with Biophysical Ionic Models

Autoren: Ngoc Mai Monica Huynh; Luca F. Pavarino; Simone Scacchi
Veröffentlicht in: Vietnam Journal of Mathematics, Ausgabe 50, 2022, ISSN 2305-221X
Herausgeber: Springer Science + Business Media
DOI: 10.1007/s10013-022-00576-1

Boundary integral formulation of the cell-by-cell model of cardiac electrophysiology

Autoren: Giacomo Rosilho de Souza, Rolf Krause, Simone Pezzuto
Veröffentlicht in: Engineering Analysis with Boundary Elements, Ausgabe 158, 2023, Seite(n) 239-251, ISSN 0955-7997
Herausgeber: Pergamon Press Ltd.
DOI: 10.1016/j.enganabound.2023.10.021

Characterization of the pace-and-drive capacity of the human sinoatrial node: A 3D in silico study

Autoren: Antoine Amsaleg; Jorge Sánchez; Ralf Mikut; Axel Loewe
Veröffentlicht in: Biophysical Journal, Ausgabe 121, 2022, Seite(n) 4247–4259, ISSN 0006-3495
Herausgeber: Biophysical Society
DOI: 10.1016/j.bpj.2022.10.020

Unexpected impairment of INa underpins reentrant arrhythmias in a knock-in swine model of Timothy syndrome

Autoren: Andreu Porta-Sánchez, Andrea Mazzanti, Carmen Tarifa, Deni Kukavica, Alessandro Trancuccio, Muhammad Mohsin, Elisa Zanfrini, Andrea Perota, Roberto Duchi, Kevin Hernandez-Lopez, Miguel Eduardo Jáuregui-Abularach, Valerio Pergola, Eugenio Fernandez, Rossana Bongianino, Elisa Tavazzani, Patrick Gambelli, Mirella Memmi, Simone Scacchi, Luca F. Pavarino, Piero Colli Franzone, Giovanni Lentini, David
Veröffentlicht in: Nature Cardiovascular Research, Ausgabe 2, 2023, Seite(n) 1291-1309, ISSN 2731-0590
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/s44161-023-00393-w

A Survey of General-purpose Polyhedral Compilers

Autoren: Arun Thangamani, Vincent Loechner, Stéphane Genaud
Veröffentlicht in: ACM Transactions on Architecture and Code Optimization, 2024, ISSN 1544-3566
Herausgeber: Association for Computing Machinary, Inc.
DOI: 10.1145/3674735

Epicardial Dispersion of Repolarization Promotes the Onset of Reentry in Brugada Syndrome: A Numerical Simulation Study

Autoren: Simone Scacchi, Piero Colli Franzone, Luca F. Pavarino, Vincenzo Gionti, Cesare Storti
Veröffentlicht in: Bulletin of Mathematical Biology, Ausgabe 85, 2023, ISSN 0092-8240
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1007/s11538-023-01124-9

The openCARP CDEConcept for and implementation of a sustainable collaborativedevelopment environment for research software

Autoren: Felix Bach, Jochen Klar, Axel Loewe, Jorge Sánchez, Gunnar Seemann, Yung-Lin Huang, Robert Ulrich
Veröffentlicht in: Bausteine Forschungsdatenmanagement, Ausgabe Nr.1, 2022, ISSN 2626-7489
Herausgeber: Marburg: Philipps-Universität
DOI: 10.17192/bfdm.2022.1.8368

À quoi servent les ordinateurs les plus puissants au monde ? Un exemple en cardiologie.

Autoren: Emmanuelle Saillard; Mark Potse
Veröffentlicht in: The Conversation, 2022, ISSN 2431-2134
Herausgeber: The Conversation Media Group

The role of pulse timing in cardiac defibrillation

Autoren: Joshua Steyer, Thomas Lilienkamp, Stefan Luther, Ulrich Parlitz
Veröffentlicht in: Frontiers in Network Physiology, Ausgabe 2, 2023, ISSN 2674-0109
Herausgeber: Frontiers
DOI: 10.3389/fnetp.2022.1007585

Attractor selection in nonlinear oscillators by temporary dual-frequency driving

Autoren: Péter Krähling, Joshua Steyer, Ulrich Parlitz, Ferenc Hegedűs
Veröffentlicht in: Nonlinear Dynamics, Ausgabe 111, 2024, Seite(n) 19209-19224, ISSN 0924-090X
Herausgeber: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s11071-023-08855-3

Evaluating computational efforts and physiological resolution of mathematical models of cardiac tissue

Autoren: Karoline Horgmo Jæger, James D. Trotter, Xing Cai, Hermenegild Arevalo, Aslak Tveito
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 14, 2024, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-024-67431-w

Editorial: Atrial Fibrillation: Technology for Diagnosis, Monitoring, and Treatment

Autoren: Omer Berenfeld, Valentina D. A. Corino, Axel Loewe, Juan Pablo Martínez and Jose F. Rodriguez Matas
Veröffentlicht in: Frontiers in Physiology, 2022, ISSN 1664-042X
Herausgeber: Frontiers Research Foundation
DOI: 10.3389/fphys.2022.848096

Resource-Efficient Use of Modern Processor Architectures For Numerically Solving Cardiac Ionic Cell Models

Autoren: Kristian Gregorius Hustad; Xing Cai
Veröffentlicht in: Frontiers in Physiology, 2022, ISSN 1664-042X
Herausgeber: Frontiers Research Foundation
DOI: 10.3389/fphys.2022.904648

Convergence Analysis of BDDC Preconditioners for Composite DG Discretizations of the Cardiac Cell-By-Cell Model

Autoren: Ngoc Mai Monica Huynh, Fatemeh Chegini, Luca Franco Pavarino, Martin Weiser, Simone Scacchi
Veröffentlicht in: SIAM Journal on Scientific Computing, Ausgabe 45, 2023, Seite(n) A2836-A2857, ISSN 1064-8275
Herausgeber: Society for Industrial and Applied Mathematics
DOI: 10.1137/22m1542532

Fibrotic Remodeling during Persistent Atrial Fibrillation: In Silico Investigation of the Role of Calcium for Human Atrial Myofibroblast Electrophysiology

Autoren: Jorge Sánchez , Beatriz Trenor, Javier Saiz, Olaf Dössel and Axel Loewe
Veröffentlicht in: Cells, Ausgabe 10, 2021, ISSN 2073-4409
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/cells10112852

Parallel nonlinear solvers in computational cardiac electrophysiology

Autoren: Nicolas Alejandro BARNAFI; Ngoc Mai Monica HUYNH; Luca Franco PAVARINO; Simone SCACCHI
Veröffentlicht in: IFAC-PapersOnLine, 2022
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.ifacol.2022.09.093

Combining Uncore Frequency and Dynamic Power Capping to Improve Power Savings

Autoren: Amina Guermouche
Veröffentlicht in: 2022 IEEE International Parallel and Distributed Processing Symposium Workshops (IPDPSW), 2022, ISBN 978-1-6654-9748-0
Herausgeber: IEEE
DOI: 10.1109/ipdpsw55747.2022.00164

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