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Molecular Dynamics Data Bank. The European Repository for Biosimulation Data

Descripción del proyecto

Simulación de dinámica molecular para investigación en biología y química

Las simulaciones de dinámica molecular (DE, o MD por sus siglas en inglés) son ampliamente utilizadas y han dado como resultado grandes avances en muchas disciplinas científicas. Los superordenadores dedican millones de horas a recolectar trayectorias para producir cantidades de datos de simulación. Sin embargo, la comunidad no puede analizarlos de manera adecuada debido a la falta de intercambios de datos y de infraestructuras adecuadas. El resultado del análisis limitado es la pérdida de datos. En este contexto, el equipo del proyecto MDDB, financiado con fondos europeos, diseñará una base de datos a escala europea de simulación de DM (y herramientas de análisis asociadas) para integrarla en la investigación básica en biología y química. El equipo optimizará los recursos computacionales, favorecerá el análisis (y metaanálisis) de trayectorias para varias perspectivas y campos, y garantizará un intercambio de información rápido y eficiente entre grupos.

Objetivo

After decades of development and a Nobel prize, Molecular Dynamics (MD) has reached maturity. It is no longer an exotic technique used by a small group of theoreticians but rather a method extensively used by a very large community of users. Millions of supercomputer hours are devoted to collecting trajectories, thus producing a deluge of simulation data that the community is unable to handle. A poor tradition of data sharing and the lack of appropriate infrastructures to do so lead to the loss of data after limited analysis that most likely revealed only a small fraction of the information contained. Sparse initiatives to build trajectory repositories have encountered difficulties related to: i) the lack of trust of the community in the reliability of the data deposited; ii) the lack of interoperable standards and simulation ontologies; iii) uncertainties regarding the database technology required; v) difficulties of the users to interact in an open manner with the data; and vi) disconnection of the MD-field with neighboring communities. The MDDB projects intends to design a European-scale repository of MD simulation (and associated analysis tools), which will: i) optimize computational resources; ii) favor the analysis (and meta-analysis) of trajectories for many different perspectives and fields; iii) guarantee a fast and efficient interchange of information between groups; and iv) facilitate the integration of the MD simulation field into neighboring communities. The overall result will be a more efficient use of MD and the integration of the MD field into mainstream biology and chemistry research.

Coordinador

FUNDACIO INSTITUT DE RECERCA BIOMEDICA (IRB BARCELONA)
Aportación neta de la UEn
€ 737 814,00
Dirección
CARRER BALDIRI REIXAC 10-12 PARC SCIENTIFIC DE BARCELONA
08028 Barcelona
España

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Región
Este Cataluña Barcelona
Tipo de actividad
Research Organisations
Enlaces
Coste total
€ 737 815,00

Participantes (4)

Socios (2)