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Molecular Dynamics Data Bank. The European Repository for Biosimulation Data

Descrizione del progetto

Simulazione della dinamica molecolare per la ricerca biologica e chimica

Le simulazioni di dinamica molecolare sono di ampio utilizzo e hanno prodotto notevoli progressi in molte discipline scientifiche. Milioni di ore dei supercomputer vengono dedicate alla raccolta di traiettorie destinate a produrre grandi quantità di dati di simulazione. La comunità non è però in grado di analizzarli adeguatamente a causa della scarsa consuetudine alla condivisione dei dati e della mancanza di infrastrutture adeguate. Il risultato di quest’analisi limitata è la perdita di dati. In questo contesto, il progetto MDDB, finanziato dall’UE, progetterà un archivio su scala europea delle simulazioni di dinamica molecolare (e degli strumenti di analisi associati) da integrare nelle principali ricerche in ambito biologico e chimico. Il progetto ottimizzerà le risorse di calcolo, favorirà l’analisi (e la meta-analisi) delle traiettorie per diverse prospettive e campi, e garantirà uno scambio di informazioni rapido ed efficiente tra i gruppi.

Obiettivo

After decades of development and a Nobel prize, Molecular Dynamics (MD) has reached maturity. It is no longer an exotic technique used by a small group of theoreticians but rather a method extensively used by a very large community of users. Millions of supercomputer hours are devoted to collecting trajectories, thus producing a deluge of simulation data that the community is unable to handle. A poor tradition of data sharing and the lack of appropriate infrastructures to do so lead to the loss of data after limited analysis that most likely revealed only a small fraction of the information contained. Sparse initiatives to build trajectory repositories have encountered difficulties related to: i) the lack of trust of the community in the reliability of the data deposited; ii) the lack of interoperable standards and simulation ontologies; iii) uncertainties regarding the database technology required; v) difficulties of the users to interact in an open manner with the data; and vi) disconnection of the MD-field with neighboring communities. The MDDB projects intends to design a European-scale repository of MD simulation (and associated analysis tools), which will: i) optimize computational resources; ii) favor the analysis (and meta-analysis) of trajectories for many different perspectives and fields; iii) guarantee a fast and efficient interchange of information between groups; and iv) facilitate the integration of the MD simulation field into neighboring communities. The overall result will be a more efficient use of MD and the integration of the MD field into mainstream biology and chemistry research.

Coordinatore

FUNDACIO INSTITUT DE RECERCA BIOMEDICA (IRB BARCELONA)
Contribution nette de l'UE
€ 737 814,00
Indirizzo
CARRER BALDIRI REIXAC 10-12 PARC SCIENTIFIC DE BARCELONA
08028 Barcelona
Spagna

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Regione
Este Cataluña Barcelona
Tipo di attività
Research Organisations
Collegamenti
Costo totale
€ 737 815,00

Partecipanti (4)

Partner (2)